1912年1月3日南京政府任命蔡元培爲教育總長，1月9日成立教育部，教育部的重要任務就是爲教育發展規劃藍圖，教育方針的制定是其中最具意義的。蔡元培於1912年4月發表《對於教育方針之意見》對清朝政府頒定的教育宗旨進行批判，主張對青少年進行道德教育實利主義教育、國民教育和美育。蔡元培對民國教育方針的幣休構想從理論上進行系統探討，引起了關心教育有識之士對這一問題的重視，並參與討論。在他這一思想指導下，1912年7月召開的臨時教育會討論並通過新的教育方針，並於1912年9月2日，正式頒佈實行。新教育方針是：“注重道德教育，以實利教育，軍國民教育輔之，更以美感教育完成其道德。”基本反映了蔡元培的思想這個教育方針，包括了德、智、體、美四育教育，體現了受教育者和諧發展的教育思想，以道德教育爲核心，把將受教育者培養成具有健全人格的國民作爲首要的任務。否定了清政府“忠君、尊孔、尚公、尚武、尚實”的教育宗旨，否定了軍權的絕對權威和儒家思想的獨尊地位。新教育方針的頒佈是中國教育的一個進步，是資產階級反對封建主義舊教育的一個重大勝利。
在頒佈教育法令法規的同時，教育部還頒佈了各級各類學校的課程標準和課程表。1912年1月，南京臨時政府教育部頒佈了《普通教育暫行課程之標準》，其中規定了初等小學、高等小學、中學和師範學校的課程，同時還具體規定了各級學校各學年的科目，以及每週各科的教學時數。廢止了癸卯學制中的“讀經講經”課，突出近代學科和資本主義文化在教育中的地位，但同時對中國傳統文化也採取了批判繼承的態度；另外還關注對學生的美感和情感教育，注意課程的應用性、平民化和手腦協調發展的特色。民國初年的各級學校就是按此實施的。應該說，課程設置明確體現了全國臨時教育會議通過的民國教育方針。它奠定了民國初年小學、中學、師範學校課程設置的基礎。
國民政府成立後由於政體的變化要制定新的學制，在參照日本學制的基礎上，結合中國的實際經驗，形成了民國新學制草案在教育部召開的中央教育會議上，有關方面決定重訂學制，於1912年9月頒佈《學校系統令》稱“壬子學制”，1913年，教育部又陸續頒佈了各級各類學校法令，補充了這個學制，逐步形成了一個新的學制系統，稱“壬子癸學制”、也稱“1912 1913年學制”
“壬子癸學制”仍然保持以小學到大學教育爲骨幹，兼重範教育和實業教育的整體結構。這個學制規定整個教育期限爲17年或18年，共分三段四級。初等教育二級，其中初小年，男女同校，高小3年，男女分校。中等教育設中學校1年。高等教育設立大學，6年或7年。小學之前有蒙養園，大學之士有大學院，均不計入學制年限。從橫向的方面講，也分爲三個系統，除普通教育系統外，還有師範教育和實業教育，帥範教育分師範學校和高等師範學校級，相當於中等和高等教育階段。實業教育有乙種實業學較和甲種實業學校，相當於高小，中等教育階段，還有專門學校，相當於大學教育階段。
“壬子癸學制”和“癸卯學制”相比，有很大進步。
1.縮短了學制年限，較之癸卯學制，縮短了3—4年，有利於曾加勞動人民受教育的機會
2.取消了畢業生獎勵出身的制度，消除了科舉制度的陰魂。
3.女子教育取得了一定的地位。“癸卯學制”中沒有涉及女子教育的地位，而“壬子癸丑學制”中普通中、中等實業學校，師範學校、病等師範學校都規定設立女校，初等小學還可以男同學。
4.在課程的改革上，取消了忠君、尊孔的課程，增加了自然科學課程和生產技能的訓練；改進了教學方法，反對體罰，要求教育聯繫兒童實際，適合兒童身心發展的特點。
“壬子癸丑學制”作爲民國的第一個學制，比較全面地反映了資產階級的教育要求，它是民國初期的中心學制，至1922年學制出現以前，有過局部的調整，但是整體的框架不變，