前言
NGS系列文章包括NGS基礎、轉錄組分析 （Nature重磅綜述|關於RNA-seq你想知道的全在這）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、單細胞測序分析 (重磅綜述：三萬字長文讀懂單細胞RNA測序分析的最佳實踐教程 （原理、代碼和評述）)、DNA甲基化分析、重測序分析、GEO數據挖掘（典型醫學設計實驗GEO數據分析 (step-by-step) - Limma差異分析、火山圖、功能富集）等內容。
在準備GEO/TCGA培訓時，因爲部分數據來自NCBI GEO數據庫，就係統梳理了GEO數據庫的結構和存儲方式，順便也看了GEO2R的使用。然後就發現了一個問題，可能直接使用GEO2R的分析結果是錯誤的。
原因見下圖 （官網介紹截圖）
而GEO2R的R代碼使用的是GEOquery獲取GSEMatrix，所以如果我們自己寫代碼這樣獲取非原始數據時，也有可能得到的數據是不可比的。
所以，還是建議使用工具或命令之前，好好讀一下幫助文檔，做到心中有數，知其所以然。如果能基於原始數據進行分析，可以做更多的質控和更深入的比較。如果不能，分析之前看下數據的分佈是否均一 (median-centered)。
所以生信寶典的原理類文章，值得好好閱讀。
從課件中截取GEO簡介部分分享如下 ：
