N50

N50定義比較繞口,有一種只可意會不可言傳的感覺,所以索性看圖

N50和NG50

 

假設一個基因組的大小爲10,但是這個值只有神知道,你得到的信息就是組裝後有3個contig,長度分別爲"3,4,1,1",所以組裝總長度爲9。

爲了計算N50,我們需要先把contig從大到小排列,也就是"4,3,1"。

然後先看最大的contig,長度是4,他的長度是不是超過組裝總大小的一半了嗎?如果是,那麼N50=4, 4 < 4.5, 不是。

那麼在此基礎上加上第二長的contig,也就是4+3=7, 是不是超過一半了?7>4.5, 那麼N50=3.

因此,N50的定義可以表述爲"使得累加後長度超過組裝總長度一半的contig的長度就是N50"。
 

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