原创 PaSS: a sequencing simulator for PacBio sequencing PaSS:用於PacBio測序的測序模擬器
背景:PacBio測序等第三代測序平臺近年來發展迅速。PacBio測序產生的讀取比第二代測序(或第二代測序，NGS)技術長得多，具有獨特的測序錯誤模式。有效的讀取模擬器對於評估和促進PacBio測序數據分析新生物信息學工具的開發至關重要。
2019-10-28 00:12:42
1
原创 Oxford Nanopore sequencing, hybrid error correction, and de novo assembly of a eukaryotic genome
Oxford Nanopore sequencing, hybrid error correction, and de novo assembly of a eukaryotic genome 牛津納米孔測序，雜交錯誤糾正，和重新組裝的真
2019-10-28 00:12:41
2
原创 DNA sequencing
Over the past decades, it has become almost routine to determine the identity and order of nucleotide bases in any piec
2019-10-28 00:12:41
1
原创 N50
N50定義比較繞口，有一種只可意會不可言傳的感覺，所以索性看圖 N50和NG50 假設一個基因組的大小爲10，但是這個值只有神知道，你得到的信息就是組裝後有3個contig,長度分別爲"3,4,1,1"，所以組裝總長度爲9。 爲了計
2019-10-28 00:12:41
11
原创 Informatics for PacBio Long Reads
Informatics for PacBio Long Reads April 2019 Advances in Experimental Medicine and Biology DOI: 10.1007/978-981-13-603
2019-10-28 00:12:41
原创 校正第三代測序數據
校正第三代測序數據 皮埃爾·莫里斯 1 詳細信息 1 LITIS-計算機科學，信息處理和系統實驗室 在FR 摘要：本論文的目標是處理來自高速定序器（尤其是第三代定序器）的數據的廣泛問題的一部分，該問題主要針對於校正序列錯誤，以及校正對基礎
2019-10-27 10:28:18
1
原创 microRNA–disease
Table 2. Comparison of different microRNA–disease relationship prediction method Type Method Reference
2019-10-26 01:30:36
原创 CoLoRMap: Correcting Long Reads by Mapping short reads CoLoRMap:通過映射短讀來糾正長讀
CoLoRMap: Correcting Long Reads by Mapping short reads CoLoRMap:通過映射短讀來糾正長讀 Motivation: 第二代測序技術爲測序基因組數量的異常增長鋪平了道路，包括原核和
2019-10-26 01:30:26
原创 Linux下的cd
cd 命令：切換當前目錄至其他目錄 cd /:加上斜槓表示是進入到根目錄。 pwd命令：查看當前路徑。 下面是linux cd命令使用小技巧： （1）cd 進入用戶主目錄 （2）cd ~ 進入用戶主目錄 （3）cd - 返回進入此目錄之前
2019-10-26 01:30:26
原创 ROC曲線 AUC值
全面瞭解ROC曲線 一. 初識ROC曲線 1. ROC的前世今生： ROC的全稱是“受試者工作特徵”（Receiver Operating Characteristic）曲線, 首先是由二戰中的電子工程師和雷達工程師發明的，用來偵測戰場
2019-10-26 01:30:26
1
原创 筆記本電腦 (天梯圖) 處理器 和 顯卡
遊戲本一般是i5-9300H起步，低於這個標準的遊戲本不建議購買。另外需要注意的是不要被10代CPU唬住了，拿最近賣的比較火的i5-10210U來說，其性能還不如8代的i5-8300H 我們以移動版GTX1650爲分界線，遊戲本的顯卡一般
2019-10-26 01:30:26
原创 Linux下面如何運行.sh文件
Linux下面如何運行.sh文件 命令行下面: 1.chmod 空格"+x" 空格 你的sh文件名 (+x是一個整體,不要拆開) 2.輸入"./你的sh文件名" 即可執行 舉例: 1 chmod +x helloworld.sh 2 ./
2019-10-26 01:30:26
原创 Nature | 機器學習在藥物研發中的應用
原文鏈接：https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/92778433 Nature | 機器學習在藥物研發中的應用 2019-06-18
2019-10-26 01:30:26
1
原创 Type Ⅰ error(false positive) Type Ⅱ error(false negative)
特異性低=誤診率高 敏感性高=漏診率低 prediction position=TP+FP 正確率(precision) PPV= TP/prediction p
2019-10-26 01:30:26