劉小澤寫於2020.9.2
現在conda的使用越來越方便，用的人也越來越多，就是因爲學習成本簡單，比較容易上手，並且不需要root權限以及修改bashrc配置文件。另外，它需要依賴Python和R，有時不知怎的就加載不出來依賴包，因此使用conda安裝對於新手是個不錯的選擇
下載GATK
- 目前最新版是4.1.8.1 （2020.7.21）https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.8.1/gatk-4.1.8.1.zip
- 全部的版本鏈接在：https://github.com/broadinstitute/gatk/releases
下載後解壓
# 在該目錄下
conda env create -n gatk -f gatkcondaenv.yml -y
檢查是否成功
python -c "import vqsr_cnn"
# 出現：Using TensorFlow backend，則成功
# 出現：ImportError: No module named vqsr_cnn，則失敗
如果以後要更新gatk
需要先卸載掉原來的小環境，再重新安裝，否則會產生報錯，比如：
CondaValueError: prefix already exists: /anaconda2/envs/gatk
安裝的正確方法：
source deactivate
conda env remove -n gatk
# 然後重新運行上面的安裝代碼
另外gatk運行還需要依賴Java
先進入到gatk小環境，再安裝openjdk即可
conda install -c conda-forge openjdk
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