在ubuntu使用apt install的fastqc是有bug的

爲了方便十幾個新手使用雲服務器，我取巧的root權限安裝了一堆生物信息學軟件，代碼如下：

sudo apt install -y fastqc
sudo apt install -y samtools
sudo apt install -y bcftools
sudo apt install -y bwa
sudo apt install -y ncbi-blast+
sudo apt install -y sra-toolkit
sudo apt-get install r-base-core # 最新版

沒想到第一個軟件就翻車了，尷尬至極！

報錯如下：

Approx 95% complete for output.fastq
Analysis complete for output.fastq
Failed to process file output.fastq
java.lang.IllegalArgumentException: No key called gc_sequence:ignore in the config data
    at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.ModuleConfig.getParam(ModuleConfig.java:148)
    at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.PerSequenceGCContent.ignoreInReport(PerSequenceGCContent.java:57)
    at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.startDocument(HTMLReportArchive.java:331)
    at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.<init>(HTMLReportArchive.java:84)
    at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.OfflineRunner.analysisComplete(OfflineRunner.java:155)
    at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.AnalysisRunner.run(AnalysisRunner.java:110)
    at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)

看的我是一臉懵逼，不過很容易就谷歌搜索到原因了

高手在biostar上面給出解釋：

This seems to be a bug when installing fastqc using apt-get install fastqc on some versions of Ubuntu.

所以我就去了我的生物信息學常見1000個軟件的安裝代碼：https://www.jianshu.com/p/ae28e8e3e9f5 找到了fastqc軟件下載安裝方法：

## Download and install fastqc
cd ~/biosoft
mkdir fastqc &&  cd fastqc
wget http://www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip
unzip fastqc_v0.11.5.zip

這樣就可以使用全路徑調用啦。

但是，還遺留了一個問題，我以管理員身份安裝這個軟件遺留在整個服務器的環境變量裏面，需要清除掉，同樣是搜索瞭解咯。

Ubuntu apt-get徹底卸載軟件包

查看教程，得到：

# 刪除軟件及其配置文件
apt-get --purge remove <package>
# 刪除沒用的依賴包
apt-get autoremove <package> 

但是我們只需要運行 sudo apt-get --purge remove fastqc

不需要運行 sudo apt-get autoremove fastqc ，避免刪除了java軟件。

這樣就清除了系統的fastqc軟件。