修正與精進——寫在研一末

      還好,天氣不是那麼的熱。

      昨天倒騰了一天的R繪圖,真的是累得不行了。

      昨晚十一點多走出工程中心,路上空蕩蕩的,幾乎看不到人。短短兩三分鐘的路程,考慮了些許事情。並不是一瞬間的想法,應該是慢慢的一點一滴在心頭積聚的吧。


英語學習

        放在三年前的話,我不敢相信我能夠考過CET-6。當然,純屬運氣好吧,天時地利人和。可是,越來越發現自己的英語很差。前幾天的POSTER大賽,獲獎的那些同學都是用英語做的報告,當然,他們也有更大的希望去美國交流學習一週。再看看自己,中文報告都不是那麼順利,獲獎是不可能的了。不得不承認,英語是必須要學好的。

      實驗室來了個法國的博士,跟他呆一起的時間比較長,沒辦法,必須學着用英語進行交流。兩三週,我能感覺到我的聽說能力比以前好了一丟丟。學英語需要環境。實驗室一個老師邀請我們幾個去她家共享晚宴,第一次嘗試包餃子。法國小哥也是第一次包餃子,哈哈,大家都差不多。飯後我們玩起了小遊戲。全程英語,哪怕是在尬聊也得用英語。講真,用蹩腳的英語,我們也能理解彼此想表達的東西。他們幾個聯合起來,居然差點就猜到一些我的祕密。哈哈,no more guess!那一瞬間我感受到了快樂和喜悅,那種發自內心的喜悅和開心。

      漸漸的生活中越來越離不開英語了,就科學研究來說,前沿的科技都是以英語的形式先報道的。可以毫不留情的說好的研究結果都是以英語報道的。中文文獻中的一部分是爲了讓學生畢業而發表的。文章是硬通貨,好的SCI文章便是硬通貨中的上等貨。比如說前面提到的POSTER大賽,其實就是一種英語比賽,沒有用英語的,幾乎不可能得獎的。是的,很正常。每個領域都有自己的規則,遵守規則很重要的。如果要說成年之後有什麼體會的話,那就是要學會遵守規則吧。不管是明面上的規則還是所謂的潛規則。扯遠了,回到話題上來。近半個月的體驗,感受較深的是我們不敢開口說英語。在口語交流的時候,語法的正確性是我們最先考慮的。但是,我要說但是了。即使我們的語法是錯的,別人在一定程度上也是能夠理解的。比如該用“her”的地方用成了“she”,別人照樣能夠get到你的點。但是我還是應該學習和注意語法,畢竟語法也是規則。

      記得第一次和外國人交流好像是大學一年級的時候,在公交車上遇到幾個巴基斯坦的小哥。簡單的問了幾句,後面就說不下去了。因爲不知道怎麼表達啊,哈哈。另外一次比較深刻的就是在南屏街新華書店,遇到一個小姐姐在看書,我問她“Can I help you?" "謝謝,不用,我是來昆明當外教的,我的中文很好的。” 另外的話,就是這半個月吧,和法國小哥一起做試驗,期間聊些劇啊電影之類的。有些我還是不能聽懂,但是我還是爭取更多的交流和理解。

      英語學習需要環境,個人的成長也需要環境的。環境對人的影響極大,就像環境對植物的影響那樣。


關於未來

      回想初中,那時候我們一幫人都有着自己的英雄夢想。回到顯示,大家都在爲生存苦苦掙扎着。一兩個朋友早已膝下有子,一個繼承家業,跟隨父輩幹傳統行,周圍的人遇到紅白喜事都會請他們,相對來說,他的生活好些。另外一個朋友膝下三子,渾身都是生活的壓力。較好的應該是最近考上公務員的這個朋友,相對來說,公務員是比較穩定和體面的工作。在我老家,加官進爵的人被看成是“成器” 的。其他幾個朋友的話,或者掙扎在公務員的路上,或者還在求學,或者在務工。總之,都在努力着吧。

      回到我自己,現在是研究生一年級末,馬上就研二了。我是真的不知道以後要幹什麼,接着讀博?那博士讀完呢?我不知道。姐姐在武漢大學讀博,一直都要求我讀博,父母也是給我說只要能讀得走,無所謂,儘管讀。身邊的老師和同學都給我說我一定是會讀博的。可是,誰知道呢。有個老師給我說,你不要想着讀博啥的,你是要養家餬口的,你要考慮好。講真,我也想當個公務員啥的,不知道爲什麼,我越來越想穩定的平淡的過一生。有時候會覺得,當條鹹魚沒什麼不好的。沒有什麼壓力的過一生不是很好麼?可是,我內心深處貌似不是這樣想的。

      那晚上的晚宴,法國小哥說他已經去過十幾個國家了,而我呢?就去過西藏、四川成都、江蘇南京。他還說他要攢錢,和他女朋友周遊世界。我真的是很羨慕的,羨慕他有個很好的女朋友,更羨慕他能夠周遊世界。我想周遊世界還是在喜歡騎行的時候。如果問我本科最高興的事情,那一定是騎行去了拉薩。我永遠記得在路上的自己,不管是堅強,還是脆弱,寒冷或是炎熱,狂風或是暴雨,泡麪或是大餐,都已經刻進了我的骨子裏了,成爲了我生命中的一部分。儘管我現在不能周遊世界,我還是始終懷着一顆好奇的心對待這個世界。

      儘管不確定未來會幹什麼,我還是會做好眼下的事情,不斷的修正和完善我自己。


關於研究生生活

      我一天大概有15個小時是在實驗室度過的。哪怕是週末,差不多也是在實驗室。越來越覺得自己的基礎知識很淺薄,有時候看個文獻還得查很多資料才能理解某個陌生的概念。有時候某個想法,一說出來,漏洞百出,究其原因就是書讀得太少了。就想我現在寫的這篇隨筆一樣,全是口水話啊。這個學期來,我幾乎沒有看過任何的人文社科類書籍,大都撲在文獻和網絡軟文上了。並不是時間不夠用,而是自己沒有安排好自己的時間罷了。

      我想,研究生三(兩)年,並不是單純的爲了那一紙文憑,當然,那一紙文憑是最基本的吧。在此之外,我覺得,還是更應該學會獨立思考和解決問題。比如說一個單獨的小試驗,怎麼安排合理的安排試驗時間和步驟呢?能不能多步驟同時進行呢?都是一種思考的機會吧。所有的一切都是爲了解決問題吧,哪怕是下載個文獻,處理個數據都是解決問題。理論和實際,真真切切是有差異的。

      我覺得着幾個能力是研究生階段必須的。一是表達能力,無論怎麼樣的結果,都需要表達,表達可以說是很大的學問了。古人早就說“世事洞明皆學問,人情練達即文章”。心裏有好的想法,手裏有好的結果,如果不會表達的話,那別人是不可能瞭解的。伴隨着表達能力,隨之而來的就是寫材料的能力。寫材料,簡單來說就是研究生期間的各種表格,各種申報材料。從寫材料又衍生出word處理文檔的能力,在word中又得遵循各種材料寫法的規則,字體啊、行間距、大小寫啊。寫個材料就能看出多種細節和能力。至少,幫本科生看畢業論文的生活,那些排版我是很崩潰的。當然啦,我也是本科過來的,我也就體會到了當時我導師給我看論文和PPT的那種心情了。如果需要再加個我認爲很重要的能力,那一定是做PPT的能力,做好看的PPT的能力。用word寫了材料,有時候還需要展示啊,這時候PPT就該上場了。至少,研究生期間需要用到三次PPT:開題、中期、畢業答辯。再加上期間斷斷續續的Seminar,PPT可以算得上是王者吧。再往下細分的話,PPT裏面還有很多的細節需要注意的。

      研究生,就是導師告訴你那裏有兔子,然後給你一些可能用得上的弓箭啥的,讓你去把那隻兔子打回來,最好是能捉到一隻先前沒有被人發現過的兔子。這一路上,得披荊斬棘,翻山越嶺,可能要風餐露宿,可能幾個月也翻不過去一座山。有的人,先前就精通弓箭等武器的使用,可能還改進了一下現有的武器,同時還先做了很多調查,知道怎麼樣能夠繞開那些佈滿荊棘的山路,直達兔子的老巢,巧妙的運用機關啥的,成功捕獲一隻全新的兔子。順帶還發現山裏面還有新的東西,都一一記在心裏,有可能會返回來搞個大動作。哈哈,純屬娛樂。

      研究生期間到底該幹什麼呢?某天在朋友圈看到一篇文章,說研究生應該幹什麼幹什麼。說實話,那完了,我啥也沒記住。我個人覺得,循着一條主線,在完成主線任務的情況下,能夠再發展完成一些其他的任務,那就很完美了。怎麼說呢,圍繞着畢業這個事,全面的發展自己的各項能力,就很OK啦。

      我自己的話,圍繞畢業試驗,聽說讀寫都協同發展,再保持一下運動鍛鍊鍛鍊身體就很好了。我知道自己缺乏啥,也知道自己該怎麼做。修正和精進。


關於生信

        之所以把這個單獨拎出來說,原因很複雜。直接到原因就是我的試驗會用到吧。

        生物信息學,Bioinformatics。用處有多大呢,至少現在不做點生物信息的東西,別人都覺得你的文章不夠檔次。16s、ITS、宏基因組、全基因組、轉錄組、代謝組、多組學……一代、二代、三代……講真,我也不是很瞭解。我能做的就是在需要或者不明白的時候,能夠快速準確的找到資料去弄明白。

        差不多,所有的生信啓蒙都來自生信技能樹以及他們對應的微信公衆號。從Linux到R,尤其是R語言。只能說,技能樹真的是業界良心。現在我的電腦和鍵盤上都是技能樹的標誌,哈哈,因爲我是個菜鳥啊。生信菜鳥。

      那是本科剛畢業,7月份,導師叫我學習一下生信,並安排我去了某公司進行學習。記得很清楚,用公司的服務器跑命令,是真的很爽。初到公司,師兄叫我先跑一遍轉錄組,不建議一上來就跑GWAS。是的,轉錄組是入門生信的好開始。我需要知道什麼是Linux目錄結構、測序原理是啥、數據質控怎麼做、數據比對怎麼做,以及很重要的下游分析採取什麼策略實現。初到公司,我連他們的服務器都無法登錄上去,就是因爲沒有連接到他們的WiFi再對服務器進行連接。就像我想把自己電腦上的虛擬機當成服務器的時候,怎麼也Ping不上,翻看了很多的博客,都沒有找到可行的解決辦法。其實就是一個簡單的設置就行。那種柳暗花明又一村的感覺,真的是很爽啊。

      我從生信技能樹創始人Jimmy老師那裏學到了很重要的東西,是一種思想,也是一種方法論。他說他不會去記憶那些繪圖的R代碼,因爲那些代碼都是現成的,只需要能夠找到它並把它改成自己需要的代碼就行。我現在就是這樣的,沒有刻意的記憶那些代碼,需要用到之前沒有用過的代碼,那就Google一下,複製粘貼調整,Run,OK。重複造輪子是沒有意義的。記住那些基本的代碼,特殊情況學會查找複製粘貼調整就行。現在有個習慣就是,看到好文章裏面的那些圖,就想怎麼用R去實現它。每次繪圖完成,保存代碼,下次需要的時候直接導入數據就OK。說到數據,真的是感觸頗深啊。良好的數據存儲和前處理,真的是太有必要了。打開那些亂麻麻的Excel表,真的是醉了。良好的數據前處理和存儲首先是受到我本科導師的影響,其次是在學習生信的過程中慢慢改進的,尤其是在學習Jimmy老師的公開課GEO數據庫挖掘中,能夠感受到合格的數據存儲和前處理是狠重要的。

      生物信息學是多學科交叉吧,我也在學習生信的過程中慢慢發現自己的分子生物學基礎知識很薄弱,哪怕是現在也是很薄弱的。對我來說最好的解決辦法就是邊學習邊改進和補充。現在的單細胞測序如火如荼,我個人還在學習二代測序的相關知識。學習技能樹的過程中的體會就是,生信的比對分析等在Linux下完成的東西只是生物信息學的開始,真真正正的重頭戲是在下游的分析。而下游的分析,是繞不開R語言的,至少對我來說是繞不開R語言的。R語言在統計分析和繪圖上的強大,已經無需贅述了。

      我後面應該會做RNA-seq和GWAS,GWAS還在學習中。現在就等實驗室的服務器到位,畢竟筆記本跑生信真的是不行的,哪怕是12G內存都顯得很雞肋。

        如果你想學生物信息學,那從生信技能樹Jimmy老師的直播我的基因組分析開始吧。從測序原理到數據質控到數據比對到下游的分析,都能夠作爲入門的絕佳博客。Jimmy老師是自學成才的,他們也在致力於讓更多的人學會生信。


由華爲近況想到

        最近,每天都能看到華爲的消息。

      首先,表明態度,我是菊粉。手機電腦平板都是華爲的。這是華爲的冬天,也是中國的冬天,更是中華民族的冬天。在華爲工作的同學說“華爲的冬天來了”。有幾點小感受,首先,佩服於任正非老爺子的智慧,所謂實幹興邦,韜光養晦,全在任老爺子及華爲的身上看到。一個熟讀《毛選》的人,一個英雄。其次,實力,才能拯救自己於危難之際。個人如此,國家亦然。所謂民族復興,是由每個人的復興,每個人的奮鬥,每個人的點滴構成的。

      唯有實力,方可立足,進而發展。


以後的小規劃

      保持現有的狀態,在現有的狀態上,不斷的審視和修正,然後不斷的精進。落到實處的話,就是提高自己的執行能力,拒絕拖延症,保證時間效率的最大化,同時使得利益最大化。

      另外,真的要多讀書了!

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