原创 NCBI測序數據批量下載與使用
一. 數據下載：SRA Tookit下載 SRA Tookit是NCBI 提供的下載軟件，我們需要下載安裝，下載地址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=softw
2020-07-06 15:22:45
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原创 科研工作日誌-2020年7月2日：宏基因組學之抗性基因分析
1. 爲了分析宏基因組抗性基因，利用sratoolkit下載公開Soil、Gut和Ocean數據 SRA數據下載：sratoolkit.2.9.0-centos_linux64/bin/prefetch --option-file SRR
2020-07-06 14:45:30
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原创 科研工作日誌-2020年7月5日：fastq轉化爲fasta以及Linux進程查看和殺死
1. fastq轉化爲fasta 1.1 工具一 軟件Fastx_Toolkit_bin/fastq_to_fasta Fastx_Toolkit_bin/fastq_to_fasta -i ../$f -o $i.fasta -
2020-07-06 14:45:30
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原创 統計學習-各種檢驗
基於16s測序的差異分析無外乎就是物種差異，α 多樣性差異以及β 多樣性差異分析。最多，也就是基於PICRUSt，BUGBASE這類型的軟件預測完功能後，再做一些功能差異分析。 常見的差異檢驗方法，可以分爲兩大類，一類是最基本的差
2020-06-20 20:39:28
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原创 Conda安裝與使用
Conda安裝與使用-生信軟件學習Bioconda簡介軟件管理器condaAnaconda安裝Minicona安裝Codna配置conda安裝宏基因組領域軟件宏基因組質控流程humann2有參物種功能定量流程grahplan樹圖指
2019-09-04 20:48:06
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原创 各種檢驗
基於16s測序的差異分析無外乎就是物種差異，α 多樣性差異以及β 多樣性差異分析。最多，也就是基於PICRUSt，BUGBASE這類型的軟件預測完功能後，再做一些功能差異分析。 常見的差異檢驗方法，可以分爲兩大類，一類是最基本的差異檢
2018-12-16 22:40:06
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原创 非[無]root權限 服務器 下安裝python以及python模塊
轉載自http://www.zilhua.com/413.html Linux非ROOT用戶安裝Python 1.安裝python Python ： http://www.python.org/getit/ tar -zxvf Pyth
2018-08-27 14:26:44
原创 非[無]root權限 服務器 下安裝perl以及perl模塊
轉載自http://www.zilhua.com 在本博客中，所有的軟件安裝都在服務器上，且無root權限。理論上適合所有的用戶。 我的安裝目錄 cd /home/zilhua/software 1、在官方網站下載新版本的源碼包： ht
2018-08-27 14:26:40
原创 測序數據仿真——ART基因序列產生器
目錄 目錄 ART基因序列產生器簡介 官網1. 軟件下載2. 相關論文3. ART使用 軟件配置 參數設置 使用實例 參考 ART基因序列產生器簡介 官網1. 軟件下載2. 相關論文3. ART使用 軟件配置 tar
2018-08-27 14:26:37
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原创 Lasso學習
Lasso的身世 Lasso的思想 從線性迴歸到Lasso 認識Lasso Lasso相關文獻 Lasso的身世 Lasso全稱爲The Least Absolute Shrinkage and Selection Oper
2018-08-27 14:26:37
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