如何科學檢測新型冠狀病毒?

在全國的這場戰疫中,我們每個人都密切關注着每時每刻的疫情動態,尤其是物質供應和新型冠狀病毒的確診情況。其中,作爲檢測新冠病毒的主力,核酸檢測試劑盒常常出現在大家的視野中,那麼它是怎麼檢測疑似患者攜帶有新型冠狀病毒?

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知己知彼

在識別新型冠狀病毒之前我們先了解一下它:

這種病毒是一類具有包膜、基因組爲線性單股正鏈的RNA病毒,顆粒呈圓形或橢圓形,直徑約60-140nm。

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需要注意的是,上面的病毒照片是使用電鏡放大到納米級拍攝的,也就是說通過一般的檢測手段,幾乎察覺不到它的存在。這種病毒感染人體後,其症狀會從普通感冒到重症肺部感染,而且潛伏期長,會使病毒攜帶者在不經意間感染更多的人。因此,儘早檢測出它的存在,來減少病毒攜帶者感染他人風險,使新冠狀病毒患者得到及時的專業治療就成爲重中之重。

根據國家衛健委發佈的《新型冠狀病毒感染的肺炎診 療方案(試行第四版)》確診病例需要有以下的病原學證據:

1.呼吸道標本或血液標本等 實時熒光RT-PCR檢測新型冠狀病毒核酸陽性;

2.呼吸道標本或血液標本等病毒基因測序,與已知的新型冠狀病毒高度同源。

目前,大部分的核酸試劑盒使用第一種方法,實時熒光 RT-PCR 來鑑定新型冠狀病毒,這種技術的大概流程

  • 獲取疑似患者的樣本,提取樣本的核酸序列。
  • 將這些核酸序列(其中有可能包含有病毒核酸序列)與反應原料混合
  • 在反應容器中進行擴增反應(這種反應可以只擴大病毒核酸序列的數量),便於後續檢測
  • 擴增後的核酸序列是帶有熒光的,如果檢測到熒光信號曲線符合病毒特徵,那麼就認爲該疑似患者爲陽性。
  • 在實際過程中,對一位患者會進行多次檢測

需要的材料:核酸試劑盒,QPCR儀,電腦,樣本等

下面,我們詳細瞭解這種技術是怎麼揪出新型冠狀病毒的。

如何放大病毒信號

我們都知道作爲核酸序列的DNA可以複製自身,這個過程如下:

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  • DNA先打開雙鏈,暴露出模板
  • 引物(左右兩個DNA片段)會特異性的結合到模板上
  • DNA聚合酶(黃色的幾何體)就可以利用鹼基(彩色的小圓點)從引物開始複製,這個過程也叫擴增
  • 只要這個反應有足夠原料,新合成的DNA鏈又會作爲模板鏈開始新的合成
  • 最終,開始的序列會被以呈指數級的增加。利用這個特性,可以放大樣品中微弱的病毒序列信號

實際上,早在上個世紀,一位叫穆利斯(Kary Banks Mullis)的牛人在體外實現了DNA複製過程。該技術被命名爲聚合酶鏈式反應(PCR),因這個偉大的發明他在1993年獲得了諾貝爾化學獎。

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但是,需要注意的是2019新型冠狀病毒是一種RNA病毒,PCR是針對DNA複製來設計的。

因此,我們需要將RNA逆轉錄爲cDNA,然後進行DNA複製的過程,這個技術也叫RT-PCR(逆轉錄-PCR)

如何只放大新型冠狀病毒的信號

接下來的問題是怎麼去識別2019新型冠狀病毒,避免檢測到其他的序列信號?

大家會注意到在PCR過程中,只有引物會特異性的結合到模板上,也就是說,設計好的引物可以識別新冠病毒的核酸序列。引物的設計工作就成爲病毒檢測成功與否的關鍵。

科學家根據已發佈的2019-nCoV全基因組序列,通過序列比對尋找具有 2019新冠狀病毒高度特異性的核酸序列,該序列可以特異鑑別2019新冠狀病毒。

根據這個特點,在此區域設計特異引物用於2019新型冠狀病毒鑑定。

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如何進行信號檢測

爲了能夠實時檢測到核酸序列的變化情況,在PCR的反應體系中往往需要加入探針或染料用於熒光信號捕獲。同時需要QPCR儀,這種儀器可以將熒光信號採集爲計算機可以識別的數字信號,用於後續診斷依據。這裏涉及的兩種產生熒光的物質有着不同的發光原理:

  • 熒光染料:一般這種遊離的染料幾乎沒有熒光信號,一旦結合雙鏈DNA後,其熒光信號可呈數百倍的增加。
  • 熒光探針:依據目的基因設計合成一個能夠與之特異性雜交的探針,該探針的核酸片段兩端分別帶有熒光基團和淬滅基團。
    • 一般情況下,兩個基團的空間距離很近,熒光基因因淬滅而不能發出熒光。
    • PCR擴增時,探針的結合位置位於上下游引物之間。當擴增延伸到探針結合的位置時,一種切割酶會將熒光基團切下來,從而使其發出熒光。
    • 檢測到的熒光分子數與PCR產物的數量成正比,因此,根據PCR反應體系中的熒光強度即可計算出初始DNA模板的數量。

爲了提高每次檢測的人次,檢測人員會將樣本放置在孔板上,每個孔即爲一個樣本。同時,會加入空白對照,陽性對照,陰性對照來提高準確率。

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接下來,使用計算機軟件分析,會有幾種結果:

  • 空白對照,不會擴增

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  • 內參樣本:會加入人源性內參基因的檢測,滿足臨牀對樣本質量控制的需要,降低假陰性率。如果,該樣本沒有擴增曲線,需要檢查質控情況

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  • 陰性對照:這裏陰性對照,不會擴增

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  • 陽性對照:同樣,陽性對照樣本是存在已知新冠病毒的核酸(也就是說,已知該樣本肯定要擴增),爲了降低假陽性率。

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病原檢測人員會根據以上的數據來判斷該患者是否爲新冠病毒陽性。

最後,看看檢測人員平時的工作狀態:

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新冠病毒對我們來說只是個新聞字眼,但是對於他們來說只隔着一層防護服。而且幾乎所有奮戰在一線的科學家,醫護工作者,志願者們都是身披這身戰甲,在前線日夜奮戰。他們無數人灑下淚水與汗水,更有人奉獻出自己的生命,但是更多的人不是悲傷和恐懼,而是繼續奔赴前線。也許艾青在《我愛這土地》中,早已給出他們奮不顧身的原因:

假如我是一隻鳥,
我也應該用嘶啞的喉嚨歌唱:
這被暴風雨所打擊着的土地,
這永遠洶湧着我們的悲憤的河流,
這無止息地吹颳着的激怒的風,
和那來自林間的無比溫柔的黎明……
——然後我死了,
連羽毛也腐爛在土地裏面。
爲什麼我的眼裏常含淚水?
因爲我對這土地愛得深沉……

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