和《单细胞交响乐》的结缘~路漫漫

刘小泽写于2020.7.22
今天下午看完并写完了最后一章。当然这不是结束,也许只是一个开始

吸引

这本书的名字叫:《Orchestrating Single-Cell Analysis with Bioconductor》

我在2019年10月就关注了,原因很简单,当时对单细胞很感兴趣,并且这还是Bioconductor团队出品,想必一定是精品。为了增加辨识度,我给这本书取了个名字:单细胞交响乐。因为单细胞分析就像一个大乐团,需要各个流程的协同配合,在后面的数据结构和处理流程上更是体现了这一点。一环扣一环才能演奏美妙的乐章。

开始是抱着试试看的心情,从基础部分学习。不过要说真正吸引住我的,还是它的数据结构那一章,带我清楚地认识了更为复杂的数据类型

中断

我想大部分人接触单细胞数据,应该都是借助cellraner、seurat流程学习的,也因此容易形成一个思维定势,说到scRNA,就想到seurat R包。这本书不一样,它全篇都是基于自己的数据结构,主要的R包也是自己团队开发的Scater、Scran包,并且用法和Seurat相差很大。

由於单细胞一直也只是一个爱好(即使到目前为止也是如此),没有相关的课题督促,对于后面的scater、scran学习使用就有点抵触。心想:我为什么要花时间去学习两个用途差不多的包呢?用最流行的不就得了?

于是慢慢的,这本书在我心里的地位就下降了,感觉它只是介绍了另外两个R包而已,后来也不再有热情去理解翻译这本书了。

不舍

在放弃更新的一段时间,也感觉到不舍,毕竟想到了开头却没想到结尾。

每次看到别人分享这本书,我都会偷偷打开之前的交响乐文件夹,看看里面的几篇笔记,然后叹一口气,再把它关上。

这个过程,前后重复了两三遍,期间会想,等我有时间了,一定要补上后面的。这一等,就是大半年...

重拾

从6.23到7.22,经历了刚好一个月,没想到这一次我完成了这个长久的小心愿。

2020年的6月,我去机场提早了5个小时。闲来无事,又想起了这本书,于是喜忧参半地再次打开网页看看作者的更新进度。没想到这一看,就该登机了。不过,这一次,我告诉自己,一定要完成之前没有演奏完的交响乐。

借着公众号推出的专辑功能,我尝试每写一篇都发表然后放在专辑中,当做对自己的一个提醒。第一篇发表于2020-06-23,接下来的几天,我都保持了每天阅读一章、重复一遍、更新一篇的节奏,一般都是要保证半天以上的注意力集中。

后来的速度,就感觉慢慢加快了,因为对整体的数据结构以及R包、函数的了解越来越深入,我也能明白作者想要做什么事,又是如何去实现的。当然这必须要感谢Bioconductor团队精心准备了各种测试数据集和详细的操作代码。

我打算最近将全部的学习笔记上线为一本开源的书,我会再次对每章的内容进行审核。既然是个人学习笔记,就不可能保证没有错误。开源书的好处不就是有错及时改,有更新及时加么?

后面我还会添加更多的相关知识,而且保持与原书内容同步,但《单细胞交响乐》并不是原书的简单翻译版,其中会加入很多我自己的理解和补充。

最后

为了表达对作者的敬意,在翻译版本上线前,特意向Aaron征求了意见

技术一直在进步,学习也从未停止。这本书也许没有完结篇,只有未完待续~


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