首先說一下網上的各種解決方案，如下：
第一種： 說讓在本地生成新的公鑰，然後複製到github上的設置裏的 SSH keys裏保存即可。
解釋： 首先，這個說法沒錯，但是網上說的都是本地電腦用ssh方法拉不下來代碼，用這個辦法，並不是我們所說的問題。實際上我們本地不管用ssh方式還是https方式拉取代碼，都可以成功拉取的。(前提是本地已經有生成的公鑰私鑰，並已經將本地的公鑰配置到了github上)。我們這裏是服務器上拉不下來代碼。
第二種： 使用命令 vim /etc/ssh/ssh_config ，找到#StrictHostKeyChecking ask去掉註釋，並把ask改爲no即可。即修改配置StrictHostKeyChecking yes爲StrictHostKeyChecking no。
解釋： 這個意思是每次主機公鑰確認，就是每次都要詢問，看連接與key是否匹配。如果按這種方式改成 StrictHostKeyChecking no，是一種最不安全的方式，所以不建議這種。
有時候報錯類似於 Permanently added ‘github.com,13.229.188.59’ (RSA) to the list of known hosts 這樣的錯誤。意思是這個新的主機沒有在 hosts 文件列表裏存在，一般第一次報錯後會自己添加到hosts列表裏去，但後續繼續拉取代碼就會報錯 Permission denied (publickey)。此時，有人納悶了，不是已經hosts裏有了嗎，爲什麼還報錯 Permission denied (publickey)。網上可能你會搜到比如讓你刪除 hosts 文件，重新生成 rsa 等等方法，其實沒必要。這裏就給大家說一下一個重要的知識點，說完大家也就明白了，不然在網上搜一大堆全是沒用信息，浪費時間。
這裏給大家講一下密鑰的作用，通俗簡單的講一下，使大家更容易明白些。我們平時可能經常在本地從github拉取代碼，使用ssh拉取都沒有問題，主要就是因爲你本地電腦已經存在了之前你生成的公鑰，一般在 ~/.ssh/ 目錄下，有三個文件： id_rsa(私鑰)，id_rsa.pub(公鑰)，known_hosts(主機ip等信息記錄)。而且你的github上已經配置了本地的這個公鑰，所以，每次拉取代碼都會成功。其實最主要的就是這個公鑰來辨別身份。
那麼服務器上拉取代碼也使用公鑰，原理都相同。首先進入到服務器 cd ~/.ssh/目錄下，此時看你這目錄下面都有什麼文件，如果你以前配置過免密登錄，那麼首先會有一個 authorized_keys 文件，這裏面其實就是複製保存的你本地的 id_rsa.pub(公鑰)內容，因爲這個，你可以實現免密登錄。如果沒有authorized_keys 文件，也不影響啥，那個也只是與你設置免密登陸相關的，與這個報錯沒關係。下面再看還有沒有 id_rsa，id_rsa.pub，known_hosts 這三個文件，如果沒有，則新生成一個，和你本地生成新的密鑰方式一樣，具體生成命令百度很多，自行查看。如果有了，那現在就將 id_rsa.pub 裏面的內容複製，然後登錄github，在配置公鑰那裏新增一條，把剛纔複製的內容粘貼進去並保存。此時，按理來說，你的github SSH Keys配置那裏會有兩條公鑰配置。一個是你本地連接github進行匹配的公鑰；另一個就是你服務器連接github匹配的公鑰。此時，已經完成。只需要你重新登錄服務器測試，你會發現已經可以使用ssh成功地從github上拉取代碼到服務器上了。
原理： 你連服務器的時候，是自己的電腦生成了公鑰，配置到了服務器上。而你從服務器上拉取代碼，則是服務器自己生成的公鑰，配置到了github的倉庫服務器上。是兩個作用於不同位置的，即本地電腦和服務器各自生成了一遍
總結： 這個錯誤的原因還是因爲 github 上缺少你服務器生成的公鑰，所以每次拉取代碼主機公鑰確認就會失敗。添加即可。