本期給大家帶來lammps模擬帶缺陷鎳板剪切變形的in文件及其詳細註釋。初始模型如圖一所示：
圖1 生成的初始模型
in文件及註釋如下：
#利用eam勢函數模擬帶缺陷鎳板的剪切
#模型構成——上下鎳板夾可動鎳塊，鎳塊中有圓柱形缺陷，移動上鎳板使其發生剪切變形
# 3d metal shear simulation
units metal
#單位制爲metal
Boundary s s p
#剪切和厚度方向爲非週期性浮動邊界，寬度方向爲週期性邊界條件
atom_style atomic
lattice fcc 3.52
#面心立方晶格，晶格常數3.52
region box block 0 16.0 0 10.0 0 2.828427
#盒子總體大小，長16埃米，寬10，厚2.828427
create_box 3 box
lattice fcc 3.52 orient x 1 0 0 orient y 0 1 1 orient z 0 -1 1
#從原點開始，沿上述的晶體取向生長
create_atoms 1 box
#在盒子內填滿原子
pair_style eam
pair_coeff * * Ni_u3.eam
#調用eam勢函數
neighbor 0.3 bin
neigh_modify delay 5
region lower block INF INF INF 0.9 INF INF
#定義底板區域
region upper block INF INF 6.1 INF INF INF
#定義頂板區域
group lower region lower
group upper region upper
group boundary union lower upper
#頂板+頂板設爲邊界羣
group mobile subtract all boundary
#除去邊界的地方爲可動羣
set group lower type 2
#設置底板原子類型爲2
set group upper type 3
#設置頂板原子類型爲3
# void
region void cylinder z 8 3.535534 2.5 INF INF
#以（8，3.535534）爲軸線，2.5埃米爲半徑定義出圓柱區域
delete_atoms region void
#刪除圓柱區域的原子
# temp controllers
compute new3d mobile temp
#定義溫度的計算new3d（mobile區域統計平均）
compute new2d mobile temp/partial 0 1 1
#定義溫度的計算new2d,忽略x方向速度
# equilibrate
velocity mobile create 300.0 5812775 temp new3d
#設置原子初始速度
fix 1 all nve
#nve系綜
fix 2 boundary setforce 0.0 0.0 0.0
#固定邊界原子，鋼化原子，便於加載
fix 3 mobile temp/rescale 10 300.0 300.0 10.0 1.0
#直接調溫法，溫度控制爲300K+-10K之內
fix_modify 3 temp new3d
#fix 3 調溫時採用new3d的計算方案
thermo 25
#每25步輸出一次熱力學統計量
thermo_modify temp new3d
#每次輸出的溫度按照new3d方案來
timestep 0.001
#時間步長0.001ps
run 100
#弛豫100步
# shear 剪切
velocity upper set 1.0 0 0
#使頂板原子以1埃/ps的速度沿x正向運動
velocity mobile ramp vx 0.0 1.0 y 1.4 8.6 sum yes
#mobile原子的初始速度從0到1線性變化
unfix 3
#結束弛豫時的溫度約束fix 3
fix 3 mobile temp/rescale 10 300.0 300.0 10.0 1.0
#開始新的控溫，直接調溫法，溫度控制爲300K+-10K之內
fix_modify 3 temp new2d
#fix 3 調溫時採用new2d的計算方案
dump 1 all atom 100 dump.shear.void
#每隔100步輸出一次原子信息
thermo 100
thermo_modify temp new2d
reset_timestep 0 #重新設當前爲第0步
run 3000 #總共運行3000步
發生剪切後模型如下所示：
圖2 發生剪切後的模型
最後，如果您有分子動力學相關需求，可以通過微信公衆號聯繫我們呦~
微信公衆號：320科技工作室