RNA-seq最強綜述名詞解釋&思維導圖|關於RNA-seq，你想知道的都在這（續）

前言

NGS系列文章包括NGS基礎、轉錄組分析 （Nature重磅綜述|關於RNA-seq你想知道的全在這）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、單細胞測序分析 (重磅綜述：三萬字長文讀懂單細胞RNA測序分析的最佳實踐教程 （原理、代碼和評述）)、DNA甲基化分析、重測序分析、GEO數據挖掘（典型醫學設計實驗GEO數據分析 (step-by-step) - Limma差異分析、火山圖、功能富集）等內容。

 

 

之前整理的一篇大綜述 — Nature重磅綜述 |關於RNA-seq，你想知道的都在這收到了熱烈反響，閱讀人數過萬。

 

 

行文很長，最後精煉下來的文字近三萬，適合深度閱讀思考。

上次發出時，有讀者留言說部分專業名詞不理解。爲了方便理解和對綜述有個概覽，特整理了下面的思維導圖，對應原文，共計8個大標題，大標題下又分有小主題，各個分支介紹有每個主題的主要內容及採用方法。

 

 

內容已發佈在石墨文檔，鏈接如下：

https://shimo.im/mindmaps/qQVV3r3Pqx8DVGjC/ 《RNA-seq思路圖（歡迎大家備註、修改，可先創建副本，在副本文件修改）》，可複製鏈接後用石墨文檔 App 或小程序打開

 

 

Note：想要打開全部分支、添加備註或修改信息，請先創建副本，在備份文件打開修改，原文件不支持修改

原文在深度總結了RNA-seq這些年的同時，還分享了文中一些名詞的解釋，編譯分享如下，希望有助於進一步理解學習。

• NGS基礎 - FASTQ格式解釋和質量評估
• NGS基礎 - 高通量測序原理
• NGS基礎 - 參考基因組和基因註釋文件
• NGS基礎 - GTF/GFF文件格式解讀和轉換
• NGS基礎 - 測序原始數據下載

 

 

1. Read depth Read深度：一個樣本測序得到的reads數；容易和基因組測序的覆蓋度 (多少基因組區域被測到了)和測序深度混淆 (單個核苷酸被測到的次數或所有核苷酸被測到的平均深度)。
2. Short-read 短讀長：測序得到的長度最大是500 bp的reads，常見的測序片段長度爲100-300 bp；本文中的短讀長測序片段代表測到的mRNA片段和降解了的mRNA。
3. Long-read 長讀長：測序得到的超過1000 bp的reads，本文中代表全長或近乎全長的mRNA。
4. Direct RNA sequencing (dRNA-seq): 直接測序RNA而非cDNA的測序技術，通常用於測序全長或近全長的mRNA 。
5. Multi-mapped reads 多重比對的reads：從轉錄組同源區域測序得到的reads，不能精確確認其轉錄本或基因組的來源。
6. Synthetic long reads 合成long reads：通過組裝多個短讀長得到長讀長的方法。
7. 唯一分子標識符（UMIs）：在擴增前，構建RNA-seq文庫的時候加入的短序列或barcodes，理想情況下每條轉錄本結合一個唯一的標識符，含有此標識符的reads都來源於此轉錄本，定量時只計算一次。可以用來降低RNA-seq的定量偏好性，在RNA起始量低的單細胞實驗中尤爲適用。
8. Read length 讀長：單個測序reads的長度，short-read RNA測序得到的長度通常是50-150 bp。
9. Sensitivity 敏感性：樣本中多大比例的轉錄本會被測到，敏感性越高，這一比例越高。它受樣本處理、文庫製備、測序和計算偏好性的影響。
10. Specificity 特異性：度量差異表達轉錄本被正確鑑定出的比例的方法，它受樣本處理，文庫製備，測序和計算偏好性的影響。
11. Duplication rates 重複Reads比率：比對到轉錄組相同位置的的測序reads的比例。在RNA-seq文庫中，一些轉錄本可能有高的重複率，因爲它們在樣本中表達水平高。高表達的基因的重複率很高，而低表達基因的或許有着最小的重複率。由此RNA-seq面臨着一個挑戰，該技術中大部分重複可能是高表達轉錄本帶來的真實信號，而另一些則是由於擴增和測序偏好性造成的。
12. Single-end sequencing 單端測序 (SE)：只測序cDNA片段的一端，因其費用低，常用於只關注差異基因表達的項目中。（NGS基礎 - 高通量測序原理）
13. Paired-end sequencing 雙端測序 (PE)：cDNA片段兩端分別測序，可以測序到cDNA的更多鹼基，更好的識別剪接位點，常於差異基因表達分析項目。
14. 生物學重複：對生物來源不同的樣本的多次檢測，比如來自三個個體的組織，用於捕獲生物個體自身的變化；這個變化要麼是待研究的對象，要麼是噪音。相較之下，技術重複是對同樣的樣本做重複的操作—比如，對一個組織做三次處理。
15. Expression matrix 表達矩陣：差異表達RNA-seq項目的核心數據文件。每一行代表一個RNA，比如基因或者轉錄本。每一列是一個測序的樣本。矩陣中的數值是每個RNA的reads數。這些可能是對轉錄異構體的計數估計，並通常在後續的分析前先進行標準化轉化。
16. Spike-in control 內參：按特定濃度添加到樣品中的外源核酸庫。它們通常是預先合成的不同濃度的RNA，用於監測反應效率和技術方法的偏差和假陰性結果。
17. Spatialomics 空間轉錄組學：能保留給定樣本（通常是組織切片）中每個轉錄本的空間信息的轉錄組分析方法。
18. Nascent RNA 新生RNA：剛剛轉錄出來的RNA，與已經加工並運輸到細胞質的RNA相對應。
19. Translatome 翻譯組：細胞、組織或生物體中正在翻譯成蛋白質的mRNA集合。
20. Structurome 結構組：細胞、組織或生物體中RNA的二級和三級結構集合。
21. Interactome 互作組：細胞、組織和生物體中分子相互作用的集合，包括有RNA-RNA或者RNA-蛋白質的相互作用。
22. Differential gene expression (DGE) 差異基因：兩個實驗組中表達顯著變化的基因。