指數基金的投資費用總體可分爲兩類：交易費用和運作費用。
交易費用主要可分爲申購費、贖回費、銷售服務費、交易佣金等。
運作費用主要有管理費、託管費、指數使用費等，是一種隱性費用。
1.申購費
申購費是申購基金時需要支付的費用。我們申購指數基金主要有如下渠道：銀行、券商、各基金公司網站、第三方基金銷售平臺。
第三方基金銷售平臺申購費一般有一折的優惠，並且相對於其他渠道，第三方基金銷售平臺更像是一個基金大賣場，品種齊全、交易便捷，因此越來越受到廣大基民的青睞。
同時，申購費還與申購的金額相關。
2.贖回費
贖回費是在基金贖回時需要支付的費用，贖回費通常和基金持有時間掛鉤，一般情況下贖回費率分檔如下。
可見，持有時間越長，贖回費率越低，2年以後，贖回費就免除了。按時間長短來設置贖回費率檔位主要是爲了鼓勵基金投資者長期持有。
3.銷售服務費
提到銷售服務費，首先要分清基金的A類份額和C類份額，也即前端收費和後端收費。前端收費的A類收取的是申購費和贖回費，不收取銷售服務費。後端收費的C類收取的是銷售服務費和贖回費，無申購費。一般情況下如果打算長期持有，那麼持有A類份額更划算。如果短期操作，持有一年以內，那麼可以申購C類份額。
4.交易佣金
交易佣金是指在場內買賣指數基金時需要支付給券商的費用，如ETF基金、場內交易的LOF等。指數基金交易免交印花稅。
交易佣金是雙向收取的，即買賣各收取一次。對於指數基金的交易佣金每家券商的規定有所不同，一般來說，是萬分之幾，並且有最低佣金5元。
5.管理費
管理費是基金經理管理基金時收取的費用，這項費用支付給基金公司。由於指數基金被動跟蹤標的指數，基金管理的目的是複製跟蹤指數、減小跟蹤誤差，對基金經理的主動管理能力要求低於主動型基金，所以，管理費用比主動型基金便宜。
6.託管費
託管費是指基金託管人（一般爲商業銀行）爲保管和處置基金資產而向基金收取的費用。該費用由基金公司代基金產品所屬託管銀行收取，最終付給託管銀行。
7.指數使用費
指數使用費，現實中我們較少聽到，它是基金公司在被動跟蹤某指數時支付給指數編制公司的費用，即指數許可使用費。常見的指數編制公司如中證指數有限公司、深圳證券信息有限公司、標普道瓊斯指數公司、恆生指數有限公司等，指數使用費從基金財產中支付。
除了指數使用費，其他幾項費用都可以在買賣基金時看得到說明。基金的投資收益是不確定的，但費用的支出是確定的，可多比較，選擇最便宜的費用來控制成本，獲取最大的投資收益。