遲到了，Day2拖延了那麼久...
Linux操作系統爲生物信息學的數據處理提供了很好的平臺，因此，掌握一些高效的Linux系統操作技巧能夠讓我們的工作更加便捷。“優秀”的操作習慣就如同一把強有力的工具，panda都一步一步得試着操作了一遍，這是吸取別人優秀操作的機會，一定不能錯過～～
1.簡單的基礎命令
-
pwd打印當前目錄的完整路徑 -
ls列出當前目錄中的內容
-l表示用列表形式列出 -
cdchange directory -
mkdir創建目錄
mkdir $(date +%F)創建以今天日期爲名稱的目錄 -
rmdir刪除空目錄
刪除多個空目錄操作：find . -type d -empty -print | xargs rmdir
把 對機器講的話 翻譯成 人話：find（查找） .（當前目錄下的） -type(類型爲) d（目錄） -empty（空的） -print（打印出來） | xargs（把管道符前打印的目錄一個一個的執行） rmdir（刪除任務） -
rm刪除文件或目錄
-r表示遞歸刪除（一個目錄中包含層級的文件時，可以用這個參數把整個目錄刪掉）
-f表示強制刪除（不要提示）
(rm -rf強制把多級目錄刪掉，也不要給提示，因此使用要謹慎) -
touch新建一個文件 -
mv重命名或者移動（文件或目錄） -
cat具有查看文件和定向輸出文件的功能
輸入 cat >test.txt之後會有光標提示要輸入的內容，然後control + C 停止輸入，不過要注意的是：內容書寫完畢後要換行再“control + C”，否則最後一行是無法保存的，就像我這樣👇，第三行的“o”就沒有保存進去！
![]()
![]()
-
less也是查看文件的一個命令
-S使文本的一行(無論有多長也)只佔屏幕的一行
-N每一行加上行號 -
head 和 tail
head -n 5 test.txt查看test.txt的前5行
tail -n 5 text.txt查看test.txt的最後5行
2.練習題
1.在主目錄下創建/tmp文件夾，並且使其中包含1/2/3/4/5格式的文件夾系列
2.在創建好的文件夾下面，創建文本文件 xi.txt，並輸入內容，例如Hello world, Welcome to bioinfoplanet, Nice to see you。三句話分行顯示
3.在tmp/下創建 1~5這5個文件夾，然後每個文件夾下面繼續創建 1~5這5個文件夾, 並查看
4.增加一點難度：我想在練習三的每個目錄中都放進去一個文件xi.txt，內容還是練習二的內容
5.下載 http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed 文件，統計該文件總共有幾行，含有 H3K4me3 的是第幾行
6.下載 http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip 文件，並且解壓，查看裏面的文件夾結構 (提示：瞭解tree命令)
3.答案
mkdir -p /tmp/1/2/3/4/5(學會使用-p參數)cat > xi.txt然後分3行輸入內容：Hello world；Welcome to bioinfoplanet,；Nice to see you（回車鍵-換行；control+c-停止輸入）- 首先
pwd確保自己在tmp/目錄下，先創建1-5這5個文件夾mkdir {1..5}，然後每個文件夾下面繼續創建1-5這5個文件夾mkdir {1..5}/{1..5},查看使用tree tmp/(貌似這個操作也可以mkdir -p {1,2,3,4,5}/{1,2,3,4,5})- 在
tmp/目錄同時保證 xi.txt也在當前路徑，前面已經創建好25個目錄的基礎上，輸入命令echo tmp/*/* | xargs -n 1 cp xi.txt（自己不會做，抄的答案～）- 下載文件命令：
wget www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed；
統計行wc -l test.bed
尋找行號grep -n H3K4me3 test.bed- 下載文件命令：
wget www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip
解壓unzip rmDuplicate.zip
查看文件結構tree rmDuplicate.zip(-p 查看權限；-h 查看文件小；-D 查看創建日期)我覺得這份答案更詳細：https://www.jianshu.com/p/d3be74cb7829
因爲panda都是抄他的... ...