科研工作日誌-2020年7月2日：宏基因組學之抗性基因分析

1. 爲了分析宏基因組抗性基因，利用sratoolkit下載公開Soil、Gut和Ocean數據

• SRA數據下載：sratoolkit.2.9.0-centos_linux64/bin/prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt
• SRA數據轉換爲FASTQ：sratoolkit.2.9.0-centos_linux64/bin/fastq-dump -A $f $f.sra -O $PATH_TO_FASTQ_FILE

2. 宏基因組抗性基因分析工具DeepARG的安裝與使用

• 用conda安裝：
  • export PATH=~/miniconda3/bin:$PATH
  • conda create -n deeparg_env python=2.7
  • source activate deeparg_env
  • conda install -c bioconda diamond==0.9.24
  • pip install deeparg==1.0.1
  • conda deactivate
• 使用方法：
  • source activate deeparg_env
  • deeparg download_data -o ~/PUBLIC/deepARGdatabase/
  • deeparg predict --model SS -i 1.fasta -o deepARG.out -d ~/PUBLIC/deepARGdatabase --type nucl --min-prob 0.8