GEO數據上傳

1、創建賬號
將數據上傳到GEO數據庫,首先要創建並登陸NCBI帳號, 然後進入提交的網址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/submission.html
以高通量測序數據爲例:

2.準備文件
點進去需要填寫三個文件,分別爲:Metadata spreadsheet、Processed data files、Raw data files。下面分別介紹每個文件如何填寫。
下載Metadata spreadsheet表格


3.填寫文件
Metadata spreadsheet提供了兩個例子,每個填寫的欄目都給出了提示和說明,也可以根據給出的示例進行填寫:


4.數據上傳
返回下載metadata示例的[網址(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/seq.html)
拉到最下面點擊transfer files。


轉到提交數據操作的網頁
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/submissionftp.html
數據上傳給出了詳細的步驟,step1給出了上傳的位置。

在linux可以使用 lftp進行上傳,上傳的代碼在上面example linux sessions已經給出,只需要自己將Folder_with_submission_files改成自己要上傳數據的絕對路徑的文件目錄即可。

#conda安裝lftp
conda install lftp
#下面的代碼geo已給出,直接複製即可
lftp ftp://geoftp:xxx(用戶名)@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov
cd uploads/xxx(step1創建的路徑名)
#Folder_with_submission_files爲存放文件的路徑
mirror -R Folder_with_submission_files

Mac或者windows電腦也可以通過FileZilla進行上傳,點擊上面example Mac/ Windows賬號密碼以及操作流程都提供了詳細的說明,按步驟一步步來就好。

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