GEO数据上传

1、创建账号
将数据上传到GEO数据库,首先要创建并登陆NCBI帐号, 然后进入提交的网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/submission.html
以高通量测序数据为例:

2.准备文件
点进去需要填写三个文件,分别为:Metadata spreadsheet、Processed data files、Raw data files。下面分别介绍每个文件如何填写。
下载Metadata spreadsheet表格


3.填写文件
Metadata spreadsheet提供了两个例子,每个填写的栏目都给出了提示和说明,也可以根据给出的示例进行填写:


4.数据上传
返回下载metadata示例的[网址(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/seq.html)
拉到最下面点击transfer files。


转到提交数据操作的网页
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/submissionftp.html
数据上传给出了详细的步骤,step1给出了上传的位置。

在linux可以使用 lftp进行上传,上传的代码在上面example linux sessions已经给出,只需要自己将Folder_with_submission_files改成自己要上传数据的绝对路径的文件目录即可。

#conda安装lftp
conda install lftp
#下面的代码geo已给出,直接复制即可
lftp ftp://geoftp:xxx(用户名)@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov
cd uploads/xxx(step1创建的路径名)
#Folder_with_submission_files为存放文件的路径
mirror -R Folder_with_submission_files

Mac或者windows电脑也可以通过FileZilla进行上传,点击上面example Mac/ Windows账号密码以及操作流程都提供了详细的说明,按步骤一步步来就好。

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