1.飲食不當 飲食偏嗜，喜食肥甘厚味，影響脾胃運化，蘊生溼熱，內結於膽，久則可形成膽結石。溼熱下注，蘊結於下焦，導致腎的氣化失司，日久可形成腎結石或膀胱結石。空腹食入過多的未熟柿子、黑棗等，可影響胃的受納和通降，形成胃結石。此外，某些地域的水質中含有過量的礦物及雜質等，也是促使結石形成的原因之一。
2.情志內傷 若情志不遂，肝氣鬱結，疏泄失職，可導致膽氣不利，膽汁淤積，排泄受阻，日久也可形成膽結石。
3.服藥不當 長期過量服用某些藥物，致使臟腑功能失調，或藥物代謝產物沉積於局部，是形成腎或膀胱結石的原因之一。
4.體質差異 由於先天稟賦及後天因素引起的體質差異，導致對某些物質的代謝異常，從而易於在體內形成結石。