你想要的宏基因組-微生物組知識全在這(2020.7)

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徵稿、轉載、合作

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• 宏基因組公衆號編輯招募——最前沿的科學, 尋找最聰明的你

文章分類導航目錄

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《微生物組數據分析與可視化實戰》專著

• 衆籌編寫《微生物組數據分析與可視化實戰》——成爲宏基因組學百科全書的創始人(目錄)

• 編者序：初衷、計劃、要求、優勢、目標和展望

• 211.Alpha多樣性箱線圖(樣章，11圖2視頻)

• 212.樣本量和測序深度的Alpha多樣性稀釋曲線

• 221.Beta多樣性PCoA和NMDS排序

• 223.主成分分析PCA

• 全網最簡單的網絡圖畫法，小白福音包學包會

• 宏基因組領域雜誌簡介及最新影響因子

精選文章推薦

10000+

• 劉永鑫：想學菌羣生物信息分析-21分鐘帶你入門

• 遺傳：微生物組數據分析方法與應用

• USEARCH—最簡單易學的擴增子分析流程

• Nature綜述：手把手教你分析菌羣數據 2020更新

• 微生物組入門必讀+宏基因組實操課程

• 宏基因組分析教程

• 學術論文圖表基本規範大全

• 一篇所有研究生都該讀的好文：陽光溫熱 科研靜好

• 這就是我的研究生生活

• 人體上的生命：看完此片我想把身上的細菌寄生蟲供起來

• Science：科學家親眼看到細菌產生耐藥性的全過程

• Nature綜述：微生物構成的氮循環網絡

• Nature替寵物正名：寶寶身體好，貓狗不可少

• DNA提取也能發Nature？

• 再這麼配培養基，你的細菌都被毒死了！

• 這種本該消失的恐怖傳染病捲土重來是一場人禍

• 一席-趙立平-大樹細菌

• 給多頭絨泡菌叫外賣，它真的很喜歡喫平菇

• 一頓寄生蟲大餐，或能治好乾淨引來的免疫病

• NBT封面：水稻NRT1.1B基因調控根系微生物組參與氮利用

• 一片看懂腸道菌羣在人體中的作用

• 島國科普—生命大躍進

• 3分和30分文章差距在哪裏？

• 28個實用繪圖包，總有幾個適合你

• 測序發展史，150年的風雨歷程

• Nature評論：中國成爲超級大國，背後是科學的力量

• 美國科學院公佈未來農業發展方向-生物信息和微生物組

5000+

• 2019國自然微生物中標4個億

• 下次諾獎會是他嗎？腸道微生物組開創者Jeffrey Gordon

• 導師太牛而自己很水，是一種怎樣的體驗？

• 你想要的生信知識全在這—生信寶典

• NBT：實驗vs分析，誰對結果影響大

• NC：16S序列預測培養基配方

• Cell：人與腸道菌羣休慼與共的一生

• 35張圖，看懂腸道和大腦的魔性關係

• 深度好文—我們的未來在哪裏？

• 學術圖表的基本配色方法

• 手把手帶你重現菌羣封面文章圖表

• 79個超強微生物知識助你孕育超優寶寶

• 漫談16S的前世今生

• 16S+功能預測發Sciences：屍體降解過程

• Nature：宏基因組關聯分析(1) (2)

• Nature子刊：腸道菌羣如何劃分腸型

• 一條命令繪製CNS配圖-ggpubr

3000+

• NBT-新年4篇35分文章聚焦宏基因組研究

• 簡單漂亮的在線生信繪圖工具imageGP

• 一文讀懂微生物組

• 進化樹 一文讀懂

• iTOL美化 進階  

• GraPhlAn進化樹 物種樹Cladogram官方教程中文 重現Nature文章實戰

• Evolview基礎 進階

• 自學生信-biostar handbook

專刊、會議、招聘

專刊徵稿

• JoVE微生物組專刊徵稿，寫方法拍視頻教程發SCI

• 生物工程學報-微生物組測序與分析專刊

培訓會議

• 6月12-6月14日，轉錄組分析和R數據可視化第11期

• 6月22日美國科學院院士、斯坦福大學王永雄（Wing H Wong）教授

• 7月24-26日，微生物組-宏基因組分析第8期

• 8月14-16日，微生物組-擴增子16S分析第9期

人才招聘

• 中科院微生物所高程組招聘助研3名(正式編制)

• 南方科技大學Medi-X研究院-環境健康平臺博士後招聘

• 中山大學丁濤組博後及副研招聘-微生物組學方向

• 中科院微生物所高程組博士後招聘-真菌組與生態功能的研究

• 北京大學口腔醫學院陳峯課題組微生物方向招聘博士後

• 西湖大學鄭鉅聖組招聘博士後-人類腸道微生物、多組學整合、生物信息交叉學科方向

• 中科院北京生科院趙方慶團隊招聘人體微生物組方向特別研究助理

• 浙大蔣超組招聘博後和技術員：環境暴露組和微生物組

• 哈佛醫學院劉洋彧組誠聘博後-微生物組學方向

• 華中農大津田賢一組招植物微生物組、生物信息方向博士後 2

• 西湖大學鞠峯團隊招聘“土壤微生物組學”與“高通量基因組-培養組學”2名博士後

• 南科大翟繼先組招聘，博士生8萬+，博後34萬+

• 西奈山醫學院房剛組招聘博後—宏基因組與表觀基因組

• 林科院亞熱帶所袁志林組招聘博後—林木根際微生物

• 北京市農林科學院植環所植物病害綜合防治研究室招聘微生物組學、計算生物學

廣告合作

• 生信服務器推介，助力科研

• 微生物16S測序數據的正確打開方式

• 多快好省的宏基因組研究技巧

• 給你的數據一個家，一個有DOI的地方 | 生物數據庫承建

• Dell服務器採購-勁爆優惠來襲

• 讓您的投稿更高效，發表更順利

• Nature Microbiology：火眼金睛，腸道菌羣絕對定量分析擒“真兇”！

• 天昊生物16S擴增子絕對定量測序項目文章再次登陸《Science of the Total Environment》

• 天昊生物16S擴增子絕對定量測序技術助力客戶登陸Science of the Total Environment

• 如何讀懂和利用你的微生物多樣性測序結果？

• 690元即可進行宏基因組測序！最快15天即可完成！免費提取DNA，全國包郵，部分地區還派送乾冰！

• 擴增子分析系列視頻課程（含課程PPT以及示例代碼）

科研經驗

• SCI論文投稿全程模板

• 985助理教授與二本教授哪個水平高？

• 清華生命院長王宏偉專訪：面對這些情況，要勇於說“不”

• 從博後到PI的十個建議

• Nature：好導師的16個標準

• 研究生，導師不是你的保姆

• 關於腸道菌羣研究的7大事實和5大倡議

• 這篇文章說出了研究生和導師的相處真諦

• 要不要讀博，以及讀博後如何順利畢業並找到理想工作？五個最接地氣的忠告

• Nature：給博士研究生的四條箴言Four golden lessons，顏寧推薦

• 爲什麼我參加了那麼多學術會議依舊一無所獲？

• 終極大招——怎麼在學術會議上有所收穫？

• AI學習教程 1基本圖形繪製 2模式圖 3排版 畫冠狀病毒

• 如何優雅的提問

• 我的生物信息之路

• 公衆號搜索方法大全

• 科研團隊成長三部曲：1雲筆記 2雲協作 3公衆號

• 文獻閱讀 1GeenMedical 2SCI-HUB

• 生信編程模板  Perl  Shell  R

• 生物信息之程序學習

• 論文Figures，你不能不知道的祕密

• 圖表色彩運用原理的全面解析

• 原始數據極速上傳NCBI SRA教程

• 中國核酸數據庫GSA數據提交指南 擴增子16S實例 宏基因組實例

• Endnote X8雲同步：有網隨時讀文獻

• Excel繪圖新高度-EasyCharts

• 你和PPT高手之間，就只差一個iSlide

• Windows10遠程桌面Ubuntu

• 想發高分論文的同學看過來，這裏有10分的雜誌和主編可以瞭解一下！

• 爲何新刊物Microbiome影響因子這麼高？主編Jacques Ravel教授來告訴你

• SCI論文寫作1.論文的三段式結構 2.引言的邏輯解析

• 壓縮PDF文件大小滿足上傳要求

軟件流程

• Graphpad繪圖初學 生物統計繪圖進階

• TBtools - 超過一萬人在使用的生信小工具

• BIOM：生物觀測矩陣——微生物組數據通用數據格式

• STAMP——微生物組間差異統計分析 簡明教程 中文幫助文檔

• FUNGuild：真菌功能註釋

• 在線RaxML構建系統發育樹

• MetaboAnalyst 4.0，代謝組學研究利器的升級

• Genevestigator: 查找基因在發表研究中的表達

• psRobot：植物小RNA分析系統  

• RepeatMasker：基因組重複序列註釋

• 基因組註釋 1重複序列 2非編碼和編碼基因 3功能註釋Prokka

• Canoco5繪製漂亮的DCA或CCA圖

• 一個細菌基因組完整分析腳本

• 結構方程模型（SEM）的理論和基本實現過程

軟件基礎必學系列

• Linux命令screen—終端切換，工作環境保存，畫面同步，防斷網

• 玩轉花式截圖、錄屏——FastStoneCapture使用指南

• Nature Method：Bioconda解決生物軟件安裝的煩惱

• 軟件安裝不上，可能是網速慢！Conda/R/pip/brew等國內鏡像大全

• 數據的質量控制軟件——fastQC

• 整合QC質控結果的利器——MultiQC

• 極速的FASTQ文件質控+過濾+校正fastp

擴增子分析

• 價值130歐元的《微生物組分析Microbiome Analysis》2018版電子書

• 價值1143元的《R語言統計分析微生物組數據》系列圖書

• 微生物組領域近十年最重要的8個軟件或算法

擴增子教程

• 擴增子16S分析專題研討論會——背景介紹

• 擴增子圖表解讀-理解文章思路

• 擴增子分析流程-把握分析細節

• 擴增子統計繪圖-衝擊高分文章

• 16S功能預測 0概述   1KO通路PICRUSt  2元素循環FAPROTAX  3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun Tax4Fun2

• PICRUSt2：OTU/ASV等16S序列隨意預測宏基因組，參考數據庫增大10倍

• CHM：FishTaco將樣本功能同對應的微生物聯繫起來，得到功能改變的驅動因子

• 水稻微生物組時間序列分析 1模式圖與PCoA  2a相關分析 2b散點圖擬合 3衝擊圖 4隨機森林迴歸

• Nature Method ：Striped UniFrac算法分析微生物組大數據

QIIME2教程(2020.2)

• NBT：QIIME 2可重複、交互式的微生物組分析平臺

• 1簡介和安裝Introduction&Install

• 2插件工作流程概述Workflow

• 3老司機上路指南Experienced

• 4人體各部位微生物組分析Moving Pictures

• Genome Biology：人體各部位微生物組時間序列分析

• 5糞菌移植分析練習FMT

• Microbiome：糞菌移植改善自閉症

• 6沙漠土壤分析Atacama soil

• mSystems：乾旱對土壤微生物組的影響

• 7帕金森小鼠教程Parkinson’s Mouse

• Cell：腸道菌羣促進帕金森發生ParkinsonDisease

• 8差異丰度分析gneiss

• 9數據導入Importing data

• 10數據導出Exporting data

• 11元數據Metadata

• 12數據篩選Filtering data

• 13訓練特徵分類器Training feature classifiers

• 14數據評估和質控Evaluating and controlling

• 15樣品分類和迴歸q2-sample-classifier

• 16縱向和成對樣本比較q2-longitudinal

• 17鑑定和過濾嵌合體序列q2-vsearch

• 18序列雙端合併read-joining

• 19使用q2-vsearch聚類OTUs

• 20實用程序Utilities

• 21進化樹推斷q2-phylogeny

• 22命令行界面q2cli

• 23圖形界面q2studio

• 24Python命令行模式Artifact API

• 25可用和開發中插件AvailableFuturePlugins

• 26開發新插件DevelopingPlugin

• 27語義類型Semantic

• 28社區Community

• 29參考數據庫DataResources

• 30補充資源SupplementaryResources

• 31名詞Glossary

• 32如何寫方法和引用Citing

• 國內網絡環境優化qiime2安裝過程-QIIME 2安裝慢或無法下載的解決方案

• ANCOM：找出微生物羣落中的差異物種

易生信-擴增子教程

• 01-背景介紹

• 02-真菌引物選擇

Webserver在線分析平臺

• 微生物組網頁工具MicrobiomeAnalyst——教你零基礎開展微生物組數據分析和可視化 Nature子刊：官網教程中文版、 實操教程、  NAR：原文解讀

• NAR：gcMeta——全球微生物組數據存儲和標準化分析平臺

• NAR：rrnDB-16S拷貝數校正數據庫

• METAGENassist幫你搞定宏基因組分析的圖形需求

• SILVAngs:16S/18S在線分析1  2

• 微生物組數據庫（http://egcloud.cib.cn）正式上線

• MetaCoMET——核心微生物組分析在線工具

相關軟件和數據庫教程

• 擴增子分析神器USEARCH 簡介 v11新功能 v11命令大全 OTU表抽平otutab_rare 核心OTU鑑定otutab_core

• 擴增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文幫助文檔

• Nature Methods：快速準確的微生物來源追溯工具FEAST Phyloseq格式使用實戰 原版代碼實戰

• SourceTracker—微生物來源分析

• LEfSe分析簡介
  簡化美化LEfSe分析結果圖

• DADA2中文教程v1.8

• 微生物組統計和可視化——phyloseq入門

• 微生物擴增子數據庫大全

• NAR：UNITE真菌鑑定ITS數據庫

• MER： 基於ITS區域marker擴增真菌羣落的準確性

• MIMOSA2： 基於微生物組和代謝組數據的整合分析

• 方差分解分析 (VPA)：定量不同環境因子對羣落變化的解釋比例

宏基因組分析

高分文章和圖書推薦

• 一文讀懂宏基因組分析套路

• Springer發表第二版“宏基因組學”研究最新指導書

• Nature綜述：2萬字帶你係統入門鳥槍法宏基因組實驗和分析

• 1綜述、MetaPhlAn2、Kraken、MetaMaps、HUMAnN2、MEGAHIT、MetaWRAP和宏表觀組

• 2綜述、metaSPAdes、IDBA-UD、MetaQuast、Prokka、metaProdigal

• 3宏基因組定量、功能註釋和高級分析代碼

軟件評測和簡介

• Cell：20種宏基因組學物種分類工具大比拼

• mSystems：鳥槍法宏基因組測序之外我們還能做什麼

• 青島能源所提出微生物組相似度新算法DMS

教程系列

• 2016加拿大宏基因組分析教程

• 1簡介-定義、方法和數據庫

• 2擴增子-微生物羣落多樣性

• 3PICRUSt功能預測

• 4宏基因組物種組成和分箱

• 5宏基因組功能數據庫與通路

• 6宏轉錄組流程和功能

• 7挖掘微生物組生物標記

• 4500元的微生物組培訓資料

• 微生物組助手——最易學的擴增子、宏基因組分析流程

• GigaScience：ASaiM基於Galaxy微生物組分析框架

• 斯坦福大學統計系教授帶你玩轉微生物組分析

• 30餘款宏基因組分析軟件經驗總結上 中 下

• 微生物組學數據分析工具綜述 | 16S+宏基因組＋宏病毒組＋宏轉錄組

• Nature Protocols：整合宏基因組、代謝組和表型分析的的計算框架

有參分析Read-based

• MetaPhlAn2基於多標記基因的宏基因組物種組成定量 文章解讀 軟件使用

• HUMAnN2基於UniRef數據庫的功能定量 1文章解讀 2軟件教程 3有參分析流程

• Kraken：使用精確比對的超快速宏基因組序列分類軟件 宏基因組序列物種分類之kraken 1/2和Bracken的使用

• 宏基因組註釋和可視化神器MEGAN入門

無參Assembly-based

• 1背景知識-Shell入門與本地blast實戰

• 2數據質控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer

• 3組裝拼接MEGAHIT(多快好省)和評估quast

• MEGAHIT：通過簡潔的de Bruijn圖爲超大型複雜宏基因組拼接的超快速單節點解決方案

• metaSPAdes：新型多功能宏基因組拼接工具

• IDBA-UD：組裝非均勻覆蓋度的宏基因組和單細胞數據

• MetaQuast：評估宏基因組拼接

• 4基因註釋Prokka Prokka：快速原核基因組、宏基因組基因註釋 Prodigal：原核基因識別和翻譯起始位點鑑定  metaProdigal：宏基因組序列中的基因和翻譯起始位點預測

• 5基於Kmer比較數據集sourmash

• 6不比對快速估計基因丰度Salmon Salmon不比對快速宏基因組基因定量

• 7bwa序列比對, samtools查看, bedtools丰度統計

• 8分箱宏基因組binning, MaxBin, MetaBin, VizBin

• 9組裝assembly和分箱bin結果可視化—Anvi’o

• 10繪製圈圖-Circos安裝與使用

功能註釋數據庫

• KEGG在線數據庫使用攻略

• KEGG功能註釋工具 KofamKOALA 安裝與使用

• NAR-2018-dbCAN2鑑定宏基因組CAZYome碳水化合物相關基因

• EggNOG功能註釋數據庫在線和本地使用 eggNOG 5數據庫介紹

• antiSMASH：微生物次生代謝物基因簇預測  

• NAR：antiSMASH數據庫2—次級代謝物基因簇預測

• 抗生素抗性基因研究進展PPT分享

• Briefings in Bioinformatics：微生物基因組學和功能基因組學相關軟件和數據庫的研究進展

• WebMGA：超快的基因組序列聚類註釋在線工具

分箱專題

• Microbiome：宏基因組分箱流程MetaWRAP 簡介 安裝和數據庫部署  實戰和結果解讀

• NBT：宏基因組”讀雲”10X建庫+雅典娜算法組裝獲得微生物高質量基因組

• DAS工具: 利用去重、聚合和評分的策略從宏基因組中恢復基因組

• 一文讀懂宏基因組binning

• 微生物基因組分類數據庫GTDB和軟件GTDB-Tk

統計分析及可視化

• Krona繪製物種或功能組成圈圖

• microbiomeViz：繪製lefse結果中Cladogram

• Nmeth：DEMIC——使用宏基因組數據預測細菌的生長速率

• curatedMD包挖掘宏基因組公共數據庫

參考基因(組)集

• Cell：Tara2.0基因表達的改變和羣落的更替塑造了全球海洋宏轉錄組

• Nature：基於宏基因組測序構建人類腸道微生物組參考基因集

• NBT：人類微生物組千萬基因的參考基因集

• NC：全球柑橘根際微生物組的結構和功能

• Cell子刊：人類微生物組參考基因集中的單體基因

病毒組

• 熱點：3個故事概覽突飛猛進的腸道病毒組研究

• Nature：梁冠翔等發現腸道病毒組在新生兒體內分段寄生的模式

• Cell子刊：人體腸道病毒組高度多樣、穩定且個體特異

• QB：基於深度學習的病毒序列識別

三代測序專題

• NBT：牛瘤胃微生物組的參考基因組集

• NBT：宏基因組二、三代混合組裝軟件OPERA-MS

• NBT封面：納米孔宏基因組6小時識別下呼吸道病原體

• 納米孔測序揭示凍土凍融對土壤微生物羣落變化的影響

• 2019新型冠狀病毒Nanopore測序標準操作流程

• Medicine in Microecology：微生物所王軍組發表Nanopore三代測序人類腸道病毒組的方法

• 高分文章精選 | 納米孔宏基因組測序的表現

Linux與Shell

• 生信人值得擁有的編程模板-Shell

• 生信人值得擁有的編程模板-Perl

• 手把手教你生信分析平臺搭建

• Windows輕鬆實現linux shell環境：gitforwindows

• 開啓win10內置Linux子程序

• Docker的基本使用-Ubuntu18.04

• linux 極簡統計分析工具 datamash

• csvtk：高效命令行版極簡dplyr

• 文件批量重命名的技術，你值得擁有

• 耗時很長的程序忘加nohup就運行了怎麼辦？

R統計繪圖

R語言基礎

• 圖之典—可視化圖表的詞典

• 編程模板-R語言腳本寫作：最簡單的統計與繪圖，包安裝、命令行參數解析、文件讀取、表格和矢量圖輸出

• R語言統計入門課程推薦——生物科學中的數據分析Data Analysis for the Life Sciences

• 數據可視化基本套路總結

• R圖轉成Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量圖等

• 你知道R中的賦值符號箭頭<-和等號=的區別嗎？

• 使用dplyr進行數據操作30例

• 交集intersect、並集union、找不同setdiff

• R包reshape2，輕鬆實現長、寬數據表格轉換

• R最快且比dplyr最高效的大數據處理R包：tidyfst

• 字符串處理stringr包在微生物生態的應用基礎

• 1數據類型（向量、數組、矩陣、 列表和數據框）

• 2讀寫數據所需的主要函數、與外部環境交互

• 3數據篩選——提取對象的子集

• 4向量、矩陣的數學運算

• 5控制結構

• 6函數及作用域

• 7認識循環函數lapply和sapply

• 8分解數據框split和查看對象str

• 9模擬—隨機數、抽樣、線性模型

ggplot2繪圖基礎

• ggplot2高效實用指南 (可視化腳本、工具、套路、配色)

• ggplot2地理信息可視化 上 下

• 1初識ggplot2繪製幾何對象

• 2圖層的使用—基礎、加標籤、註釋

• 3工具箱—誤差線、加權數、展示數據分佈

• 4語法基礎

• 5通過圖層構建圖像

• 6標度、軸和圖例

• 7定位-分面和座標系

• 8主題設置、存儲導出

• 9繪圖需要的數據整理技術

• ggThemeAssist：鼠標調整ggplot2主題，不用再記這些代碼啦！

• 不需要懂得編程，但卻可以使用ggplot2畫出論文級別的圖？esquisse

• ggplot版本的華夫餅圖吧

R語言繪圖專輯

• ggplot2版聚類物種丰度堆疊圖

高級統計繪圖

• 50個ggplot2可視化案例

• R語言大會：宏基因組數據分析和可視化套路總結

• 28個實用繪圖包，總有幾個適合你

• 熱圖繪製

• 獲取pheatmap聚類後和標準化後的結果

• R做線性迴歸

• 繪圖相關係數矩陣corrplot

• 相關矩陣可視化ggcorrplot

• 繪製交互式圖形recharts

• 交互式可視化CanvasXpress

• 聚類分析factoextra

• LDA分析、作圖及添加置信-ggord

• 解決散點圖樣品標籤重疊ggrepel

• 添加P值或顯著性標記ggpubr

• R語言一鍵批量完成差異統計和可視化

• Alpha多樣性稀釋曲線rarefraction curve

• 堆疊柱狀圖各成分連線畫法：突出組間變化

• 衝擊圖展示組間時間序列變化ggalluvial

• 桑基圖riverplot

• 分類堆疊柱狀圖順序排列及其添加合適條塊標籤

• 微生物環境因子分析ggvegan

• 五彩進化樹與熱圖更配ggtree

• 多元迴歸樹分析mvpart

• 隨機森林randomForest 分類Classification 迴歸Regression

• 加權基因共表達網絡分析WGCNA

• SPIEC-EASI的微生物網絡構建示例

• circlize包繪製circos-plot

• R語言搭建炫酷的線上博客系統

• 使用ComplexHeatmap包繪製個性化熱圖

• R包circlize：柱狀圖用膩了？試試好看的弦狀圖

• Science組合圖表解讀：相關corrplot+環境因子連線

• gganimate繪製動圖觀察連續變化數據

• Pathview包：整合表達譜數據可視化KEGG通路

• ggcor：相關係數矩陣Science級組合圖表

• ggridges包：時間動態波濤洶湧圖

• 地圖 世界 中國

• 手把手重現Science的主圖Maptree

• 基於R的混合線性模型的實現

• 普魯克分析（Procrustes Analysis）評估物種-環境/功能關聯度的一個示例

• R語言繪製帶聚類樹的堆疊柱形圖

網絡

• MetagenoNets：在線宏基因組網絡分析實操教程 NAR文章解讀

• 使用網絡圖展示Venn圖集合及Cytoscape操作視頻

• 網絡圖在R中的實現-igraph

• Gephi輕鬆繪製超美網絡圖

• 微生物網絡構建：MENA, LSA, SparCC和CoNet  

• SparCC的微生物網絡構建示例

• Cytoscape: MCODE包實現網絡模塊化分析 GIANT包分析網絡的Z、P-score 製作帶bar和pie節點的網絡圖

實驗設計與技術

• 微生物組取樣和DNA提取建議

• 微生物常見20種培養基配方

• 微生物組學研究的那些”奇葩“動物模型

• 樣品生物學重複數據選擇 1必要性  2需要多少重複？ 樣本量確定

• 樣品命名 注意事項 實例

• NBT：擴增子及其他測序的最小信息標準和測序規範(MIMARKS)

• NBT：未培養病毒基因組的最少信息標準（MIUViG）

• 擴增子引物選擇 16S結構 16S單V4區是最佳選擇? 引物評估

• 海洋可培養微生物的鑑定與分類

• 怎麼取糞便樣品

• 根際土Rhizosphere/Rhizoplane如何取

• Microbiome: 室溫存儲樣本方法比較

• NBT：高通量測序16S及18S rRNA全長

• Microbiome：16S擴增子測序研究中定量變異和生物量影響

• Microbiome：擴增子檢測環境樣本單細胞真核生物和寄生蟲的新方法

• Rob Knight: PCR不需要做三個平行再混合！

基礎知識

• 有聲專欄-宏基因組專業詞彙—001宏基因組

• Nature綜述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清

• Microbiome：微生物組名詞定義

• 羣落生態學的 α-、β-、γ-多樣性

• 16S測序，不知道OTU你就out了！

• 擴增子分析還聚OTU就真OUT了

• 主流非聚類方法dada2,deblur和unoise3介紹與比較

• 排序方法比較大全PCA、PCoA、NMDS、CCA

• Adonis和ANOSIM方法組間整體差異評估原理

• PCoA距離算法大全

• 讀懂PCA和PCoA

• 二代測序數據統計分析中爲什麼是負二項分佈？

• 宏基因組基礎知識梳理

• 功能基因多樣性研究概述

• 擴增子SCI套路 1羣落結構差異 2組間差異 3總結

• 環境因子關聯分析—CCA還是RDA

• P值背後那些事兒

• 輕鬆看懂機器學習十大常用算法

• 一文讀懂隨機森林在微生態中的應用

• 你想知道的ROC曲線

• 相關分析：Spearman、Kendall和Pearson

• 學習全基因組測序數據分析 1測序技術 2fasta&fastq

• 一文讀懂Nanopore測序技術的發展及應用

• 小麥的一生矢量圖收藏貼-從種子的萌發到完熟

文獻解讀

*作者解讀(由論文作者親自講述文章結果和背後的故事)。

Nature

• Nature：何勝洋和辛秀芳組發表植物葉際微生物組穩態機制*

• Nature：人類胎盤應該真的是無菌的

• Nature：中科院先進院發現空間擴展生境定殖的進化穩定性策略

• 10篇Nature專題報導人類微生物組計劃2(iHMP)成果及展望

• Nature：iHMP之“微生物組與炎症性腸病”

• Nature：iHMP之“微生物組與前驅糖尿病”

• Nature：人體菌羣研究的25個里程碑

• Nature：首個腸道微生物對藥物代謝影響的系統性研究

• Nature：TEDDY計劃中幼兒腸道微生物組隨時間的發育

• Nature: 來自細菌的通告——羣體感知效應

• Nature：皮膚微生物羣-宿主相互作用

• Nature：真菌由腸道入侵胰腺定植富集Malassezia菌

• Nature：腸道菌如何影響大腦，幫助消除恐懼相關的行爲

• Nature：微生物的膽汁酸代謝物調節宿主腸道特異Treg細胞的穩態

• Nature專題：腸道菌羣研究的現在和未來

• Nature：在人類腸道營菌羣中發現獲得性細菌防禦基因

Scinece

• Science：擬南芥三萜化合物特異調控根系微生物組* 專家點評

• Sciences：用膳食纖維”釣”出15株緩解糖尿病的細菌！*

• Science綜述：利用根際微生物組提高作物抗旱和產量

• Science：腸道菌羣又添一大功能，揭示你的真實年齡

• Science：亞硝酸鹽氧化細菌在黑暗海洋中的主要作用

• Science：又一明星菌羣可以調控腸道免疫？

• Science：固氮（The nitrogen fix）

• Science：比較基因組揭示銀邊魚應對捕魚行爲的表型進化機制

• Science評論|只需加一種菌，番茄不僅抗鹽脅迫還提高65%產量！

• Science：微生物組“淘金熱”，從人體中發現新型抗菌劑

• Science：病原菌激活植物內生菌羣的抑病功能

• Science：綜述腸道菌羣如何影響社交行爲

• Science: 微生物組是宿主新興表型的來源

• Science：充滿銨鹽的環境依然發生固氮

• Science：基於微生物條形碼系統的高分辨率物源追蹤技術

Cell

• Cell：中科院遺傳發育所周儉民受邀綜述植物免疫激活及信號傳導的最新進展

• Cell：土傳遺產

• Cell：植物根系如何允許有益微生物定植的

• Cell綜述：人類腸道菌羣-從關聯到調控

• Cell ：根部微生物跨界的互作促進擬南芥生存

• Cell：新方法PopCOGenT鑑定微生物基因組間的基因流動

• Cell：小基因開啓微生物組研究新領域——大規模鑑定微生物基因組編碼的小蛋白質

• Cell：絕對異養型生物改造成完全自養型生物

• Cell二連發 | 廣東CDC/耶魯大學利用納米孔測序揭示中/美新冠病毒基因組流行病學傳播規律

Nature子刊

• NBT封面：水稻NRT1.1B基因調控根系微生物組參與氮利用*

• NBT：南農突破成果—噬菌體：土壤“狙擊手”激發根際防禦軍團(附視頻)*

• NBT封面：納米孔基因組測序快速臨牀診斷細菌性下呼吸道感染

• NBT：MaPS-seq測序方法揭示腸道微生物空間分佈

• NBT：線蟲的工程細菌共生體提高對西方玉米根蟲的生防潛力

• NBT：利用血液代謝組預測腸道微生物組的多樣性

• NBT：利用細胞甘油三酯存儲提高鏈黴菌中聚酮類化合物的效價

• Nature子刊：到底誰纔是限制非共生固氮的幕後主使*

• Nat. Med.：iHMP之“微生物組與早產”

• Nat. Med.：嬰兒生命早期腸道病毒組和細菌組的動態

• NRM：人類微生物培養及培養組學

• NRM: 藍藻水華的形成機理及防治動態

• NRM: 擁抱未知-解析土壤微生物組的複雜性

• NRM: 追“根”溯源：植物根際的微生物生態

• NRM 關鍵物種對於微生物菌羣結構和功能的驅動作用

• NRM：多年凍土的微生物組

• Nature綜述: 給醫生的菌羣分析指南上 下

• NRM綜述：微生物的社交網絡 - 營養缺陷型如何塑造複雜羣落

• NRGH綜述：優先效應在生命早期腸道微生物組形成中的作用

• NRG綜述：臨牀宏基因組學的應用與挑戰

• Nat. Ecol. Evol.：不想當化學家的物理學家不是好的生物學家

• Nat Micro：房剛組揭示細菌表觀遺傳調節艱難梭菌孢子形成*

• Nat Micro：視頻解讀！鐵載體：作物根際稀缺資源保衛戰的“祕密武器”

• Nat Micro：微生物組數據系統發育分析的方法

• Nat Micro：全球污水處理廠細菌羣落揭祕！

• Nature Plants: 中科院微生物所郭惠珊研究組揭示土傳病原菌逃避寄主免疫的新機制

• Nature綜述：如何獲得理想的微生物組

• NRM：工程微生物組的通用原則和最佳實踐

• NP：華中農大Kenichi Tsuda組利用植物體內原位細菌轉錄及蛋白組學鑑定寄主免疫攻擊的病原菌蛋白

• NC：菌物組構建—-隨機性v.確定性、乾旱脅迫、宿主篩選、統一動態(郭良棟、楊軍點評)*

• NC：南農沈其榮、張瑞福團隊揭示多樣性激發的確定性細菌裝配過程限制羣落功能

• NC：你覺得你喫的是草，其實你還是喫的土(遺傳發育所朱峯)

• NC：恢復菌羣多樣性或能降低耐藥性

• NC：蜜蜂腸道微生物的多樣性

• NC：應對乾旱 細菌崩了 真菌依然很穩（純網絡分析發Nature子刊）

• NC：南土所賈仲君組-稻田甲烷氧化的微生物機制

• NC：瀋陽生態所揭示病原真菌和昆蟲對溫帶森林木本植物物種共存的重要作用

• NC：免疫組庫高通量分析工具：IGoR——更精確剖析免疫組庫

Science子刊

• SA：南農沈其榮團隊Science子刊揭示番茄早期微生物組功能決定成年健康*

爲什麼Science子刊這麼少，因爲雜誌和文章量最小，比Nature子刊少1個數量級。

Cell子刊

• Cell子刊：中科院遺傳發育所周儉民組發現特異靶向病原菌致病力的植物天然產物並闡明作用機制*

• Cell子刊：發現60%的非酒精性脂肪肝與腸道菌有關，攜帶者體內酒精可達健康人4-6倍

• CHM綜述-建立因果關係：合成菌羣在植物菌羣研究中的機會

• CHM：根瘤菌微生物羣落的模塊化特徵及其與共生根瘤菌的進化關係

• CHM：成年同卵雙胞胎的病毒組多樣性與腸道微生物組多樣性相關

• CHM：中山大學李劍峯組揭示植物利用細菌獲得真菌抗性

Gut

• Gut：人體最初的微生物起源與生殖健康* 孕期健康對孩子至關重要

• Gut：人體口腔菌羣的穩定性和動態變化規律* 科普：口腔微生物“你的大能量，超乎我想象”

• Gut-2018-早期肝癌腸道生物標誌物鑑定

PNAS

• PNAS: 乾旱延緩高粱根系微生物組的建成並富集革蘭氏陽性菌

• PNAS：人類皮膚微生物的獨特性和哺乳動物的系統發育共生現象

• PNAS：問微生物羣落演替之隨機性與確定性過程-誰主沉浮

Microbiome

• Microbiome：華中農大謝卡斌組利用CRISPR系統減少16S rRNA基因測序宿主污染*

• Microbiome：南土所孫波組揭示間作重塑根際微生物組並促進生長的機制

• Microbiome：南京農大團隊在粘細菌捕食的生態學功能方面取得重要進展

• Microbiome：中外合作揭示微生物羣落降解複雜微生物聚合物的酶(視頻導讀)

• Microbiome：環境過濾驅動農田生態系統土壤古菌獨特的空間分佈*

• Microbiome：土壤微生物驅動退耕還林系統土壤剖面的養分循環*

• Microbiome：40年施肥處理後固氮菌及氮固定受抑制 新聞稿:南土所褚海燕組揭示長期施肥抑制根際微生物固氮的作用機制*

• Microbiome：根系分泌物驅動土壤記憶抵禦植物病原菌*

• Microbiome：馬鈴薯瘡痂病與土壤微生物組關係新進展*

• Microbiome：所謂的“富集培養”獲得的微生物真的都是被“富集”出來的嗎？*

• Microbiome：雞腸道微生物宏基因集(張和平、魏泓、秦楠點評)*

• Microbiome：應用多維宏組學方法協同揭示覆雜細菌羣落對目標底物代謝的菌間相互關*

• Microbiome：利用Nanopore高通量測序技術解析污水處理體系可移動抗性基因組*

• Microbiome：隨機過程主導亞熱帶河流微型真核浮游生物羣落構建*

• Microbiome：擴增子16S分析蘇鐵類植物微生物組*

• Microbiome：韋中組揭示根際原生動物羣落是決定植物健康的關鍵因素*

• Microbiome：野生哺乳動物的皮膚和腸道微生物對核污染的反應

• Microbiome：微生物在植物世代之間的旅程

• Microbiome：南農張瑞福團隊揭示放牧引起草原微生物組變化驅動土壤有機碳的轉化和生產力的提升

• Microbiome：中科院遺傳發育所揭示植物發育和氮肥共同作用下的小麥根系微生物組

• Microbiome：土壤微生物羣落對有機和無機土壤改良劑和細菌入侵的恢復力

• Microbiome：NGLess語言實現快速可重複分析宏基因組的流程NG-meta-profiler

• Microbiome：首個地球微生物“社會關係”網絡在浙大繪製！

• Microbiome: 再論擴增子功能預測分析(Picrust)的效果

ISME

• ISME：中科院動物所張知彬組揭示腸道微生物介導了降雨變化對布氏田鼠種羣的上行效應*

• ISME：羣落構建過程的平衡介導農田土壤微生物羣落物種共存*

• ISME：污水廠抗性組受細菌組成和基因交換驅動且出水中抗性表達活躍*

• ISME：城環所楊軍組揭示水庫藍藻影響真核浮游生物的羣落演替和物種共存*

• ISME：宿主性別可以決定腸道微生物對寄生蟲感染的響應*

• ISME：華中農大李霞組發現大豆根際微生物組變化與根瘤菌共生效率的關係

• ISME：病原菌介導植物根際有益微生物羣落組裝

• ISME：菌根真菌菌絲分泌物中的果糖作爲信號激發解磷細菌活化植酸

• ISME：微生物生態學中的挑戰：建立對於羣落功能與動態的預測性認識

• ISME：高手開槓-‘1%的微生物可培養’到底爲哪般？

• ISME：相關分析在微生物生態學中的應用與誤用

• ISME：沈農欒軍波組揭示水平轉移基因的功能

Genome Biology

• Genome Biology：MITRE利用微生物組時間序列數據推斷與宿主狀態變化相關的特徵

Cell Research

• Cell Research封面 | 劉志華組揭示腸道菌羣可促進胰島素的分泌*

• Cell Research：華農解析水虻基因組圖譜和腸道微生物組降解規律

Protein & Cell

• PC: 陳峯等縱論口腔菌羣何以影響全身*

• PC: 對菌羣影響藥效和毒性的全面總結*

Molecular Plant

• MP綜述：植物-微生物互作的系統生物學

• MP：微生物跨界平衡維持植物健康

• MP：中科院微生物所郭惠珊組和中科院上海植物逆境中心段成國組合作揭示油菜生長與免疫動態調節的新機制

• Plant Com：絕對定量檢測宿主微生物組的HA-QAP技術簡介* 全文解讀

Genomics Proteomics Bioinformatics

• GPB：農業生產活動對水體微生態的重要影響

• GPB：菊粉改善糖脂代謝紊亂作用的機制

美國微生物學會mSystem/mBio/AEM

• mSystems：南昌大學徐振江團隊發現微生物預測年齡皮膚比腸道更準確

• mSystems：南京土壤所褚海燕組受邀發表微生物生物地理學綜述(官方配視頻簡介)

• mSystems： 南土所褚海燕組揭示了大空間尺度下空間比季節對土壤微生物羣落的影響大

• 相對丰度會歪曲實際丰度，聯合16S擴增子測序和總菌qPCR獲得的絕對丰度可靠嗎？

• mBio：微生物組學研究的可再現性、可重現性、穩定性與普適性

Frontier in Microbiology

• FM：大熊貓的腸道菌羣可能並沒有特化出發酵纖維素的能力

土壤SBB/SEL

• SBB：石油污染土壤微生物羣落構建與生物多樣性研究*

• SBB：增溫掩蓋不同形態氮素對青藏高原草地微生物羣落的作用*

• SEL：力爭成爲土壤生態學界的“Cell”

• SBB：南土所褚海燕組-pH主導土壤中固氮羣落的共存與裝配

• SBB：土壤微生物羣落的特徵究竟由什麼決定

• SBB：替代固氮酶對非共生固氮可能的貢獻

Current Opinion系列

• COM：重組菌羣體系在根系微生物組研究中應用*

• COM：下一代微生物組技術在作物生產中的應用——侷限性以及基於知識的解決方案的需求

• COM：病原體之外-微生物組與植物免疫系統的相互作用

• COM：根系-土壤-微生物互作

• COB：自然界的循環利用-厭氧微生物羣落推動着自然生物質的降解

環境EST/EM/EP/EI

• EST：廣東生態所孫蔚旻團隊發表尾礦微生態調查兩部曲

• EST：李芳柏團隊揭示微生物介導的砷氧化耦合硝酸還原

• EI：南土所褚海燕組發現農業土壤微生物核心菌羣能夠提升土壤生態功能

• EP：廣東省生態環境技術研究所孫蔚旻團隊: 梯田土壤微生物對不同酸性礦山廢水侵蝕作用的響應機制*

• EM：不同氣候條件下土壤稀有與豐富微生物類羣的分化策略

綜述

• TM：微生物稀有生物圈羣落裝配過程

• BA：根際微生物組提高植物耐鹽性的研究進展*

• FEMS綜述: 如何從微生物網絡中的“毛線球”理出頭緒

• TEE綜述：植物—土壤反饋(PSF)：自然和農業科學間的橋樑

• MER：系統瞭解宏組學實驗與分析

• 淡水：21世紀的分子微生物生態學

• ARM：植物微生物組的生態學與進化

• Ecology&Evolution|微生物功能多樣性從概念到應用

中國科學

• SCLS：水稻微生物組時間序列分析*

• SCLS：擬南芥二半萜類化合物調控根系微生物組*

• 中國科學：植物免疫研究與抗病蟲綠色防控：進展、機遇與挑戰

其它

• GCB：農田土壤豐富真菌比稀有真菌適應更廣(一作解讀+主圖重現)

• BMC：幼兒關節炎患兒腸道菌羣的特徵*

• WR：微生物污染源解析中宿主特異性標記物在中國的表現特徵*

• Science Bulletin：上海植生所王二濤組發表基於絕對定量丰度的植物根際微生物羣落“擴增-選擇”組裝模型*

• JCP：曝氣生物濾池處理焦化廢水過程中N₂O和NO的產生機理與羣落功能研究*

• Fungal Diversity：70位作者共同修訂真菌界擔子菌門分類系統

• PB：玉米氣生根分泌物支持的高效生物固氮

• EL：誰說N素含量高就不固氮了(本研究反而“多多益善”)

• EL：固氮能力主要取決於物種分類而不是土壤養分

• BT：關鍵胞外酶觸發了細菌羣落演替偶聯的高效堆肥

• Viruses：病毒宏基因組學揭示馬來亞穿山甲受仙台病毒和冠狀病毒的侵染

• NewPhy.-揭祕優勢種dominant species

• Gut Microbes：南醫大劉星吟團隊揭示腸道微生物與孤獨症相關*

• 中國微生物組計劃—農作物微生物組*  

• 應用生態學報：東北黑土區不同緯度農田土壤真菌分子生態網絡的比較*

• EID：宏基因組測序在新發腹瀉病毒鑑定中的應用*

• Current Biology: 微生物所白逢彥組段守富揭示釀酒酵母通過基因網絡的逆向進化適應環境的新機制*

• 中國人是否對新冠病毒更易感？*

• 遺傳：從遺傳力到腸菌力：概念及研究進展

• 遺傳：基因組時代線粒體基因組拼裝策略及軟件應用現狀

• RiboFR-Seq：將16S rRNA與宏基因組連接的方法

期刊介紹

• Bioresource Technology

• FEMS Microbiology Ecology

科普視頻-寓教於樂

• Nature點評丨超乎你想像，打噴嚏的飛沫竟然能飛這麼遠！戴口罩防新型肺炎非常有必要！

• 一人一天發兩篇Science，配視頻揭祕：植物如何在與病菌的鬥爭中取勝？

• 腸道—劉洋彧-建腸道菌羣生態網絡

• CCTV9讓屍體說話-法醫密檔

• 走進科學：枯草芽孢桿菌替代畜牧業抗生素添加

• 走進科學：鋤禾者新說

• NHK再造人類生命的神奇細胞

• NHK一片看懂腸道菌羣在人體中的作用

• NHK生命大躍進

• BBC人體奧祕之細胞的暗戰

• BBC人體奧祕Inside.the.Human.Body

• NGC人體內旅行Inside.the.Living.Body

• NGC子宮日記Womb  

• 脫口秀《娶妻當娶女博士》續集《娶妻別娶女博士》北大生物女博士的自白，爆笑加淚點

• 地球5000年變化全景動畫——看完嘆了口氣：整個世界安靜了

• 東北大米爲何如此好喫

• 人類的體溫爲何是37度

• 龍的簡史

• 基建狂魔：硬核技術之隔絕厭氧菌的塗料

• 美國人眼中的中國崛起，15分鐘讓你明白美國對中國打貿易戰的真相！

• 89歲屠呦呦再次震驚世界！視頻介紹瘧疾、青蒿素和背後的故事

• 腸·道 | 邱琇：靚湯/燒香影響母嬰健康？看巨大出生隊列如何揭祕！

• 腸·道 | 朱元方：產檢消毒恐誤傷菌脈，6大舉措則促菌脈相承

• 腸·道 | 馬雄：20年鑽研自身免疫性肝病，爭研究型醫生金牌！

• 王金鋒：母嬰菌羣傳遞的7大關鍵詞

科普圖文

原創

• 你狠心沖掉的便便，正成爲許多腸胃病人的救星

• 原來益生菌是這麼搞定致病菌的

• CNS接連發文背書，原來生薑這麼神奇

• 從幾十人小藥廠走出的驚天抗癌神藥

• 漱口水增加糖尿病，高血壓風險

• NEJM | 益生菌LGG治療腸胃炎無效，Immunity|LGG促進生骨

• Gut, IJC等4篇文章聚焦——喫太多紅肉對身體真的不好，直指心血管疾病、乳腺癌、憩室炎

• 口腔菌羣讓你心口一致——牙疼和心臟病都會犯

• 一些你可能忽略的護牙小技巧

• 過年了，少喝點酒，多喝點茶—綠茶不僅僅是你想的那麼簡單

• 作物馴化與人類的生活

漫畫科普

• 一圖讀懂丨2019新型冠狀病毒，你需要知道什麼？

• 殺人最多的合法毒品

• 成年人過敏的N種變態表現

• 你看的每一篇Nature論文，都是這樣出爐的！

• Nature審了個稿，卻捲進一樁諾貝爾獎的公案！

• 起源、進化、創造、探索——穿越138億年的時間之旅

• 染上艾滋的第22個小時，我完成了自救

• 艾滋病交響詩

• 被傳染艾滋

• 生命簡史

• 梅毒狂想曲

• 氣候創造歷史

• 厭氧君和好氧君誰是明日之子

• 瘋狂的消化之旅——消化系統簡介

• 生物學家也要了解的物理

• 真菌其實是長歪了的動物

• 那些不回微信的人，都在想什麼？

• “我付了錢，爲何要說謝謝？

其它

• “一不小心”成爲大佬：Rob Knight 的傳奇故事

• 結腸癌個性化治療新手段——基於類器官的Cas9篩選平臺 | Cell Press 青促會述評

• 大多數人都不知道，人類基因組正在衰敗

• 哈佛牙學院博士後：教你口腔保健基本功之刷牙篇

• 哈佛牙學院博士後：教你口腔保健基本功之牙線篇

• Nature: 你的腸道菌羣是遺傳自你父母還是後天

• Cell: 爲了PK抗生素而服用益生菌？後果竟然如此嚴重

• 在Cell、Science、Nature發表一篇論文究竟有多難？

• 怎麼跑都不累？自然醫學揭祕微生物組提升運動表現

• 爲了你的幸福，你知道細菌有多努力嗎？

• 腸道菌羣助你脫單，愛TA就請TA一起喫飯

• 56張圖片帶您認識細菌長啥樣？

• Nature：剖腹產到底好不好？——腸道菌羣的視角

• 生物領域預印本bioRxiv發展概覽

寫在後面

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學習16S擴增子、宏基因組科研思路和分析實戰，關注“宏基因組”

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