原创 結構分析（1）從pdb文件註釋RNA二級結構 介紹RNA二級結構 介紹RNA二級結構
介紹RNA二級結構 對於RNA的二級結構，最直觀的肯定是用圖片表示，示意如下： 圖片對於分析人員是特別直觀的，但是對於軟件而言，就無法識別了。爲了讓程序識別RNA二級結構，專門開發出了一種表示方式，用點號和括號這兩種符號來表示對應的二級
2021-03-22 19:12:21
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原创 結構分析（3）計算分子指紋及批量保存sdf格式
主要使用rcdk: 一個化學包 # releases install.packages("rcdk") # development releases of `cdkr` are also available on github uinsg
2021-03-22 19:08:28
原创 網絡藥理學學習記錄8：預測藥物的ADME性質
SwissADME http://www.swissadme.ch/ SwissADME網站可以計算一個或多個小分子的理化指標，並預測ADME參數，藥代動力學特性，類藥物性質和藥物化學友好性，以支持藥物發現。這是一個免費的Web工具，用於評
2021-03-22 18:54:34
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原创 結構分析（4）化合物分子相似性
分子相似性： 相似性原理（similar property principle）指出，總體相似的分子應具有相似的生物活性。 相似性評估 化合物的指紋對於使用計算機考慮化合物的相似性是必需的。已經提出了各種評估方法，但是最常用的評估方法稱爲“
2021-01-24 17:49:05
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原创 R語言之可視化（34）Grouped, stacked and percent stacked barplot
# library library(ggplot2) # create a dataset specie <- c(rep("sorgho" , 3) , rep("poacee" , 3) , rep("banana" , 3) ,
2021-01-21 20:50:15
原创 RNA結構分析（2）通過核苷酸序列預測二級結構
（1）RNAfold 服務器 1.輸入核苷酸序列 2.點擊運行 RNAfold web server http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi （2）Mfol
2021-01-21 13:01:32
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原创 RNA二級結構（1）從pdb文件註釋RNA二級結構 介紹RNA二級結構 介紹RNA二級結構
介紹RNA二級結構 對於RNA的二級結構，最直觀的肯定是用圖片表示，示意如下： 圖片對於分析人員是特別直觀的，但是對於軟件而言，就無法識別了。爲了讓程序識別RNA二級結構，專門開發出了一種表示方式，用點號和括號這兩種符號來表示對應的二級
2021-01-20 20:50:59
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原创 R語言之計算分子指紋及批量保存sdf格式
主要使用rcdk: 一個化學包 # releases install.packages("rcdk") # development releases of `cdkr` are also available on github uinsg
2021-01-19 00:07:11
原创 騰訊雲服務器安裝shiny server
添加源 sudo vi /etc/apt/sources.list 在末尾添加 deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/ 添加CRAN網絡的密鑰ID： sudo apt-k
2020-12-29 20:55:20
原创 騰訊雲服務器安裝R和Rstudio server
1 安裝R $ sudo apt-get update $ sudo apt-get install r-base 2安裝gdebi-core包 $ sudo apt-get install gdebi-core $ wget https
2020-12-28 20:51:26
原创 騰訊雲服務器安裝ubuntu圖形界面 虛擬網絡計算VNC的安裝與配置 Gnome 桌面環境安裝與配置 本地使用VNC連接
虛擬網絡計算VNC的安裝與配置 1 切換用戶爲Root 執行如下命令將當前用戶切換至Root用戶 sudo su root 執行完畢以後，原來的ubuntu用戶會切換成root，如下圖所示 2 更新獲取軟件及版本信息 執行如下命令來更
2020-12-28 20:51:26
原创 蛋白質內部氨基酸之間的相互作用②pymol
(1) 選中蛋白質的兩個相鄰的b-sheet，命名爲sel1，sel2。 (2) 添加氫原子 h_add CTGF1 (3) 設置氫鍵的donor和acceptor select don, (elem n,o and (neighb
2020-12-28 00:42:51
原创 randomForestSRC包教程
正如隨機森林算法可以應用於迴歸和分類任務一樣，它也可以擴展到生存分析。 在下面的示例中，生存模型適合並使用來自 CRAN 包 randomForestSRC 進行預測，評分和性能分析。 #------------#------------
2020-12-26 01:18:13
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原创 shiny隨手日記1
問題描述：shiny在沒有輸入數據的數據下，也會生成空白圖片，造成不美觀。 library(shiny) ui <- fluidPage( fluidRow( column(width=1), column(
2020-12-25 08:31:15
原创 R語言計算tmb值
tmb值與免疫檢查點抑制劑療效相關，而TCGA數據庫中的tmb值可以通過TCGAmutations包來計算 # ===============================================================
2020-12-13 13:58:12