原创 DESeq2在微生物組數據中的應用
DESeq2常常用於RNA-Seq數據分析,也有用於微生物組數據分析的。 DESeq可以直接處理FPKM、FTPM、TPM及CPM數據，在處理微生物數據時用OTU數據。 下面我們就用一篇文獻的數據進行簡單的測試。（測試文件下載地址：ht
2020-06-14 03:39:40
原创 當物種組成柱狀圖配上聚類數 繪製聚類數 繪製物種組成柱狀圖 拼圖 參考文獻
前兩天在公衆號植物與根際微生物生態看到一篇轉載的文章，關於聚類與物種組成柱狀圖的： 翻看了作者的代碼，基本是用R base寫的，我想着能不能用Y數的ggtree結合ggplot2來完成。數據使用的是這個公衆號提供的數據（表示感謝）。 繪
2020-06-14 03:39:40
原创 雷達圖
devtools::install_github("ricardo-bion/ggradar", dependencies=TRUE) library(ggradar) library(dplyr) library(scales) libr
2020-06-14 03:39:40
2
原创 Python爬取知乎問題“即將步入研究生，有什麼忠告？”所有回答後將數據寫入Excel並生成.html文件
學Python爬蟲一週多，今天練練手，爬取了一個自己感興趣的知乎話題即將步入研究生，有什麼忠告？。一共是272個答案，本次爬取的目的是爬取到所有回答者的暱稱、個性簽名、贊同數以及具體的內容。 先檢查一波： 我天真地以爲全部都在“Elem
2019-08-11 13:02:55
2
原创 R語言學習：第一個for循環&第一個樣品分佈展示
接觸R語言已經一年多了，期間都是斷斷續續的學習。書買了不少，看完的沒多少。畢竟，Google在手，一搜就來。 for循環 爲什麼要寫for循環呢？因爲我一堆數據需要算很多的迴歸方程，如果一個一個計算的話，那我估計兩三天就沒了。碰巧的是，我剛
2019-07-28 13:08:35
2
原创 R語言地圖展示再嘗試
R語言地圖展示有多強大呢？ 上週基本上完成了地圖展示之後，我探索了一下Rice_3K【3】的數據。 先貼上結果吧。 具體的過程還是有很多坑的、、、、、、 先是輕輕鬆鬆找到了Rice_3K的數據。得到數據之後只有國家和地區，但是呢沒
2019-07-28 13:08:35
23
原创 R語言中簡單線性迴歸的計算及繪圖
之前一直不知道怎麼在R語言中實現線性迴歸的公式的簡便計算。今天，偶然發現了這個問題的解決辦法。真的是悠然見南山啊！！！！！！！！！！！！！！！！！！！假設有如下的數據： > x <- c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,11) > y
2019-06-06 13:00:50
2
原创 修正與精進——寫在研一末
還好，天氣不是那麼的熱。 昨天倒騰了一天的R繪圖，真的是累得不行了。 昨晚十一點多走出工程中心，路上空蕩蕩的，幾乎看不到人。短短兩三分鐘的路程，考慮了些許事情。並不是一瞬間的想法，應該是慢慢的一點一滴在心
2019-05-27 13:00:35
原创 經典遺傳學和化學遺傳學
在瞭解遺傳學之前我們先了解一下基因的結構[1]和中心法則（Central dogma of molecular biology）。經典遺傳學經典遺傳學（Classical genetics）主要是使用基因突變的方法，在分子水平對基因進行干擾
2019-04-11 13:02:14
原创 PCA在R語言中的實現
PCA 簡介PCA（Principal Component Analysis），即主成分分析。PCA是一種研究數據相似性或差異性的可視化方法，採取降維的思想，PCA 可以找到距離矩陣中最主要的座標，把複雜的數據用一系列的特徵值和特徵向量進行
2019-04-11 13:02:14
2
原创 通過Linux命令行使用Aspera全速上傳測序數據到NCBI數據庫
每試錯一次，就離本質就更近一步。----小藍哥爲什麼要上傳數據師姐找我幫忙上傳宏基因組數據到NCBI，大概是45G。NCBI提供了很多種可供選擇的上傳方式：沒有海外節點 + 學校的龜速網速，網頁上傳的速度可想而知，ftp又很容易斷，據說As
2019-04-11 13:02:14
原创 t檢驗算法及其在R語言中的實現
定義及分類在進行 t 檢驗之前讓我們先看看它的定義：t 檢驗法就是在假設檢驗時利用 t 分佈進行概率計算的檢驗方法。那問題來了，什麼是 t 分佈呢？ 在概率論和統計學中，學生 t- 分佈（Student's t-distribution）
2019-04-11 13:02:14
1
原创 （舊文）雜說:我們這一代和我
這周小忙，明天后天都無法寫文章。隨筆寫了三千字無思路，擱置着；技術貼太短，準備寫個系列；統計學 t 檢驗有了一點點眉目。看了看QQ空間，發現3年前寫的這篇日誌。三年過去了，我還是有着3年前的某些願望和追求，也改變了自己的一些認知。以下是原文
2019-04-11 13:02:14
原创 聽他十年，成長十年
《藍蓮花》—許巍“又見小藍哥”。她在舍友空間說說下評論到。這雙陪伴我一年多的藍色跑鞋，後跟已經磨破露出海綿。藍色的皮膚衣已經掉線了。藍色的跑步短褲已經變形了。田徑場上總是有個渾身藍色的人。於是，有個姑娘叫我小藍哥。是許巍，纔有了《藍蓮花》；
2019-04-11 13:02:14