在STM32中，有五個時鐘源，爲HSI、HSE、LSI、LSE、PLL。
①、HSI是高速內部時鐘，RC振盪器，頻率爲8MHz。
②、HSE是高速外部時鐘，可接石英/陶瓷諧振器，或者接
外部時鐘源，頻率範圍爲4MHz~16MHz。
③、LSI是低速內部時鐘，RC振盪器，頻率爲40kHz。
④、LSE是低速外部時鐘，接頻率爲32.768kHz的石英晶體。
⑤、PLL爲鎖相環倍頻輸出，其時鐘輸入源可選擇爲HSI/2、
HSE或者HSE/2。倍頻可選擇爲2~16倍，但是其輸出頻率最
大不得超過72MHz。
其中40kHz的LSI(低速內部時鐘)供獨立看門狗IWDG使用，另外它還可以被選擇爲實時時鐘RTC的時鐘源。另外，實時時鐘RTC的時鐘源還可以選 擇LSE(低速外部時鐘)，或者是HSE(高速外部時鐘)的128分頻。RTC的時鐘源通過RTCSEL[1:0]來選擇。
STM32中有一個全速功能的USB模塊，其串行接口引擎需要一個頻率爲48MHz的時鐘源。該時鐘源只能從PLL輸出端獲取，可以選擇爲1.5分頻或者 1分頻，也就是，當需要使用USB模塊時，PLL必須使能，並且時鐘頻率配置爲48MHz或72MHz。(armjishu.com)
另外，STM32還可以選擇一個時鐘信號輸出到MCO腳(PA8)上，可以選擇爲PLL輸出的2分頻、HSI、HSE、或者系統時鐘。
系統時鐘SYSCLK最大頻率爲72MHz，它是供STM32中絕大部分部件工作的時鐘源。系統時鐘可由PLL、HSI或者HSE提供輸出，並且它通過AHB分頻器分頻後送給各模塊使用，AHB分頻器可選擇1、2、4、8、16、64、128、256、512分頻。其中AHB分頻器輸出的時鐘送給5大模塊使用：
①、送給AHB總線、內核、內存和DMA使用的HCLK時鐘。
②、分頻後送給STM32芯片的系統定時器時鐘（Systick=Sysclk/8=9Mhz）
③、直接送給Cortex的自由運行時鐘(free running clock)FCLK。【ARMJISHU注：FCLK 爲處理器的自由振盪的處理器時鐘，用來採樣中斷和爲調試模塊計時。在處理器休眠時，通過FCLK 保證可以採樣到中斷和跟蹤休眠事件。
Cortex-M3內核的“自由運行時鐘(free running clock)”FCLK。“自由”表現在它不來自系統時鐘HCLK，因此在系統時鐘停止時FCLK 也繼續運行。FCLK和HCLK 互相同步。FCLK 是一個自由振盪的HCLK。FCLK 和HCLK 應該互相平衡，保證進入Cortex-M3 時的延遲相同。】
④、送給APB1分頻器。APB1分頻器可選擇1、2、4、8、16分頻，其輸出一路供APB1外設使用(PCLK1，最大頻率36MHz)，另一路送給定時器(Timer)2、3、4倍頻器使用。該倍頻器可選擇1或者2倍頻，時鐘輸出供定時器2、3、4使用。
⑤、送給APB2分頻器。APB2分頻器可選擇1、2、4、8、16分頻， 其輸出一路供APB2外設使用(PCLK2，最大頻率72MHz)，另一路送給定時器(Timer)1倍頻器使用。該倍頻器可選擇1或者2倍頻，時鐘輸出 供定時器1使用。另外，APB2分頻器還有一路輸出供ADC分頻器使用，分頻後送給ADC模塊使用。ADC分頻器可選擇爲2、4、6、8分頻。
以上提到3種時鐘Fclk、Hclk和Pclk，簡單解釋如下：Fclk爲供給CPU內核的時鐘信號，我們所說的cpu主頻爲XXXXMHz，就是指的這個時鐘信號，相應的，1/Fclk即爲cpu時鐘週期；Hclk爲優秀的高性能總線（AHB bus peripherals）供給時鐘信號（AHB爲advanced high-performance bus）；HCLK ：AHB總線時鐘，由系統時鐘SYSCLK 分頻得到，一般不分頻，等於系統時鐘，HCLK是高速外設時鐘，是給外部設備的，比如內存，flash。Pclk爲優秀的高性能外設總線（APB bus peripherals）供給時鐘信號（其中APB爲advanced peripherals bus）。
在以上的時鐘輸出中，有很多是帶使能控制的，例如AHB總線時鐘、內核時鐘、各種APB1外設、APB2外設等等。當需要使用某模塊時，記得一定要先使能對應的時鐘。
需要注意的是定時器的倍頻器，當APB的分頻爲1時，它的倍頻值爲1，否則它的倍頻值就爲2。
連接在APB1(低速外設)上的設備有：電源接口、備份接口、CAN、USB、I2C1、I2C2、UART2、UART3、SPI2、窗口看門狗、Timer2、Timer3、Timer4。
注意：USB模塊雖然需要一個單獨的48MHz時鐘信號，但它應該不是供USB模塊工作的時鐘，而只是提供給串行接口引擎(SIE)使用的時鐘。USB模塊工作的時鐘應該是由APB1提供的。
連接在APB2(高速外設)上的設備有：UART1、SPI1、Timer1、
ADC1、ADC2、所有普通IO口(PA~PE)、第二功能IO口。
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