原创 個人博客文章合集 博客文章合集：
最近很少在簡書更新了，搭建了個個人博客，基本都是在那邊更新。簡書不定期更新鏈接： 博客文章合集： data.table學習筆記 ggplot2分面填充色與字體大小 ggplot2畫箭頭 ggplot2坡度圖 iTOL修飾進化樹 NM
2021-03-22 18:42:17
原创 Tools4You教程1：關於Tools4Young + t檢驗 Tools4You是什麼 Tools4You的開發初衷 訪問Tools4You t檢驗 t檢驗結果解讀
Tools4You是什麼 Tools4You是一個基於R shiny的網頁工具，能夠完成常見的統計分析及數據可視化。 Tools4You的開發初衷 作爲R語言的重度使用者，自從習慣用R以後，我就很少用那些破解版的付費軟件，如SPSS、O
2021-01-19 00:40:11
原创 【羣體遺傳學】 π （pi）的計算 雜合度 heterozygosity
雜合度 heterozygosity 某個位點的第個等位基因的樣本頻率爲，那麼該位點所有等位基因的頻率和應該是1。先考慮二倍體的雙等位基因，那就是。衡量單個多態位點變異（variation）的一個方法是計算樣本雜合度（heterozygo
2020-10-22 02:39:38
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原创 【羣體遺傳學】1.1進化模型 Wright-Fisher模型 Moran模型
Wright-Fisher模型 在所有羣體中，就多態性（polymorphisms）來說，遺傳漂變（genetic drift）能夠改變等位基因的頻率。由於羣體的有限性加上在每代新個體中某些染色體比其他的染色體有更多的機會傳到下一代，所以漂
2020-10-07 04:34:02
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原创 【羣體遺傳學】1.0羣體遺傳學簡介 基礎的序列術語
進化開始於一個個體的一條染色體上的一個突變。分子羣體遺傳學研究的是這些突變在羣體中頻率的升高或降低。許多進化力量能夠通過羣體來加速或減緩這些突變的傳遞。通過個體間分子突變的模式能夠推斷出具體是哪些進化力量在起作用。 遺傳標記的使用最早是19
2020-09-29 04:34:34
原创 【R】臨界指示物種分析法 加載示例數據 參數一覽 默認參數： 完整參數： 參數解釋： 運行耗時 結果可視化
前兩天看中科院微生物所高程老師的文章：Fungal community assembly in drought-stressed sorghum shows stochasticity, selection, and universal e
2020-09-27 04:31:07
原创 【R語言】多邊形PCA圖 橢圓形 多邊形
rm(list = ls()) library(tidyverse) library(plyr) library(ggplot2) library(ggsci) pca = prcomp(iris[,1:4]) # 進行PCA計算
2020-09-19 04:39:30
原创 【R語言】箱線圖統計檢驗線段長度
rm(list = ls()) data("iris") library(ggplot2) library(ggsignif) library(ggsci) comp_list = list(c('setosa','versicolo
2020-08-31 18:29:52
原创 【R】微生物網絡構建簡單方法彙總
偶然發現一本書: 裏面剛好有微生物網絡分析的內容，我就當個搬運工把代碼整理了一下（注：書籍和示例數據在公衆號PLANTOMIX後臺回覆“微生物組分析”即可獲取下載鏈接噢）： library(ggraph) library(vegan)
2020-08-09 15:34:49
原创 【R】seqlogo圖 DNA序列 氨基酸序列 自定義數據 矩陣類型數據 參考文獻
seqlogo圖常用於展示特定爲區域的序列信息，就像這樣： 之前很好奇這種圖是怎麼畫出來的，後面知道了一個R包：ggseqlogo。提供了一系列的可視化方法： 作者也提供了完整的教程：https://omarwagih.githu
2020-08-09 15:34:39
原创 在R中利用fasta序列構建進化樹 關於進化樹
“進化樹的構建怎麼操作？” “那肯定是用MEGA啊！” 可是真的好麻煩啊，要先比對再建樹，然後再進行各種美化，習慣了R就用R解決吧。 簡單Google之後發現R有現成的包可以完成分析，包括了從序列讀取、進化樹構建、進化樹美化等 。
2020-07-15 19:11:19
原创 相關性圖的可視化
2019年Science一篇講海洋微生物的文章裏面有這樣一個圖： 後來，厚蘊老師開發的ggcor，完全實現了上圖，開啓了相關性可視化的新世界： 代碼如下： library(ggcor) library(ggplot2) libra
2020-07-14 19:16:02
原创 【R語言】多層餅圖
需求是推動探索的重要動力！在學習的路上，很多東西都是從需求出發的！帶着目的去探索，能夠更快地找到與之對應的解決方法。上個周，同學問我能不能畫這樣一個圖： 大概的意思就是先展示3個大類的百分比，再展示每個大類裏面的小類的百分比。 回到實驗
2020-06-16 22:44:30
原创 Gephi安裝（Java安裝） Gephi安裝 Java安裝 Java環境變量設置 配置Gephi的Java路徑
Gephi是一款常用的網絡圖可視化軟件，運行需要依賴Java環境。 Gephi安裝 軟件下載地址：https://gephi.org/users/download/ 下載以後安裝即可，推薦安裝在非系統盤的其他盤中。 Java安裝 選擇合
2020-06-16 22:44:30
原创 【GWAS】GAPIT使用教程 簡介 安裝 輸入文件 輸出文件 GAPIT 的詳細參數 示例 結果解讀
GAPIT（genome association and prediction integrated tool）華盛頓大學等於 2012 年開發的軟件（軟件主頁：http://www.zzlab.net/GAPIT/）。GAPIT 是個.R
2020-06-14 03:39:40