有高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病，孕妇或正在接受其他治疗的患者，均应在医师指导下服用藿香正气水。相比之下，藿香正气（口服）液作为藿香正气水的换代产品，作为口服药服用时，口感更好，无刺激性，使用范围也更广泛。
藿香正气水经酒浸而成，酒精浓度高达40%-50%，疗效更显著，但不适合幼儿、年老体恤、酒精过敏、同时服用头孢类药物的人群或从事特殊职业（如驾驶员、运动员、高空作业者等）的人服用。
服用藿香正气类感冒药时，最好不吃甜食，包括水果、饮料等。因为甜食有生湿作用，而藿香正气类感冒药是解湿的，两者作用相互抵消，药效会降低。不宜在服药期间，同时服用滋补性中成药。
藿香正气水不具备预防或治疗阳暑的功效，高温中暑出现发烧、出汗、乏力症状时，不宜服用藿香正气类药物，会加重病情。
在服用藿香正气类药物时要忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻食物，饮食宜清淡。