在一個暴雨的夜晚，一條漁船上漁民發現海面漂浮一具屍體。幾個漁民把這個屍體拖上來，發現還是活的，有個醫生檢查了他的身體，在他的屁股的皮下組織發現一個激光小電燈，打開電源顯示是瑞士銀行的賬戶。他突然驚醒了，奪走了那個電燈。
幾天後他的身體逐漸恢復正常，那個醫生給了他一筆錢，足夠他去瑞士。因爲他不知道自己的身份，在瑞士不能住酒店，睡在公園的長椅上。巡邏警察讓他出示證件，他情急之下三下五除二打倒兩個警察。
他來到瑞士銀行，說出自己的賬戶，通過了指紋驗證。銀行的工作人員從保險庫裏拿出一個不鏽鋼櫃子。他打開一看，裏有十幾個國家的護照，每個護照上都是他的相片。其中有一奔是美國護照，名字是伯恩，住在巴黎。還有大量金錢，和一把槍。他不想惹麻煩，留下槍。
美國情報局的絆腳石計劃和一名特工失去聯繫，他們也不知道怎麼回事，全力在搜尋那名價值3000萬美金的殺手。
伯恩來到美國領事館，從這裏辦理回巴黎的手續。就在他排隊的時候，他注意到一個要回到巴黎的女子和工作人員爭吵。突然，保安叫住他，他本能反應是逃跑，然後有更多保安追逐他。他懂得用搶過來的對講機，知道現場的狀況，順手從牆上摘下安全出口的指示牌查看逃走路線。他身體素質極好，從一個窗口逃走了，伯恩找到了那位女子，給她兩萬美金坐她的車回巴黎。
女子答應了。
一路上伯恩和女子閒聊，女子叫瑪麗。伯恩告訴瑪麗自己失憶了，不知道自己是幹什麼的，他對瑪麗說，自己下意識會記很多東西，比如，六個車牌號碼，服務員是左撇子，卡車駕駛室裏有槍。
他們到了巴黎伯恩的家，這個家很大，他來到書房，伯恩一點印象都沒有。他用書房電話貴撥巴黎大酒店電話，查詢好朋友伯恩，那邊告訴他沒有這個人；伯恩又查詢她第二個身份約翰，那邊告訴他約翰死了。這讓伯恩又迷惑了。
第二天，伯恩正在和瑪麗聊天，他感覺到外面有人要襲擊他們。果然從外面衝進來一個人，用機槍掃射他們，被伯恩制服。那個人乘伯恩不備，從二樓跳下自盡。
他們要趕快離開這裏，那個殺手就絆腳石老大老康派來的。剛出了家門，大量警察在追捕他們，伯恩用精湛的車技，甩開了所有的警察。他們又從約翰住過的酒店拿到了入住記錄。
恩博西來到停屍房查看暗殺自己的殺手約翰，她記得當時那個殺手背後中了兩槍，這個殺手不是約翰。恩博西非常暴躁，他要指控中情局。老康又派了第二個殺手，殺死了恩博西。中情局的老大找到了絆腳石計劃老康，詢問是不是他派人乾的，老康狡辯稱，可能是伯恩乾的，因爲第一次沒有成功，這是他第二次執行任務。
伯恩拿到了約翰的住房記錄，查看他的通話記錄，發現和一家保安公司的通話很可疑。他來到保安公司，經理叫他約翰，還買了一艘遊艇。瑪麗也調查到約翰已經死了，他們來到停屍房，屍體被偷走了，從登記名單上得知上次來查看屍體的人是恩博西。他們從報紙上得知，有人爬到恩博西的遊輪上要暗殺他，最後被恩博西擊中兩槍。原來約翰就是自己，所以他才被人從海里救起來。
伯恩發現警察都在找他，他們必須贊離開這個地方。老康找到瑪麗所有的信息，並且監聽她的電話。伯恩和瑪麗來到瑪麗哥哥的家，哥哥已經結婚，有兩個孩子，非常可愛。老康派的第二個殺手耶來到了這裏。
第二天，哥哥家的狗不見了，伯恩非常警覺，告訴瑪麗哥哥帶兩個孩子躲進地下室。他拿到一支獵槍擊中一輛車，車子燒起大火。另一個殺手正在遠方瞄準伯恩，煙霧干擾了殺手他的視線。伯恩衝出來，在一個空地放了兩槍，引誘殺手暴露，伯恩瞅準機會打死了殺手。
伯恩留下三萬美金，其餘留給了瑪麗，囑咐瑪麗逃走，不要和任何人打電話。伯恩利用二號殺手的電話找到了老康，約定老康在一個大橋上見面。老康帶了很多殺手埋伏在周圍，伯恩沒有和他見面，在他的車上安裝了定位系統。
第二天，伯恩來到了絆腳石計劃的大樓，他順水管爬到老康的辦公室，他用槍制服老康，問他所有事情的來龍去脈。老康告訴他，伯恩是美國價值三千萬的殺手，伯恩的任務是利用恩博西手下的身份暗殺恩博西，這樣就和中情局就撇清了關係。
伯恩執行任務一切都很順利，當天在遊輪上準備實施計劃的時候，恩博西的老婆孩子出現了，伯恩猶豫了。就在這個時候，伯恩被恩博西擊中兩槍，趕到了海里。
伯恩告訴老康，她不願再幹這樣的事情，如果再有人找他，他一定把戰火燃到他家門口。說完打暈了他，伯恩離開了這個地方。另一方面，中情局派了第三個殺手殺死了老康，解決掉這個到處惹麻煩的人。
伯恩在一個印度小島找到了他的女友瑪麗。
