摸着你的良心，你有沒有在文章的introduction裏面煞有介事的介紹過某基因，你寫“xxx基因是在人體中分佈廣泛、高表達且高保守的基因/蛋白，主要參與XXX等生物學過程”，套路，都是套路！
小編曾經也沒頭腦的寫過這樣的話，如今開始學了生信，好奇心就愈發控制不住了，那麼我們到底憑什麼才能明目張膽的下結論，認爲一個基因是高丰度的呢？
今天以以下這篇有趣的文章爲因子，我們來探索一下判定基因丰度的方法吧！
小聲比比，這篇文章非常精彩哦~你是不是做過很多實驗結果和主流的研究結果是矛盾的，做出來的結論和CNS文章的結論相反（淚流滿面）。
一直以來，大多數文獻都報道MALAT1是一個促癌基因，而作者做出了相反結果，在一頓研究之後發現了之前報道文章的不妥之處，經過精心設計後，得到了一個圓滿的答案。MALAT1其實是一個抑癌基因，前人使用的小鼠MALAT1缺陷模型，雖然MALAT1的表達缺失了，但MALAT1相鄰基因的表達上調，正是這 上調的MALAT1相鄰基因造成了促癌的後果。在更換新的MALAT1缺陷模型後，解開了MALAT1功能的面紗。
基因數據庫
NCBI
凡是涉及到基因相關信息，我們就會想到各式各樣的基因數據庫，一說到基因數據庫就會忍不住想到NCBI，是的沒錯，我們打開NCBI查一查吧！結果如圖：
MALAT1在人體不同組織中的表達，橫座標爲sample，縱座標爲RPKM：RPKM是Reads Per Kilobase per Million mapped reads的縮寫，代表每百萬reads中來自於某基因每千鹼基長度的reads數。RPKM是將map到基因的read數除以map到基因組上的所有read數(以million爲單位)與RNA的長度(以KB爲單位)。
假如reads長度是150 bp，測序深度30X，按照（30億*30X的深度/150reads長度）=可得6億條reads，那麼根據圖可知emm...這個MALAT1的每百萬條reads裏就有5-150條有MALAT1（Jimmy說RPKM到達100就算是高的了）。
NIH-GTEX
GTEx是一個收錄正常人體組織的測序結果的基因數據庫。搜索MALAT1後結果如下，可見MALAT1在正常人體組織中的TPM（Transcripts per million）是非常高。
GeneCards®: The Human Gene Database
GeneCards類似於各大基因數據庫的搜索引擎和總結。搜索MALAT1--轉到Expression section後結果如下：
如圖可知MALAT1的RNAseq數據，其FPKM (Fragments Per Kilobase Million)含量也是非常高的。
綜上所述，從三個基因數據庫查閱得知，MALAT1確實是一個高丰度且分佈廣泛的基因。
只不過，RPKM、TPM、FPKM三個單位是不是讓你傻傻分不清楚這是啥玩意兒，沒錯我也很好奇，所以狠狠的擼了一把StatQuest的教學視頻，想要了解的小夥伴，留言讓我知道~那我們還可以出一波RPKM、TPM、FPKM解說推文~~
好了，掌握了基因丰度查閱的方法，再擼一把RPKM、TPM、FPKM的含義，終於可以吹牛打草稿了~拜拜~~
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