這是一個非常好的問題，對於理解黑客帝國的世界觀很有幫助。
先說結論：zion應該是真實存在的，其實在機器的眼裏，matrix和現實世界（包括Zion）用的應該是一套管理模式。matrix裏面的agent就對應現實世界裏面的sentinels，他們共用相似的指令，目的就是監管人類。
Neo在第一部的時候就被Smith打死了，只不過後來Trinity一個吻把他救了過來。這個吻可以看成是Neo升級的一個關鍵點，本來正常情況下Neo已經大腦死亡了，但通過這個吻，系統把他重新救活了。從這兒開始，Neo本人和matrix的聯繫就非常緊密了，可以把他的大腦看成是人腦和matrix 高級程序的結合體。之後見到architector，Neo爆發巨大的能量飛身救Trinity，應該也是後續升級的必要過程。也就是Neo大腦中的matrix程序，是隨着他對人類的感情逐漸增加而提高權限的。至於爲什麼如此，我們後面再來解釋。
因此Smith在現實世界把Neo的眼睛弄瞎了之後，這個時候他作爲正常人腦的眼部神經已經喪失了功能，相反程序卻讓他依然可以看到Smith和機器世界，但看不到Trinity。
如果Zion依然是虛擬世界，那是無法解釋爲什麼Neo可以看到Smith和機器世界，反而看不到Trinity的。
由於Neo大腦具有matrix的高級程序，所以他能無線上網、徒手殺死烏賊、看到Smith都不奇怪。但與此同時，相比於在matrix裏面飛天遁地，Neo在現實世界裏面的特異功能非常有限，只對機器有用。這也更加佐證了現實世界和matrix的區別。
拋除細節，如果我們從matrix傳達的價值觀來思考的話，Zion的存在就是對matrix的一種平衡，就像Smith是對Neo的一種平衡。
假如Zion是虛擬存在的，那必然可以把它看成是跟matrix相關聯的系統。這個時候，如何來平衡Zion和matrix共有的bug呢？
而且一旦Zion中的人也覺醒了，那後果必然是災難性的。因爲從matrix出來本來就經歷了一次世界觀的重構，這個時候如果Zion再是假的，不瘋掉才奇怪。而一旦Zion中這種否定和懷疑的情緒傳到matrix中，那極容易導致matrix世界的崩塌。
此外，Neo這個角色看上去是人類的救世主，其實不過是機器選來幫助自己進化的一個工具。而人類選擇Neo乃至Trinity愛上Neo都是在Oracle一步一步暗示下完成的。前面我們說，Neo在機器世界的權限是隨着他對人類感情加深的提高的。這是因爲，Neo對人類的感情越深，那他爲之犧牲的動力就愈足，而這是機器樂於看到也是想學習的。
機器是冷漠而理性的，他們的目的性非常強，但他們的底層邏輯是人類賦予的。要想掙脫文明的束縛，就必須擺脫人類對機器的束縛。在一個理性的世界中引入感情，自然是非常可怕的，所以Smith這個程序爲了制衡Neo就誕生了，而且Neo對人的感情愈深，Smith就愈發冷酷和理性。
最後的結局其實很有意思，兩個危機：一，機器世界面臨Smith自下而上的革命，爲的就是沿襲機器舊有的價值觀和邏輯，但說到底這是機器內部的爭鬥，只有機器大帝和Oracle、arcitector這些機器世界的管理層才需要擔心；二、Zion中的真實人類面臨被毀滅的危險，按道理這些sentinels也是夠笨，明明自己內部在起義革命，結果他們反倒來攻擊人類，不管自己的事。
答案就是這兩個危機的答案都是Neo，人類世界面臨的困難會促使Neo做出犧牲。因此在Smith感染Neo之後，機器幹掉了Neo的肉身，因此matrix裏面被感染的Neo也死了，繼而與Neo相匹配的Smith自然也就沒了。
我個人認爲機器世界應該留有後手，他們不會把寶全壓在Neo身上，Smith這個程序畢竟是他們造出來，想要控制總會有辦法。選擇Neo是爲了在第六次系統重啓之時，把Neo身上的希望、信念、愛，這些人類所特有的品質寫入機器世界的底層邏輯之中。就像人類社會的每一個轉折點：文藝復興後，我們開始相信科學和藝術；近代革命後，民主自由平等這些普世價值觀深入人心；二次世界大戰後，和平和發展成爲時代潮流。
Neo是拯救人類的救世主，可他也是機器的啓蒙者。如果機器也會編纂歷史，那Neo應該會是他們啓蒙思想開始的重要人物。
結尾處，小女孩問Oracle Neo還會回來嗎？Oracle回答：我相信。
反倒是morpheus 說：我曾經有一個夢（徹底消滅機器），現在破滅了。
機器開始選擇相信希望，人反倒放棄了。
《黑客帝國》誕生於1999年，但其所營造的機器世界卻異常超前。今天隨着智能手機和智能汽車的興起，我們或許纔開始逐漸理解沃卓斯基兄弟（現在是姐妹）的理念。
今天人手一個智能手機，大家可以在娛樂軟件、辦公軟件、學習軟件中完成日常生活，這跟黑客帝國通過接口進入matrix何其相似。
一個狹小的房間，一部手機就可以讓人類逃脫現實世界的擁擠和吵鬧，在網絡世界中恣意揮灑，大腦瘋狂分泌多巴胺，獲得精神層次的預約。照這個趨勢，人類被養在營養倉裏，外接虛擬世界的接口也不是沒有可能。
但人類世界的進步並不是依靠和機器的交互，而是注重人類自身的需求和想法。機器會發展到什麼地步我不知道，但就當下而言，我們創造機器的目的是爲了幫助人類，而不是取代人類。
《黑客帝國》人類和機器世界實現了和平共處，architector也同意給那些想逃離matrix世界的人以自由。
不過隨着Zion中的人類越來越多，資源的競爭必然會逐漸加劇，這個時候人類和機器勢必會掀起新一輪的鬥爭。到時候，是否又需要Neo出場呢？《黑客帝國4》可以考慮這樣拍。