不一定是轉錄水平的表達量。
看到一篇文章提到了這個DESI-MSI分析,可以說目前主流的研究都會引入表達芯片或者mRNA-seq測序來看敲減目標基因或者過表達基因後的效果,但是該文章探索的主要是蛋白質的表達量。
esorption electrospray ionization mass spectrometry imaging (DESI-MSI)
Using DESI-MSI, we compared tumor tissues of FABP4 siRNA group (low FABP4 expression, n = 3) to control siRNA samples (high FABP4 expression, n = 3).
有了這樣的表達數據,肯定是走一波標準的差異分析流程,然後定位到上調還有下調的基因集,然後走一波GO/KEGG/RECTOME/BIOCARTA/MsigDB數據庫的註釋。
還有 To identify signaling pathways downstream of FABP4, we conducted reverse phase protein arrays (RPPA) after silencing FABP4 in HeyA8 MDR cells.
基因表達數據使用的是公共數據庫。