一. MITK是什麼？
MITK是一個C++第三方庫，由ITK(負責圖形圖像算法實現)，VTK(負責2D圖像，3D圖像的顯示)，QT(用戶界面，GUI實現)，BlueBerry(MITK核心框架主要由CTK組成，還包括CTK之上的類Eclipse RCP框架),CTK(OSGI 插件熱插拔實現，負責plugin的加載與管理)，CppMicroServices(面向服務庫，負責module的加載)，POCO(類Eclipse RCP框架的線程實現，主應用程序實現)等等第三方庫組成的一個醫學軟件框架。
二.MITK文件結構
Applications
applications文件夾裏面是幾個應用程序，有標準工作臺應用程序，workbench ， diffusion，coreapp等幾個應用程序源碼
大多數情況下我們都是用workbench，其他的基本不怎麼用
CMake
該文件夾內存放的是一些第三方庫的 findxxx.cmake文件及依賴文件，特別是PackageDepends文件夾下的cmake文件，實際上就是用於mitk本身的包管理
CMakeExternals
各種第三方庫的編譯，下載，安裝文件，比如ANN.cmake
note:有的庫有CMakeLists.txt，比如ANNCMakeLists.txt，這個文件的作用是：下載下來的ann源碼可能沒有cmakelists.txt文件或者CMakelists.txt文件的格式（安裝位置，編譯參數）不符合MITK的規範，用該CMakeLists.txt替換原有的來進行編譯。
還有一些.patch文件，就是mitk可能修改了庫的源碼文件，使用該patch替換文件。
Plugins
MITK中的各種插件，注意下圖紅框標註出來的，這些插件就是Eclipse ECP的C++實現，我稱之爲MITK核心底層插件，查看相關eclipse文檔。
剩下的是一些就是在覈心插件之上構建的應用層插件。
modules
MITK模塊文件夾，其中我懂的一些我大概註釋下
CMakeLists.txt
定義各種外部庫的使用和插件，模塊的編譯，安裝，打包規則等等
SuperBuild.cmake
superBuild是cmake的概念，就是指生成項目構建器之前 生成項目依賴的第三方庫的構建器的過程。
生成構建器是指 生成vs工程，或者GCC工程，或者mac下的xcode工程。
該文件裏就是 MITK所依賴的所有第三方庫的上層構建過程，包括如何知道那些第三方庫要構建，構建前的patch等等工作，具體的構建過程是在CMakeExternals文件夾中的.cmake文件裏。