介绍RNA二级结构
对于RNA的二级结构，最直观的肯定是用图片表示，示意如下：
图片对于分析人员是特别直观的，但是对于软件而言，就无法识别了。为了让程序识别RNA二级结构，专门开发出了一种表示方式，用点号和括号这两种符号来表示对应的二级结构。该表示方法就称之为dot-bracket notation, 其核心思想是利用配对的括号来表示碱基的互补配对，用连续的点号来表示茎环结构，对于下图所示的二级结构。
对应的表达式如下
(((..((((...)))).)))
从左下角第一个黑色圆点对应的碱基开始，一开始是3个配对碱基，所以先用3个(表示，接下来是茎环结构中未配对的两个碱基，用2个.表示，然后是4个配对碱基，再然后是未配对的3个碱基，再往后的配对碱基与前面左括号(表示的碱基相配对，所以用右括号)表示。这种表示方式只采用了两种符号，而且都是计算机可以识别的符号，所以软件也可以识别，在很多软件和数据库中，给出的二级结构都会用这种方式来表示。
介绍RNA二级结构
RNApdbee 2.0: multifunctional tool for RNA structure annotation
使用RNApdbee2.0来注释RNA二级结构
上传pdb文件，选择默认参数，点击run即可。
便可以得到dot bracket格式的RNA二级结构。