SCPattern||鑑定單細胞數據不同時間點的表達模式

SCPattern是一種基於經驗貝葉斯方法來鑑定不同時間點的單細胞RNA-seq（scRNA-seq)數據表達模式，將其轉化爲表達模式（例如，Up-Up-Up-Up，Up-Up-Down-Down等。使用方法如下：

install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("lengning/SCPattern/package/SCPattern")

加載數據

 data(SCPatternExData)

模擬5個時間點的數據

CondVector <- rep(paste("t",1:5,sep=""),each=60)
Conditions <- factor(CondVector, levels=c("t1","t2","t3","t4","t5"))

對每個細胞進行標準化

Sizes <- MedianNorm(SCPatternExData,alternative = TRUE)
 DataNorm <- GetNormalizedMat(SCPatternExData, Sizes)

計算基因的表達模式

 res.multi <- SCPTest(SCPatternExData, CondVector, Sizes)

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