日本決定實施這項嚴格措施，原出於“未雨綢繆”的心態，但卻被批評是一種不折不扣的“排外”心理，因爲新規定只侷限於外國人。這一來，原本就不夠開放的日本，此次躋身“反恐先進國”，卻反倒使門戶變得更窄了。
外國旅客抵達日本機場時，最怕看到審查關口排長龍。一名經常來往日本的外籍商人曾向記者抱怨：“日本作爲一個先進國，爲何就無法做到如新加坡一樣，可7分鐘通關？”
即將實施的日本“入境新制度”預計更費時。新制度硬性規定增加以下入境程序：凡是16歲以上外國人，只要不是外交官或特別居民（自戰前遺留在日本的韓國、朝鮮、臺灣殖民地居民及其後裔），就得在入境審查櫃檯的機器留下指紋和臉部照片，入境官員才肯在護照上蓋章。不願留下指紋者，將被拒絕入境。
日本司法部長鳩山邦夫被問及入境處排長龍問題時說：“在實施新制度後，我們的目標是做到，每一個抵達日本的旅客在20分鐘內辦完手續。”
據瞭解，爲避免外國人在入境處久候，司法部鼓勵永久居民事先到移民廳登記指紋和照片，以便同日本公民一起使用自動通關門。
美國九一一恐怖事件發生後，日本政府就不斷加強國內安全措施。一年前，它首次硬性規定所有酒店和旅館，必須掌握外國旅客的個人資料。
去年10月，國會進一步通過法案，在入境處收集外國人的指紋和臉部相片。這些資料也將傳給日本警方，方便當局日後追緝恐怖分子時翻查。
指紋措施出爐後，即刻引起一些旅日僑民的反感。
一名韓國後裔向記者指出：“在日本，只有犯人才蓋指紋。過去，我們的僑胞因爲反對日本政府要求旅日外國人，在身份證上留指紋而進行了幾十年的抗議。這個制度好不容易被打倒，萬萬沒想到，現在又被引用在入境反恐的制度上。”把外國人當犯人
日本律師聯合會也爲外國人打抱不平，並多次發出抗議信指出，這個制度不僅欠缺公平，也讓人沒有安全感；它將所有外國人當犯人看待，是在醜化外國人的形象。
據統計，每年入境日本的外國人至少有700萬人次。日本議員松岡徹指出：“有關條例沒有明文列出刪除資料的原則，這不僅是把無辜的人也當犯人看待，資料要存在政府檔案內七八十年，無疑也是浪費經費。”
與其他先進國家相比，日本經常被視爲一個不歡迎外國人的國家，其外國移民只佔總人口的2%，約爲200萬人。
國際化政策倒退
但是，鑑於日本勞動人口今後將顯著減少，對外國人開放門戶是當局積極考慮的一個政策。一些專家擔心，入境新措施實施後，將導致日本的國際化政策倒退。
前入國管理局局長水上洋一郎任內是日本製定反恐法律的先驅者，但在去年法律通過之際，他發現新條例只強加在外國人身上存在漏洞。
他在留學生雜誌《亞洲之友》發表文章反思：“要日本真正成爲一個完全安全的國家，不僅是外國人，日本人也得實施同樣的制度。
“從過去一些日本的大型恐怖事件來看，赤軍就是日本產的恐怖集團，釋放毒氣的奧姆真理教也是日本人。”