從 ArcGIS Server 10.1版本開始，關於端口號和應用程序實例名的修改，建議安裝Web Adaptor，在 Web Adaptor中進行配置。
下載Web Adaptor並安裝，安裝過程不再贅述。
一、僅HTTP，並自定義端口
1、打開IIS，右擊Default Web Site -> 選擇 編輯綁定，默認http的端口是80
點擊編輯，設置自己的端口號，如：1234。
2、打開Web Adaptor，輸入URL、用戶名和密碼，點擊配置即可。記得勾選 “通過 Web Adaptor 啓用對站點的管理訪問”，否則不能通過該端口訪問manger頁面。
配置成功後，我們通過 http://localhost:1234/arcgis/manager/ 就可以訪問server manager了。
二、保留HTTP的6080端口，自定義HTTPS的端口。
1、 創建自簽名證書
打開IIS –> 雙擊服務器證書 -> 點擊創建自簽名證書 –> 輸入名稱點擊確定 -> 右擊Default Web Site選擇 編輯綁定 –> 點擊添加，類型選擇https，輸入端口號，SSL證書選擇剛纔創建的自簽名證書；
2、 設置允許http和https訪問
打開server的admin頁面，鏈接如:http://localhost:6080/arcgis/admin 找到下圖的位置，選擇http and https，然後update
3、 配置WebAdaptor
在WebWdaptor中配置ArcGIS Server，輸入相應參數點擊配置即可。
最後，我們在瀏覽器中輸入http://localhost:6080/arcgis/manager 和 https://localhost:25091/arcgis/manager 都可以訪問server
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不是很推薦的方法
參考文檔：http://resources.arcgis.com/zh-cn/help/main/10.1/index.html#//015400000590000000
1、停止 ArcGIS Server。
2、打開文件 server.xml。位置：D:\Program Files\ArcGIS\Server\framework\runtime\tomcat\conf（建議在開始之前，保存一份 server.xml 文件備份。）在 server.xml 文件中，用 ArcGIS Server 要用的端口號替換 6080 所有實例，如：6090。
3、如果想要一個設置不同的 HTTPS 端口，用所選的 HTTPS 端口替換 6443 所有條目。保存並關閉 server.xml 文件。
4、打開 “機器名.json”文件 （建議在開始之前，保存一份 json文件備份。）找到屬性 adminURL 並進行編輯，以便使用上述步驟 2 中爲 ArcGIS Server 設置的同一端口。保存並關閉 .json 文件。
5、啓動 ArcGIS Server。修復開始菜單快捷方式以使用新端口號。
打開 Windows 資源管理器並瀏覽至 “ArcGIS for Server 安裝目錄”\Support。在文本編輯器（如記事本）中打開名爲 Manager 的文件。該文件中有一行含有管理器的 URL。在文件內容中，將端口 6080 改爲上述所選的新端口號。保存並關閉“管理器”文件。
以同樣的方式更新以下快捷文件，以便使用新端口。
RestSDK
ServerHelp
ServicesDirectory
SoapSDK
轉：https://blog.csdn.net/smss007/article/details/79207100