Plotting in R for Biologists

數據

library(ggplot2)

filename <- "/home/taoyan/Plotting in R for Biologists/Lesson-01/Encode_HMM_data.txt"

my_data <- read.csv(filename, sep="\t", header=FALSE)

# 查看一下數據

head(my_data)

對數據列名重命名

names(my_data)[1:4] <- c("chrom","start","end","type")

head(my_data)   

繪圖

對不同染色體上的不同type繪製柱形圖

ggplot(data = my_data, aes(x= chrom, fill= type))+geom_bar()

保存

如果想直接保存圖片到文件中，可以用dev.off，R語言支持多種圖形類型

png("Lesson-01/plot.png")

ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()

dev.off()

tiff("Lesson-01/plot.tiff")

ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()

dev.off()

jpeg("Lesson-01/plot.jpg")

ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()

dev.off()

pdf("Lesson-01/plot.pdf")

ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()

dev.off()

# 設置清晰度

png("Lesson-01/plot_hi_res.png",1000,1000)

ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()

dev.off()

這節課比較簡單，沒什麼知識點，當然如果R語言沒入門的話讀個數據都困難重重，所以如果基礎不太好的可以直接去youtube看視頻，講的很詳細。

##SessionInfo

sessionInfo()