在一个暴雨的夜晚，一条渔船上渔民发现海面漂浮一具尸体。几个渔民把这个尸体拖上来，发现还是活的，有个医生检查了他的身体，在他的屁股的皮下组织发现一个激光小电灯，打开电源显示是瑞士银行的账户。他突然惊醒了，夺走了那个电灯。
几天后他的身体逐渐恢复正常，那个医生给了他一笔钱，足够他去瑞士。因为他不知道自己的身份，在瑞士不能住酒店，睡在公园的长椅上。巡逻警察让他出示证件，他情急之下三下五除二打倒两个警察。
他来到瑞士银行，说出自己的账户，通过了指纹验证。银行的工作人员从保险库里拿出一个不锈钢柜子。他打开一看，里有十几个国家的护照，每个护照上都是他的相片。其中有一奔是美国护照，名字是伯恩，住在巴黎。还有大量金钱，和一把枪。他不想惹麻烦，留下枪。
美国情报局的绊脚石计划和一名特工失去联系，他们也不知道怎么回事，全力在搜寻那名价值3000万美金的杀手。
伯恩来到美国领事馆，从这里办理回巴黎的手续。就在他排队的时候，他注意到一个要回到巴黎的女子和工作人员争吵。突然，保安叫住他，他本能反应是逃跑，然后有更多保安追逐他。他懂得用抢过来的对讲机，知道现场的状况，顺手从墙上摘下安全出口的指示牌查看逃走路线。他身体素质极好，从一个窗口逃走了，伯恩找到了那位女子，给她两万美金坐她的车回巴黎。
女子答应了。
一路上伯恩和女子闲聊，女子叫玛丽。伯恩告诉玛丽自己失忆了，不知道自己是干什么的，他对玛丽说，自己下意识会记很多东西，比如，六个车牌号码，服务员是左撇子，卡车驾驶室里有枪。
他们到了巴黎伯恩的家，这个家很大，他来到书房，伯恩一点印象都没有。他用书房电话贵拨巴黎大酒店电话，查询好朋友伯恩，那边告诉他没有这个人；伯恩又查询她第二个身份约翰，那边告诉他约翰死了。这让伯恩又迷惑了。
第二天，伯恩正在和玛丽聊天，他感觉到外面有人要袭击他们。果然从外面冲进来一个人，用机枪扫射他们，被伯恩制服。那个人乘伯恩不备，从二楼跳下自尽。
他们要赶快离开这里，那个杀手就绊脚石老大老康派来的。刚出了家门，大量警察在追捕他们，伯恩用精湛的车技，甩开了所有的警察。他们又从约翰住过的酒店拿到了入住记录。
恩博西来到停尸房查看暗杀自己的杀手约翰，她记得当时那个杀手背后中了两枪，这个杀手不是约翰。恩博西非常暴躁，他要指控中情局。老康又派了第二个杀手，杀死了恩博西。中情局的老大找到了绊脚石计划老康，询问是不是他派人干的，老康狡辩称，可能是伯恩干的，因为第一次没有成功，这是他第二次执行任务。
伯恩拿到了约翰的住房记录，查看他的通话记录，发现和一家保安公司的通话很可疑。他来到保安公司，经理叫他约翰，还买了一艘游艇。玛丽也调查到约翰已经死了，他们来到停尸房，尸体被偷走了，从登记名单上得知上次来查看尸体的人是恩博西。他们从报纸上得知，有人爬到恩博西的游轮上要暗杀他，最后被恩博西击中两枪。原来约翰就是自己，所以他才被人从海里救起来。
伯恩发现警察都在找他，他们必须赞离开这个地方。老康找到玛丽所有的信息，并且监听她的电话。伯恩和玛丽来到玛丽哥哥的家，哥哥已经结婚，有两个孩子，非常可爱。老康派的第二个杀手耶来到了这里。
第二天，哥哥家的狗不见了，伯恩非常警觉，告诉玛丽哥哥带两个孩子躲进地下室。他拿到一支猎枪击中一辆车，车子烧起大火。另一个杀手正在远方瞄准伯恩，烟雾干扰了杀手他的视线。伯恩冲出来，在一个空地放了两枪，引诱杀手暴露，伯恩瞅准机会打死了杀手。
伯恩留下三万美金，其余留给了玛丽，嘱咐玛丽逃走，不要和任何人打电话。伯恩利用二号杀手的电话找到了老康，约定老康在一个大桥上见面。老康带了很多杀手埋伏在周围，伯恩没有和他见面，在他的车上安装了定位系统。
第二天，伯恩来到了绊脚石计划的大楼，他顺水管爬到老康的办公室，他用枪制服老康，问他所有事情的来龙去脉。老康告诉他，伯恩是美国价值三千万的杀手，伯恩的任务是利用恩博西手下的身份暗杀恩博西，这样就和中情局就撇清了关系。
伯恩执行任务一切都很顺利，当天在游轮上准备实施计划的时候，恩博西的老婆孩子出现了，伯恩犹豫了。就在这个时候，伯恩被恩博西击中两枪，赶到了海里。
伯恩告诉老康，她不愿再干这样的事情，如果再有人找他，他一定把战火燃到他家门口。说完打晕了他，伯恩离开了这个地方。另一方面，中情局派了第三个杀手杀死了老康，解决掉这个到处惹麻烦的人。
伯恩在一个印度小岛找到了他的女友玛丽。
