1. 軟件介紹
GATK 是 Genome Analysis ToolKit 的縮寫，是一款從高通量測序數據中分析變異信息的軟件，是目前最主流的snp calling 軟件之一。GATK 設計之初是用於分析人類的全外顯子和全基因組數據，隨着不斷髮展，現在也可以用於其他的物種，還支持CNV和SV變異信息的檢測。
2. Call variant 流程
使用GATK4來進行Variant calling主要參考了官方 Germline Variant Calling 流程。 這個分析流程是從已經處理好的BAM文件開始的。生成可以使用的BAM文件則參考 了官方 Data processing 流 程。
3. 安裝說明
3.1.下載方式
GATK下載網站：http://www.broadinstitute.org/gatk/download
4. 常用工具
4.1 gatk-AddOrReplaceReadGroups
這一步目的是對bam文件進行加header處理，用了picard tools的AddOrReplaceReadGroups工具加了read group，因爲GATK要求bam文件的header必須包含@RG，所以這一步應該是前面bwa比對時候，沒有在參數中增加相應部分(-r)。所以如果在bwa比對的時候增加了這個參數，這一步就可以免了。
sentieon bwa mem -M -R '@RG\tID:case\tSM:case\tLB:189002792D-10_HUM_C_GC1A_4003_A_cd3_A\tPU:V300101334\tCN:GenePlus\tPL:illumina'
使用參數說明：
| 參數 | 說明 |
|---|---|
| -jar | gatk的jar包 |
| – AddOrReplaceReadGroups | 使用此工具 |
| -I | 輸入的bam文件 |
| -O | 輸出的bam文件 |
| -ID | 輸入reads集ID號 |
| -LB | 文庫名 |
| -PL | 測序平臺 |
| -PU | 測序平臺下級單位名稱；run名稱 |
| -SM | 樣本名稱 |
4.2 Mutect2
Mutect2是GATK的一個子模塊，主要是根據對正常-腫瘤樣本進行位點比較尋找snp和indels，如果沒有正常樣本，那麼軟件能正常使用，但假陽性會很高。
4.2.1 參數說明
| 參數 | 說明 |
|---|---|
| -jar | gatk的jar |
| -T | MuTect2 |
| --bamout | |
| -R | 參考基因組fa文件 |
| -I:tumor | 腫瘤樣本bam文件 |
| -I:normal | 正常樣本bam文件 |
| -L | 參考bed文件 |
| --dbsnp | dbsnp數據庫 |
| --cosmic | cosmic數據庫 |
| -contamination | |
| --max_alt_alleles_in_normal_count | |
| --max_alt_alleles_in_normal_qscore_sum | |
| -- max_alt_allele_in_normal_fraction | |
| -dt | 在給定基因座處使用的讀取下采樣類型（NONE\ALL_READS\BY_SAMPLE） |
| -o | 輸出文件夾 |
4.2.2 輸入文件
正常樣本與腫瘤樣本的bam文件
4.2.3輸出文件
通過腫瘤樣本和正常樣本檢出的體系突變的vcf文件