你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2020.7)

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征稿、转载、合作

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• 宏基因组公众号征稿、招聘、转载、合作启事

• 宏基因组公众号编辑招募——最前沿的科学, 寻找最聪明的你

文章分类导航目录

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《微生物组数据分析与可视化实战》专著

• 众筹编写《微生物组数据分析与可视化实战》——成为宏基因组学百科全书的创始人(目录)

• 编者序：初衷、计划、要求、优势、目标和展望

• 211.Alpha多样性箱线图(样章，11图2视频)

• 212.样本量和测序深度的Alpha多样性稀释曲线

• 221.Beta多样性PCoA和NMDS排序

• 223.主成分分析PCA

• 全网最简单的网络图画法，小白福音包学包会

• 宏基因组领域杂志简介及最新影响因子

精选文章推荐

10000+

• 刘永鑫：想学菌群生物信息分析-21分钟带你入门

• 遗传：微生物组数据分析方法与应用

• USEARCH—最简单易学的扩增子分析流程

• Nature综述：手把手教你分析菌群数据 2020更新

• 微生物组入门必读+宏基因组实操课程

• 宏基因组分析教程

• 学术论文图表基本规范大全

• 一篇所有研究生都该读的好文：阳光温热 科研静好

• 这就是我的研究生生活

• 人体上的生命：看完此片我想把身上的细菌寄生虫供起来

• Science：科学家亲眼看到细菌产生耐药性的全过程

• Nature综述：微生物构成的氮循环网络

• Nature替宠物正名：宝宝身体好，猫狗不可少

• DNA提取也能发Nature？

• 再这么配培养基，你的细菌都被毒死了！

• 这种本该消失的恐怖传染病卷土重来是一场人祸

• 一席-赵立平-大树细菌

• 给多头绒泡菌叫外卖，它真的很喜欢吃平菇

• 一顿寄生虫大餐，或能治好干净引来的免疫病

• NBT封面：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用

• 一片看懂肠道菌群在人体中的作用

• 岛国科普—生命大跃进

• 3分和30分文章差距在哪里？

• 28个实用绘图包，总有几个适合你

• 测序发展史，150年的风雨历程

• Nature评论：中国成为超级大国，背后是科学的力量

• 美国科学院公布未来农业发展方向-生物信息和微生物组

5000+

• 2019国自然微生物中标4个亿

• 下次诺奖会是他吗？肠道微生物组开创者Jeffrey Gordon

• 导师太牛而自己很水，是一种怎样的体验？

• 你想要的生信知识全在这—生信宝典

• NBT：实验vs分析，谁对结果影响大

• NC：16S序列预测培养基配方

• Cell：人与肠道菌群休戚与共的一生

• 35张图，看懂肠道和大脑的魔性关系

• 深度好文—我们的未来在哪里？

• 学术图表的基本配色方法

• 手把手带你重现菌群封面文章图表

• 79个超强微生物知识助你孕育超优宝宝

• 漫谈16S的前世今生

• 16S+功能预测发Sciences：尸体降解过程

• Nature：宏基因组关联分析(1) (2)

• Nature子刊：肠道菌群如何划分肠型

• 一条命令绘制CNS配图-ggpubr

3000+

• NBT-新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究

• 简单漂亮的在线生信绘图工具imageGP

• 一文读懂微生物组

• 进化树 一文读懂

• iTOL美化 进阶  

• GraPhlAn进化树 物种树Cladogram官方教程中文 重现Nature文章实战

• Evolview基础 进阶

• 自学生信-biostar handbook

专刊、会议、招聘

专刊征稿

• JoVE微生物组专刊征稿，写方法拍视频教程发SCI

• 生物工程学报-微生物组测序与分析专刊

培训会议

• 6月12-6月14日，转录组分析和R数据可视化第11期

• 6月22日美国科学院院士、斯坦福大学王永雄（Wing H Wong）教授

• 7月24-26日，微生物组-宏基因组分析第8期

• 8月14-16日，微生物组-扩增子16S分析第9期

人才招聘

• 中科院微生物所高程组招聘助研3名(正式编制)

• 南方科技大学Medi-X研究院-环境健康平台博士后招聘

• 中山大学丁涛组博后及副研招聘-微生物组学方向

• 中科院微生物所高程组博士后招聘-真菌组与生态功能的研究

• 北京大学口腔医学院陈峰课题组微生物方向招聘博士后

• 西湖大学郑巨圣组招聘博士后-人类肠道微生物、多组学整合、生物信息交叉学科方向

• 中科院北京生科院赵方庆团队招聘人体微生物组方向特别研究助理

• 浙大蒋超组招聘博后和技术员：环境暴露组和微生物组

• 哈佛医学院刘洋彧组诚聘博后-微生物组学方向

• 华中农大津田贤一组招植物微生物组、生物信息方向博士后 2

• 西湖大学鞠峰团队招聘“土壤微生物组学”与“高通量基因组-培养组学”2名博士后

• 南科大翟继先组招聘，博士生8万+，博后34万+

• 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组

• 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物

• 北京市农林科学院植环所植物病害综合防治研究室招聘微生物组学、计算生物学

广告合作

• 生信服务器推介，助力科研

• 微生物16S测序数据的正确打开方式

• 多快好省的宏基因组研究技巧

• 给你的数据一个家，一个有DOI的地方 | 生物数据库承建

• Dell服务器采购-劲爆优惠来袭

• 让您的投稿更高效，发表更顺利

• Nature Microbiology：火眼金睛，肠道菌群绝对定量分析擒“真凶”！

• 天昊生物16S扩增子绝对定量测序项目文章再次登陆《Science of the Total Environment》

• 天昊生物16S扩增子绝对定量测序技术助力客户登陆Science of the Total Environment

• 如何读懂和利用你的微生物多样性测序结果？

• 690元即可进行宏基因组测序！最快15天即可完成！免费提取DNA，全国包邮，部分地区还派送干冰！

• 扩增子分析系列视频课程（含课程PPT以及示例代码）

科研经验

• SCI论文投稿全程模板

• 985助理教授与二本教授哪个水平高？

• 清华生命院长王宏伟专访：面对这些情况，要勇于说“不”

• 从博后到PI的十个建议

• Nature：好导师的16个标准

• 研究生，导师不是你的保姆

• 关于肠道菌群研究的7大事实和5大倡议

• 这篇文章说出了研究生和导师的相处真谛

• 要不要读博，以及读博后如何顺利毕业并找到理想工作？五个最接地气的忠告

• Nature：给博士研究生的四条箴言Four golden lessons，颜宁推荐

• 为什么我参加了那么多学术会议依旧一无所获？

• 终极大招——怎么在学术会议上有所收获？

• AI学习教程 1基本图形绘制 2模式图 3排版 画冠状病毒

• 如何优雅的提问

• 我的生物信息之路

• 公众号搜索方法大全

• 科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号

• 文献阅读 1GeenMedical 2SCI-HUB

• 生信编程模板  Perl  Shell  R

• 生物信息之程序学习

• 论文Figures，你不能不知道的秘密

• 图表色彩运用原理的全面解析

• 原始数据极速上传NCBI SRA教程

• 中国核酸数据库GSA数据提交指南 扩增子16S实例 宏基因组实例

• Endnote X8云同步：有网随时读文献

• Excel绘图新高度-EasyCharts

• 你和PPT高手之间，就只差一个iSlide

• Windows10远程桌面Ubuntu

• 想发高分论文的同学看过来，这里有10分的杂志和主编可以了解一下！

• 为何新刊物Microbiome影响因子这么高？主编Jacques Ravel教授来告诉你

• SCI论文写作1.论文的三段式结构 2.引言的逻辑解析

• 压缩PDF文件大小满足上传要求

软件流程

• Graphpad绘图初学 生物统计绘图进阶

• TBtools - 超过一万人在使用的生信小工具

• BIOM：生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式

• STAMP——微生物组间差异统计分析 简明教程 中文帮助文档

• FUNGuild：真菌功能注释

• 在线RaxML构建系统发育树

• MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级

• Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达

• psRobot：植物小RNA分析系统  

• RepeatMasker：基因组重复序列注释

• 基因组注释 1重复序列 2非编码和编码基因 3功能注释Prokka

• Canoco5绘制漂亮的DCA或CCA图

• 一个细菌基因组完整分析脚本

• 结构方程模型（SEM）的理论和基本实现过程

软件基础必学系列

• Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网

• 玩转花式截图、录屏——FastStoneCapture使用指南

• Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼

• 软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全

• 数据的质量控制软件——fastQC

• 整合QC质控结果的利器——MultiQC

• 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp

扩增子分析

• 价值130欧元的《微生物组分析Microbiome Analysis》2018版电子书

• 价值1143元的《R语言统计分析微生物组数据》系列图书

• 微生物组领域近十年最重要的8个软件或算法

扩增子教程

• 扩增子16S分析专题研讨论会——背景介绍

• 扩增子图表解读-理解文章思路

• 扩增子分析流程-把握分析细节

• 扩增子统计绘图-冲击高分文章

• 16S功能预测 0概述   1KO通路PICRUSt  2元素循环FAPROTAX  3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun Tax4Fun2

• PICRUSt2：OTU/ASV等16S序列随意预测宏基因组，参考数据库增大10倍

• CHM：FishTaco将样本功能同对应的微生物联系起来，得到功能改变的驱动因子

• 水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA  2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归

• Nature Method ：Striped UniFrac算法分析微生物组大数据

QIIME2教程(2020.2)

• NBT：QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台

• 1简介和安装Introduction&Install

• 2插件工作流程概述Workflow

• 3老司机上路指南Experienced

• 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures

• Genome Biology：人体各部位微生物组时间序列分析

• 5粪菌移植分析练习FMT

• Microbiome：粪菌移植改善自闭症

• 6沙漠土壤分析Atacama soil

• mSystems：干旱对土壤微生物组的影响

• 7帕金森小鼠教程Parkinson’s Mouse

• Cell：肠道菌群促进帕金森发生ParkinsonDisease

• 8差异丰度分析gneiss

• 9数据导入Importing data

• 10数据导出Exporting data

• 11元数据Metadata

• 12数据筛选Filtering data

• 13训练特征分类器Training feature classifiers

• 14数据评估和质控Evaluating and controlling

• 15样品分类和回归q2-sample-classifier

• 16纵向和成对样本比较q2-longitudinal

• 17鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch

• 18序列双端合并read-joining

• 19使用q2-vsearch聚类OTUs

• 20实用程序Utilities

• 21进化树推断q2-phylogeny

• 22命令行界面q2cli

• 23图形界面q2studio

• 24Python命令行模式Artifact API

• 25可用和开发中插件AvailableFuturePlugins

• 26开发新插件DevelopingPlugin

• 27语义类型Semantic

• 28社区Community

• 29参考数据库DataResources

• 30补充资源SupplementaryResources

• 31名词Glossary

• 32如何写方法和引用Citing

• 国内网络环境优化qiime2安装过程-QIIME 2安装慢或无法下载的解决方案

• ANCOM：找出微生物群落中的差异物种

易生信-扩增子教程

• 01-背景介绍

• 02-真菌引物选择

Webserver在线分析平台

• 微生物组网页工具MicrobiomeAnalyst——教你零基础开展微生物组数据分析和可视化 Nature子刊：官网教程中文版、 实操教程、  NAR：原文解读

• NAR：gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台

• NAR：rrnDB-16S拷贝数校正数据库

• METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求

• SILVAngs:16S/18S在线分析1  2

• 微生物组数据库（http://egcloud.cib.cn）正式上线

• MetaCoMET——核心微生物组分析在线工具

相关软件和数据库教程

• 扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 OTU表抽平otutab_rare 核心OTU鉴定otutab_core

• 扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档

• Nature Methods：快速准确的微生物来源追溯工具FEAST Phyloseq格式使用实战 原版代码实战

• SourceTracker—微生物来源分析

• LEfSe分析简介
  简化美化LEfSe分析结果图

• DADA2中文教程v1.8

• 微生物组统计和可视化——phyloseq入门

• 微生物扩增子数据库大全

• NAR：UNITE真菌鉴定ITS数据库

• MER： 基于ITS区域marker扩增真菌群落的准确性

• MIMOSA2： 基于微生物组和代谢组数据的整合分析

• 方差分解分析 (VPA)：定量不同环境因子对群落变化的解释比例

宏基因组分析

高分文章和图书推荐

• 一文读懂宏基因组分析套路

• Springer发表第二版“宏基因组学”研究最新指导书

• Nature综述：2万字带你系统入门鸟枪法宏基因组实验和分析

• 1综述、MetaPhlAn2、Kraken、MetaMaps、HUMAnN2、MEGAHIT、MetaWRAP和宏表观组

• 2综述、metaSPAdes、IDBA-UD、MetaQuast、Prokka、metaProdigal

• 3宏基因组定量、功能注释和高级分析代码

软件评测和简介

• Cell：20种宏基因组学物种分类工具大比拼

• mSystems：鸟枪法宏基因组测序之外我们还能做什么

• 青岛能源所提出微生物组相似度新算法DMS

教程系列

• 2016加拿大宏基因组分析教程

• 1简介-定义、方法和数据库

• 2扩增子-微生物群落多样性

• 3PICRUSt功能预测

• 4宏基因组物种组成和分箱

• 5宏基因组功能数据库与通路

• 6宏转录组流程和功能

• 7挖掘微生物组生物标记

• 4500元的微生物组培训资料

• 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程

• GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架

• 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析

• 30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下

• 微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组

• Nature Protocols：整合宏基因组、代谢组和表型分析的的计算框架

有参分析Read-based

• MetaPhlAn2基于多标记基因的宏基因组物种组成定量 文章解读 软件使用

• HUMAnN2基于UniRef数据库的功能定量 1文章解读 2软件教程 3有参分析流程

• Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类软件 宏基因组序列物种分类之kraken 1/2和Bracken的使用

• 宏基因组注释和可视化神器MEGAN入门

无参Assembly-based

• 1背景知识-Shell入门与本地blast实战

• 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer

• 3组装拼接MEGAHIT(多快好省)和评估quast

• MEGAHIT：通过简洁的de Bruijn图为超大型复杂宏基因组拼接的超快速单节点解决方案

• metaSPAdes：新型多功能宏基因组拼接工具

• IDBA-UD：组装非均匀覆盖度的宏基因组和单细胞数据

• MetaQuast：评估宏基因组拼接

• 4基因注释Prokka Prokka：快速原核基因组、宏基因组基因注释 Prodigal：原核基因识别和翻译起始位点鉴定  metaProdigal：宏基因组序列中的基因和翻译起始位点预测

• 5基于Kmer比较数据集sourmash

• 6不比对快速估计基因丰度Salmon Salmon不比对快速宏基因组基因定量

• 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

• 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin

• 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o

• 10绘制圈图-Circos安装与使用

功能注释数据库

• KEGG在线数据库使用攻略

• KEGG功能注释工具 KofamKOALA 安装与使用

• NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因

• EggNOG功能注释数据库在线和本地使用 eggNOG 5数据库介绍

• antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测  

• NAR：antiSMASH数据库2—次级代谢物基因簇预测

• 抗生素抗性基因研究进展PPT分享

• Briefings in Bioinformatics：微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展

• WebMGA：超快的基因组序列聚类注释在线工具

分箱专题

• Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署  实战和结果解读

• NBT：宏基因组”读云”10X建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组

• DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组

• 一文读懂宏基因组binning

• 微生物基因组分类数据库GTDB和软件GTDB-Tk

统计分析及可视化

• Krona绘制物种或功能组成圈图

• microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram

• Nmeth：DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率

• curatedMD包挖掘宏基因组公共数据库

参考基因(组)集

• Cell：Tara2.0基因表达的改变和群落的更替塑造了全球海洋宏转录组

• Nature：基于宏基因组测序构建人类肠道微生物组参考基因集

• NBT：人类微生物组千万基因的参考基因集

• NC：全球柑橘根际微生物组的结构和功能

• Cell子刊：人类微生物组参考基因集中的单体基因

病毒组

• 热点：3个故事概览突飞猛进的肠道病毒组研究

• Nature：梁冠翔等发现肠道病毒组在新生儿体内分段寄生的模式

• Cell子刊：人体肠道病毒组高度多样、稳定且个体特异

• QB：基于深度学习的病毒序列识别

三代测序专题

• NBT：牛瘤胃微生物组的参考基因组集

• NBT：宏基因组二、三代混合组装软件OPERA-MS

• NBT封面：纳米孔宏基因组6小时识别下呼吸道病原体

• 纳米孔测序揭示冻土冻融对土壤微生物群落变化的影响

• 2019新型冠状病毒Nanopore测序标准操作流程

• Medicine in Microecology：微生物所王军组发表Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法

• 高分文章精选 | 纳米孔宏基因组测序的表现

Linux与Shell

• 生信人值得拥有的编程模板-Shell

• 生信人值得拥有的编程模板-Perl

• 手把手教你生信分析平台搭建

• Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows

• 开启win10内置Linux子程序

• Docker的基本使用-Ubuntu18.04

• linux 极简统计分析工具 datamash

• csvtk：高效命令行版极简dplyr

• 文件批量重命名的技术，你值得拥有

• 耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？

R统计绘图

R语言基础

• 图之典—可视化图表的词典

• 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出

• R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences

• 数据可视化基本套路总结

• R图转成Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等

• 你知道R中的赋值符号箭头<-和等号=的区别吗？

• 使用dplyr进行数据操作30例

• 交集intersect、并集union、找不同setdiff

• R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换

• R最快且比dplyr最高效的大数据处理R包：tidyfst

• 字符串处理stringr包在微生物生态的应用基础

• 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）

• 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互

• 3数据筛选——提取对象的子集

• 4向量、矩阵的数学运算

• 5控制结构

• 6函数及作用域

• 7认识循环函数lapply和sapply

• 8分解数据框split和查看对象str

• 9模拟—随机数、抽样、线性模型

ggplot2绘图基础

• ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)

• ggplot2地理信息可视化 上 下

• 1初识ggplot2绘制几何对象

• 2图层的使用—基础、加标签、注释

• 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布

• 4语法基础

• 5通过图层构建图像

• 6标度、轴和图例

• 7定位-分面和座标系

• 8主题设置、存储导出

• 9绘图需要的数据整理技术

• ggThemeAssist：鼠标调整ggplot2主题，不用再记这些代码啦！

• 不需要懂得编程，但却可以使用ggplot2画出论文级别的图？esquisse

• ggplot版本的华夫饼图吧

R语言绘图专辑

• ggplot2版聚类物种丰度堆叠图

高级统计绘图

• 50个ggplot2可视化案例

• R语言大会：宏基因组数据分析和可视化套路总结

• 28个实用绘图包，总有几个适合你

• 热图绘制

• 获取pheatmap聚类后和标准化后的结果

• R做线性回归

• 绘图相关系数矩阵corrplot

• 相关矩阵可视化ggcorrplot

• 绘制交互式图形recharts

• 交互式可视化CanvasXpress

• 聚类分析factoextra

• LDA分析、作图及添加置信-ggord

• 解决散点图样品标签重叠ggrepel

• 添加P值或显著性标记ggpubr

• R语言一键批量完成差异统计和可视化

• Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve

• 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化

• 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial

• 桑基图riverplot

• 分类堆叠柱状图顺序排列及其添加合适条块标签

• 微生物环境因子分析ggvegan

• 五彩进化树与热图更配ggtree

• 多元回归树分析mvpart

• 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression

• 加权基因共表达网络分析WGCNA

• SPIEC-EASI的微生物网络构建示例

• circlize包绘制circos-plot

• R语言搭建炫酷的线上博客系统

• 使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图

• R包circlize：柱状图用腻了？试试好看的弦状图

• Science组合图表解读：相关corrplot+环境因子连线

• gganimate绘制动图观察连续变化数据

• Pathview包：整合表达谱数据可视化KEGG通路

• ggcor：相关系数矩阵Science级组合图表

• ggridges包：时间动态波涛汹涌图

• 地图 世界 中国

• 手把手重现Science的主图Maptree

• 基于R的混合线性模型的实现

• 普鲁克分析（Procrustes Analysis）评估物种-环境/功能关联度的一个示例

• R语言绘制带聚类树的堆叠柱形图

网络

• MetagenoNets：在线宏基因组网络分析实操教程 NAR文章解读

• 使用网络图展示Venn图集合及Cytoscape操作视频

• 网络图在R中的实现-igraph

• Gephi轻松绘制超美网络图

• 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet  

• SparCC的微生物网络构建示例

• Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析 GIANT包分析网络的Z、P-score 制作带bar和pie节点的网络图

实验设计与技术

• 微生物组取样和DNA提取建议

• 微生物常见20种培养基配方

• 微生物组学研究的那些”奇葩“动物模型

• 样品生物学重复数据选择 1必要性  2需要多少重复？ 样本量确定

• 样品命名 注意事项 实例

• NBT：扩增子及其他测序的最小信息标准和测序规范(MIMARKS)

• NBT：未培养病毒基因组的最少信息标准（MIUViG）

• 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估

• 海洋可培养微生物的鉴定与分类

• 怎么取粪便样品

• 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取

• Microbiome: 室温存储样本方法比较

• NBT：高通量测序16S及18S rRNA全长

• Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响

• Microbiome：扩增子检测环境样本单细胞真核生物和寄生虫的新方法

• Rob Knight: PCR不需要做三个平行再混合！

基础知识

• 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组

• Nature综述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清

• Microbiome：微生物组名词定义

• 群落生态学的 α-、β-、γ-多样性

• 16S测序，不知道OTU你就out了！

• 扩增子分析还聚OTU就真OUT了

• 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较

• 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA

• Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理

• PCoA距离算法大全

• 读懂PCA和PCoA

• 二代测序数据统计分析中为什么是负二项分布？

• 宏基因组基础知识梳理

• 功能基因多样性研究概述

• 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结

• 环境因子关联分析—CCA还是RDA

• P值背后那些事儿

• 轻松看懂机器学习十大常用算法

• 一文读懂随机森林在微生态中的应用

• 你想知道的ROC曲线

• 相关分析：Spearman、Kendall和Pearson

• 学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq

• 一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用

• 小麦的一生矢量图收藏贴-从种子的萌发到完熟

文献解读

*作者解读(由论文作者亲自讲述文章结果和背后的故事)。

Nature

• Nature：何胜洋和辛秀芳组发表植物叶际微生物组稳态机制*

• Nature：人类胎盘应该真的是无菌的

• Nature：中科院先进院发现空间扩展生境定殖的进化稳定性策略

• 10篇Nature专题报导人类微生物组计划2(iHMP)成果及展望

• Nature：iHMP之“微生物组与炎症性肠病”

• Nature：iHMP之“微生物组与前驱糖尿病”

• Nature：人体菌群研究的25个里程碑

• Nature：首个肠道微生物对药物代谢影响的系统性研究

• Nature：TEDDY计划中幼儿肠道微生物组随时间的发育

• Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应

• Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用

• Nature：真菌由肠道入侵胰腺定植富集Malassezia菌

• Nature：肠道菌如何影响大脑，帮助消除恐惧相关的行为

• Nature：微生物的胆汁酸代谢物调节宿主肠道特异Treg细胞的稳态

• Nature专题：肠道菌群研究的现在和未来

• Nature：在人类肠道营菌群中发现获得性细菌防御基因

Scinece

• Science：拟南芥三萜化合物特异调控根系微生物组* 专家点评

• Sciences：用膳食纤维”钓”出15株缓解糖尿病的细菌！*

• Science综述：利用根际微生物组提高作物抗旱和产量

• Science：肠道菌群又添一大功能，揭示你的真实年龄

• Science：亚硝酸盐氧化细菌在黑暗海洋中的主要作用

• Science：又一明星菌群可以调控肠道免疫？

• Science：固氮（The nitrogen fix）

• Science：比较基因组揭示银边鱼应对捕鱼行为的表型进化机制

• Science评论|只需加一种菌，番茄不仅抗盐胁迫还提高65%产量！

• Science：微生物组“淘金热”，从人体中发现新型抗菌剂

• Science：病原菌激活植物内生菌群的抑病功能

• Science：综述肠道菌群如何影响社交行为

• Science: 微生物组是宿主新兴表型的来源

• Science：充满铵盐的环境依然发生固氮

• Science：基于微生物条形码系统的高分辨率物源追踪技术

Cell

• Cell：中科院遗传发育所周俭民受邀综述植物免疫激活及信号传导的最新进展

• Cell：土传遗产

• Cell：植物根系如何允许有益微生物定植的

• Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控

• Cell ：根部微生物跨界的互作促进拟南芥生存

• Cell：新方法PopCOGenT鉴定微生物基因组间的基因流动

• Cell：小基因开启微生物组研究新领域——大规模鉴定微生物基因组编码的小蛋白质

• Cell：绝对异养型生物改造成完全自养型生物

• Cell二连发 | 广东CDC/耶鲁大学利用纳米孔测序揭示中/美新冠病毒基因组流行病学传播规律

Nature子刊

• NBT封面：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用*

• NBT：南农突破成果—噬菌体：土壤“狙击手”激发根际防御军团(附视频)*

• NBT封面：纳米孔基因组测序快速临床诊断细菌性下呼吸道感染

• NBT：MaPS-seq测序方法揭示肠道微生物空间分布

• NBT：线虫的工程细菌共生体提高对西方玉米根虫的生防潜力

• NBT：利用血液代谢组预测肠道微生物组的多样性

• NBT：利用细胞甘油三酯存储提高链霉菌中聚酮类化合物的效价

• Nature子刊：到底谁才是限制非共生固氮的幕后主使*

• Nat. Med.：iHMP之“微生物组与早产”

• Nat. Med.：婴儿生命早期肠道病毒组和细菌组的动态

• NRM：人类微生物培养及培养组学

• NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态

• NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性

• NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态

• NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用

• NRM：多年冻土的微生物组

• Nature综述: 给医生的菌群分析指南上 下

• NRM综述：微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落

• NRGH综述：优先效应在生命早期肠道微生物组形成中的作用

• NRG综述：临床宏基因组学的应用与挑战

• Nat. Ecol. Evol.：不想当化学家的物理学家不是好的生物学家

• Nat Micro：房刚组揭示细菌表观遗传调节艰难梭菌孢子形成*

• Nat Micro：视频解读！铁载体：作物根际稀缺资源保卫战的“秘密武器”

• Nat Micro：微生物组数据系统发育分析的方法

• Nat Micro：全球污水处理厂细菌群落揭秘！

• Nature Plants: 中科院微生物所郭惠珊研究组揭示土传病原菌逃避寄主免疫的新机制

• Nature综述：如何获得理想的微生物组

• NRM：工程微生物组的通用原则和最佳实践

• NP：华中农大Kenichi Tsuda组利用植物体内原位细菌转录及蛋白组学鉴定寄主免疫攻击的病原菌蛋白

• NC：菌物组构建—-随机性v.确定性、干旱胁迫、宿主筛选、统一动态(郭良栋、杨军点评)*

• NC：南农沈其荣、张瑞福团队揭示多样性激发的确定性细菌装配过程限制群落功能

• NC：你觉得你吃的是草，其实你还是吃的土(遗传发育所朱峰)

• NC：恢复菌群多样性或能降低耐药性

• NC：蜜蜂肠道微生物的多样性

• NC：应对干旱 细菌崩了 真菌依然很稳（纯网络分析发Nature子刊）

• NC：南土所贾仲君组-稻田甲烷氧化的微生物机制

• NC：沈阳生态所揭示病原真菌和昆虫对温带森林木本植物物种共存的重要作用

• NC：免疫组库高通量分析工具：IGoR——更精确剖析免疫组库

Science子刊

• SA：南农沈其荣团队Science子刊揭示番茄早期微生物组功能决定成年健康*

为什么Science子刊这么少，因为杂志和文章量最小，比Nature子刊少1个数量级。

Cell子刊

• Cell子刊：中科院遗传发育所周俭民组发现特异靶向病原菌致病力的植物天然产物并阐明作用机制*

• Cell子刊：发现60%的非酒精性脂肪肝与肠道菌有关，携带者体内酒精可达健康人4-6倍

• CHM综述-建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会

• CHM：根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系

• CHM：成年同卵双胞胎的病毒组多样性与肠道微生物组多样性相关

• CHM：中山大学李剑峰组揭示植物利用细菌获得真菌抗性

Gut

• Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康* 孕期健康对孩子至关重要

• Gut：人体口腔菌群的稳定性和动态变化规律* 科普：口腔微生物“你的大能量，超乎我想象”

• Gut-2018-早期肝癌肠道生物标志物鉴定

PNAS

• PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌

• PNAS：人类皮肤微生物的独特性和哺乳动物的系统发育共生现象

• PNAS：问微生物群落演替之随机性与确定性过程-谁主沉浮

Microbiome

• Microbiome：华中农大谢卡斌组利用CRISPR系统减少16S rRNA基因测序宿主污染*

• Microbiome：南土所孙波组揭示间作重塑根际微生物组并促进生长的机制

• Microbiome：南京农大团队在粘细菌捕食的生态学功能方面取得重要进展

• Microbiome：中外合作揭示微生物群落降解复杂微生物聚合物的酶(视频导读)

• Microbiome：环境过滤驱动农田生态系统土壤古菌独特的空间分布*

• Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环*

• Microbiome：40年施肥处理后固氮菌及氮固定受抑制 新闻稿:南土所褚海燕组揭示长期施肥抑制根际微生物固氮的作用机制*

• Microbiome：根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物病原菌*

• Microbiome：马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展*

• Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？*

• Microbiome：鸡肠道微生物宏基因集(张和平、魏泓、秦楠点评)*

• Microbiome：应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关*

• Microbiome：利用Nanopore高通量测序技术解析污水处理体系可移动抗性基因组*

• Microbiome：随机过程主导亚热带河流微型真核浮游生物群落构建*

• Microbiome：扩增子16S分析苏铁类植物微生物组*

• Microbiome：韦中组揭示根际原生动物群落是决定植物健康的关键因素*

• Microbiome：野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物对核污染的反应

• Microbiome：微生物在植物世代之间的旅程

• Microbiome：南农张瑞福团队揭示放牧引起草原微生物组变化驱动土壤有机碳的转化和生产力的提升

• Microbiome：中科院遗传发育所揭示植物发育和氮肥共同作用下的小麦根系微生物组

• Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力

• Microbiome：NGLess语言实现快速可重复分析宏基因组的流程NG-meta-profiler

• Microbiome：首个地球微生物“社会关系”网络在浙大绘制！

• Microbiome: 再论扩增子功能预测分析(Picrust)的效果

ISME

• ISME：中科院动物所张知彬组揭示肠道微生物介导了降雨变化对布氏田鼠种群的上行效应*

• ISME：群落构建过程的平衡介导农田土壤微生物群落物种共存*

• ISME：污水厂抗性组受细菌组成和基因交换驱动且出水中抗性表达活跃*

• ISME：城环所杨军组揭示水库蓝藻影响真核浮游生物的群落演替和物种共存*

• ISME：宿主性别可以决定肠道微生物对寄生虫感染的响应*

• ISME：华中农大李霞组发现大豆根际微生物组变化与根瘤菌共生效率的关系

• ISME：病原菌介导植物根际有益微生物群落组装

• ISME：菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸

• ISME：微生物生态学中的挑战：建立对于群落功能与动态的预测性认识

• ISME：高手开杠-‘1%的微生物可培养’到底为哪般？

• ISME：相关分析在微生物生态学中的应用与误用

• ISME：沈农栾军波组揭示水平转移基因的功能

Genome Biology

• Genome Biology：MITRE利用微生物组时间序列数据推断与宿主状态变化相关的特征

Cell Research

• Cell Research封面 | 刘志华组揭示肠道菌群可促进胰岛素的分泌*

• Cell Research：华农解析水虻基因组图谱和肠道微生物组降解规律

Protein & Cell

• PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身*

• PC: 对菌群影响药效和毒性的全面总结*

Molecular Plant

• MP综述：植物-微生物互作的系统生物学

• MP：微生物跨界平衡维持植物健康

• MP：中科院微生物所郭惠珊组和中科院上海植物逆境中心段成国组合作揭示油菜生长与免疫动态调节的新机制

• Plant Com：绝对定量检测宿主微生物组的HA-QAP技术简介* 全文解读

Genomics Proteomics Bioinformatics

• GPB：农业生产活动对水体微生态的重要影响

• GPB：菊粉改善糖脂代谢紊乱作用的机制

美国微生物学会mSystem/mBio/AEM

• mSystems：南昌大学徐振江团队发现微生物预测年龄皮肤比肠道更准确

• mSystems：南京土壤所褚海燕组受邀发表微生物生物地理学综述(官方配视频简介)

• mSystems： 南土所褚海燕组揭示了大空间尺度下空间比季节对土壤微生物群落的影响大

• 相对丰度会歪曲实际丰度，联合16S扩增子测序和总菌qPCR获得的绝对丰度可靠吗？

• mBio：微生物组学研究的可再现性、可重现性、稳定性与普适性

Frontier in Microbiology

• FM：大熊猫的肠道菌群可能并没有特化出发酵纤维素的能力

土壤SBB/SEL

• SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究*

• SBB：增温掩盖不同形态氮素对青藏高原草地微生物群落的作用*

• SEL：力争成为土壤生态学界的“Cell”

• SBB：南土所褚海燕组-pH主导土壤中固氮群落的共存与装配

• SBB：土壤微生物群落的特征究竟由什么决定

• SBB：替代固氮酶对非共生固氮可能的贡献

Current Opinion系列

• COM：重组菌群体系在根系微生物组研究中应用*

• COM：下一代微生物组技术在作物生产中的应用——局限性以及基于知识的解决方案的需求

• COM：病原体之外-微生物组与植物免疫系统的相互作用

• COM：根系-土壤-微生物互作

• COB：自然界的循环利用-厌氧微生物群落推动着自然生物质的降解

环境EST/EM/EP/EI

• EST：广东生态所孙蔚旻团队发表尾矿微生态调查两部曲

• EST：李芳柏团队揭示微生物介导的砷氧化耦合硝酸还原

• EI：南土所褚海燕组发现农业土壤微生物核心菌群能够提升土壤生态功能

• EP：广东省生态环境技术研究所孙蔚旻团队: 梯田土壤微生物对不同酸性矿山废水侵蚀作用的响应机制*

• EM：不同气候条件下土壤稀有与丰富微生物类群的分化策略

综述

• TM：微生物稀有生物圈群落装配过程

• BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展*

• FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪

• TEE综述：植物—土壤反馈(PSF)：自然和农业科学间的桥梁

• MER：系统了解宏组学实验与分析

• 淡水：21世纪的分子微生物生态学

• ARM：植物微生物组的生态学与进化

• Ecology&Evolution|微生物功能多样性从概念到应用

中国科学

• SCLS：水稻微生物组时间序列分析*

• SCLS：拟南芥二半萜类化合物调控根系微生物组*

• 中国科学：植物免疫研究与抗病虫绿色防控：进展、机遇与挑战

其它

• GCB：农田土壤丰富真菌比稀有真菌适应更广(一作解读+主图重现)

• BMC：幼儿关节炎患儿肠道菌群的特征*

• WR：微生物污染源解析中宿主特异性标记物在中国的表现特征*

• Science Bulletin：上海植生所王二涛组发表基于绝对定量丰度的植物根际微生物群落“扩增-选择”组装模型*

• JCP：曝气生物滤池处理焦化废水过程中N₂O和NO的产生机理与群落功能研究*

• Fungal Diversity：70位作者共同修订真菌界担子菌门分类系统

• PB：玉米气生根分泌物支持的高效生物固氮

• EL：谁说N素含量高就不固氮了(本研究反而“多多益善”)

• EL：固氮能力主要取决于物种分类而不是土壤养分

• BT：关键胞外酶触发了细菌群落演替偶联的高效堆肥

• Viruses：病毒宏基因组学揭示马来亚穿山甲受仙台病毒和冠状病毒的侵染

• NewPhy.-揭秘优势种dominant species

• Gut Microbes：南医大刘星吟团队揭示肠道微生物与孤独症相关*

• 中国微生物组计划—农作物微生物组*  

• 应用生态学报：东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较*

• EID：宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用*

• Current Biology: 微生物所白逢彦组段守富揭示酿酒酵母通过基因网络的逆向进化适应环境的新机制*

• 中国人是否对新冠病毒更易感？*

• 遗传：从遗传力到肠菌力：概念及研究进展

• 遗传：基因组时代线粒体基因组拼装策略及软件应用现状

• RiboFR-Seq：将16S rRNA与宏基因组连接的方法

期刊介绍

• Bioresource Technology

• FEMS Microbiology Ecology

科普视频-寓教于乐

• Nature点评丨超乎你想像，打喷嚏的飞沫竟然能飞这么远！戴口罩防新型肺炎非常有必要！

• 一人一天发两篇Science，配视频揭秘：植物如何在与病菌的斗争中取胜？

• 肠道—刘洋彧-建肠道菌群生态网络

• CCTV9让尸体说话-法医密档

• 走进科学：枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加

• 走进科学：锄禾者新说

• NHK再造人类生命的神奇细胞

• NHK一片看懂肠道菌群在人体中的作用

• NHK生命大跃进

• BBC人体奥秘之细胞的暗战

• BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body

• NGC人体内旅行Inside.the.Living.Body

• NGC子宫日记Womb  

• 脱口秀《娶妻当娶女博士》续集《娶妻别娶女博士》北大生物女博士的自白，爆笑加泪点

• 地球5000年变化全景动画——看完叹了口气：整个世界安静了

• 东北大米为何如此好吃

• 人类的体温为何是37度

• 龙的简史

• 基建狂魔：硬核技术之隔绝厌氧菌的涂料

• 美国人眼中的中国崛起，15分钟让你明白美国对中国打贸易战的真相！

• 89岁屠呦呦再次震惊世界！视频介绍疟疾、青蒿素和背后的故事

• 肠·道 | 邱琇：靓汤/烧香影响母婴健康？看巨大出生队列如何揭秘！

• 肠·道 | 朱元方：产检消毒恐误伤菌脉，6大举措则促菌脉相承

• 肠·道 | 马雄：20年钻研自身免疫性肝病，争研究型医生金牌！

• 王金锋：母婴菌群传递的7大关键词

科普图文

原创

• 你狠心冲掉的便便，正成为许多肠胃病人的救星

• 原来益生菌是这么搞定致病菌的

• CNS接连发文背书，原来生姜这么神奇

• 从几十人小药厂走出的惊天抗癌神药

• 漱口水增加糖尿病，高血压风险

• NEJM | 益生菌LGG治疗肠胃炎无效，Immunity|LGG促进生骨

• Gut, IJC等4篇文章聚焦——吃太多红肉对身体真的不好，直指心血管疾病、乳腺癌、憩室炎

• 口腔菌群让你心口一致——牙疼和心脏病都会犯

• 一些你可能忽略的护牙小技巧

• 过年了，少喝点酒，多喝点茶—绿茶不仅仅是你想的那么简单

• 作物驯化与人类的生活

漫画科普

• 一图读懂丨2019新型冠状病毒，你需要知道什么？

• 杀人最多的合法毒品

• 成年人过敏的N种变态表现

• 你看的每一篇Nature论文，都是这样出炉的！

• Nature审了个稿，却卷进一桩诺贝尔奖的公案！

• 起源、进化、创造、探索——穿越138亿年的时间之旅

• 染上艾滋的第22个小时，我完成了自救

• 艾滋病交响诗

• 被传染艾滋

• 生命简史

• 梅毒狂想曲

• 气候创造历史

• 厌氧君和好氧君谁是明日之子

• 疯狂的消化之旅——消化系统简介

• 生物学家也要了解的物理

• 真菌其实是长歪了的动物

• 那些不回微信的人，都在想什么？

• “我付了钱，为何要说谢谢？

其它

• “一不小心”成为大佬：Rob Knight 的传奇故事

• 结肠癌个性化治疗新手段——基于类器官的Cas9筛选平台 | Cell Press 青促会述评

• 大多数人都不知道，人类基因组正在衰败

• 哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之刷牙篇

• 哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之牙线篇

• Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天

• Cell: 为了PK抗生素而服用益生菌？后果竟然如此严重

• 在Cell、Science、Nature发表一篇论文究竟有多难？

• 怎么跑都不累？自然医学揭秘微生物组提升运动表现

• 为了你的幸福，你知道细菌有多努力吗？

• 肠道菌群助你脱单，爱TA就请TA一起吃饭

• 56张图片带您认识细菌长啥样？

• Nature：剖腹产到底好不好？——肠道菌群的视角

• 生物领域预印本bioRxiv发展概览

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份，另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

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