科研工作日誌-2020年7月5日：fastq轉化爲fasta以及Linux進程查看和殺死

1. fastq轉化爲fasta

1.1 工具一

軟件Fastx_Toolkit_bin/fastq_to_fasta

Fastx_Toolkit_bin/fastq_to_fasta -i ../$f -o $i.fasta -Q 33

缺點: 一個樣本要2h左右，太慢。

1.2 工具二

軟件seqkit

seqkit fq2fa ../$f -o $i.fasta -j 18

優點：一個樣本20m左右，很快。

2. Linux殺死多個進程

2.1 方法一

進行名爲fastq_to_fasta

pkill -9 fastq_to_fasta

2.2 方法二

ps -ef | grep fastq_to_fasta | grep -v grep | awk '{print $2}' | xargs kill -9

2.3 刪除for循環產生的進程

while :
do
pkill -9 fastq_to_fasta
sleep 5
done

3. linux查看進程、線程數量

3.1 查看進程總數

ps -ef | wc -l

3.2 查看系統設置的最大進程數

sysctl kernel.pid_max

3.3 查看當前進程數

ps -eLf | wc -l

3.4 查看某個服務的進程數

eg：http服務：

ps -ef | grep httpd | wc -l

3.5 查看物理cpu個數

grep 'physical id' /proc/cpuinfo | sort -u

3.6 查看核心數量

grep 'core id' /proc/cpuinfo | sort -u | wc -l

3.7 查看線程數

grep 'processor' /proc/cpuinfo | sort -u | wc -l