使用R語言進行聚類分析：熱點圖+橫向聚類圖+縱向聚類圖

1. 數據格式：矩陣

包括行號和列號

2. 熱點圖+聚類

# 熱點圖
heatmap(Amat)

3. 縱向聚類圖1

# 橫向聚類1
library(amap)
clu <- hclusterpar(Amat)
plot(clu,sub="",hang = -1,xlab = NA,ylab = NA,main = NA)

4. 縱向聚類圖2

# 橫向聚類
library(cluster)
agnx <- agnes(Amat,method = "complete")
pltree(agnx)

5. 橫向聚類圖

# 縱向聚類
dagn  <- as.dendrogram(as.hclust(agnx))
plot(dagn, horiz = TRUE, center = TRUE,
     nodePar = list(lab.cex = 0.6, lab.col = "forest green", pch = NA))

6. 拓展：家系劃分

關於拓展，你有什麼想到的呢？

如果根據系譜，構建A矩陣，然後將相關的個體提取出來，劃分家系，這不就是聚類分析靈活的例子麼？

如果根據基因組信息，構建G矩陣或者H矩陣，然後將感興趣的個體提取出來，劃分家系，指導育種選配，不也是一個方向麼？

這部分，我們下回再聊。