MyISAM引擎使用B+Tree作爲索引結構，葉節點的data域存放的是數據記錄的地址。下圖是MyISAM索引的原理圖：
這裏設表一共有三列，假設我們以Col1爲主鍵，則上圖是一個MyISAM表的主索引（Primary key）示意。可以看出MyISAM的索引文件僅僅保存數據記錄的地址。在MyISAM中，主索引和輔助索引（Secondary key）在結構上沒有任何區別，只是主索引要求key是唯一的，而輔助索引的key可以重複。如果我們在Col2上建立一個輔助索引，則此索引的結構如下圖所示
同樣也是一顆B+Tree，data域保存數據記錄的地址。因此，MyISAM中索引檢索的算法爲首先按照B+Tree搜索算法搜索索引，如果指定的Key存在，則取出其data域的值，然後以data域的值爲地址，讀取相應數據記錄。
MyISAM的索引方式也叫做“非聚集”的，之所以這麼稱呼是爲了與InnoDB的聚集索引區分。
InnoDB索引實現
雖然InnoDB也使用B+Tree作爲索引結構，但具體實現方式卻與MyISAM截然不同。
第一個重大區別是InnoDB的數據文件本身就是索引文件。從上文知道，MyISAM索引文件和數據文件是分離的，索引文件僅保存數據記錄的地址。而在InnoDB中，表數據文件本身就是按B+Tree組織的一個索引結構，這棵樹的葉節點data域保存了完整的數據記錄。這個索引的key是數據表的主鍵，因此InnoDB表數據文件本身就是主索引
上圖是InnoDB主索引（同時也是數據文件）的示意圖，可以看到葉節點包含了完整的數據記錄。這種索引叫做聚集索引。因爲InnoDB的數據文件本身要按主鍵聚集，所以InnoDB要求表必須有主鍵（MyISAM可以沒有），如果沒有顯式指定，則MySQL系統會自動選擇一個可以唯一標識數據記錄的列作爲主鍵，如果不存在這種列，則MySQL自動爲InnoDB表生成一個隱含字段作爲主鍵，這個字段長度爲6個字節，類型爲長整形。
第二個與MyISAM索引的不同是InnoDB的輔助索引data域存儲相應記錄主鍵的值而不是地址。換句話說，InnoDB的所有輔助索引都引用主鍵作爲data域。例如，下圖爲定義在Col3上的一個輔助索引：
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這裏以英文字符的ASCII碼作爲比較準則。聚集索引這種實現方式使得按主鍵的搜索十分高效，但是輔助索引搜索需要檢索兩遍索引：首先檢索輔助索引獲得主鍵，然後用主鍵到主索引中檢索獲得記錄。
註解
1、MyISAM 使用B+Tree 作爲索引結構，葉子節點的data存放指針，也就是記錄的地址。對於主鍵索引和輔助索引都是一樣的。
2、InnoDB 也使用B+Tree作爲索引結構，也別需要注意的是，對於主鍵索引，InnoDB 使用聚集索引，InnoDB的數據文件本身就是就是索引文件。而MyISAM，主鍵索引和數據文件是分離的。
3、InnoDB數據文件，要按主鍵聚集索引，這就要求InnoDB的表必須要有主鍵（MyISAM可以沒有）。如果沒有顯式指定主鍵，InnoDB會自動選擇一個可以唯一標識記錄的字段作爲主鍵，比如auto_increment的字段，如果不存在這樣的列，InnoDB會自動生成一個隱含字段作爲主鍵，這個隱含字段6個字節，是長整形。
4、對於InnoDB的輔助索引，葉子節點的data存放的是主鍵的值。這就意味着，使用輔助索引定位記錄，需要使用兩次索引：首先使用輔助索引找到主鍵的值，根據主鍵的值，使用主鍵索引找到記錄。
5、InnoDB的輔助索引爲什麼要這樣設計？
如果輔助索引data存放的行指針，當行移動或者數據頁分裂時，需要更新data域行指針的值，這就增加維護成本。data存在主鍵的值，就沒有這個問題。行移動和數據頁分裂，主鍵索引會自動更新。data關聯主鍵的值，不需要更新，相當於增加一個間接層。這個間接層對性能的影響也很小，因爲通過主鍵定位記錄是非常快的。
6、瞭解了innoDB的索引實現，有幾個地方需要注意：
不要使用過長的字段作爲主鍵，因爲輔助索引都要使用主鍵索引定位記錄，這個字段過長，使用內存更大，影響性能。
使用單調的字段作爲主鍵，特別是insert的時候，如果是非單調的，B+Tree維護成本很高。
7、這就能很好解釋，隔離級別 repeatable-read, 不使用索引鎖住整個表，使用索引（主鍵索引或者輔助索引）只會鎖住對應的行。
8、在查詢執行計劃中，有一個字段 type， eq_ref 表示使用主鍵索引，直接定位到記錄。而ref 表示先使用輔助索引，找到主鍵的值，再使用主鍵索引定位到記錄。