後世對左良玉向有爭議，不僅坊間處士橫議，就如清代史學家徐鼒，也在其編撰的《小腆紀年》裏，直斥“亡明之天下者，左良玉也”，似乎尤恥於引清兵入關親赴緬甸絞殺永曆帝的吳三桂。
詬病最深的，要數手握八十萬兵馬，本可定傾扶危，卻止戈散馬不發一矢，悉數解甲降清，成了戰爭史上的一大奇觀。且左軍之中不乏如盧光祖、徐勇等一大批曾在遼東與清軍打過硬仗的將領。
平素飛揚跋扈、遇李自成軍“一夕拔營遁”、借“清君側”行逆反之事、擁五營親兵五營降軍號百萬之師而降清，明亡的責任被妥妥的歸咎於左良玉。
實際上，崇禎年間內擾外患，一改過往以文統武，過分倚重武官導致軍閥飛揚跋扈漸成常態。“左馬之爭”、“北來太子疑雲”、“皇太子密函”等事件接連發生，導致左良玉最終選擇舉兵“清君側”。
自左軍兵至九江城開始，身患重病的左良玉幾已被架空。據駐守九江督撫袁繼鹹在《潯陽紀事》記載，袁的部下郝效忠、張世勳與左軍將領私下勾結，大開城門引左軍入城燒掠。
城破後，眼見九江城中火光沖天，左良玉方知部隊已入城，捶胸頓足連說: “此我兵耳，我負袁臨侯也”。言畢，嘔血數升。而袁繼鹹則投水自盡被左軍救起，在見到左良玉後，二人曾再作約定左軍嚴禁在城中燒殺搶掠。
不料，當夜左良玉因病死於舟中，左軍祕不發喪，衆將推舉左良玉之子左夢庚作爲主帥。另據《明清檔案》記載，左軍後引兵東下，沿彭澤、東流、建德、安慶一路燒殺搶掠。因此，幾十萬左軍降清發生在左良玉死後，確實與左良玉沒有半毛錢的關係。
有說左良玉所謂的“清君側”是不滿列土分茅而舉兵造反；有說左良玉確實只想除掉皇帝身邊手握大權的馬士英，不僅無造反之心，實爲忠臣。甚至，後世有史家將其稱之“知大義”。
李自成軍進入紫禁城，崇禎皇帝自縊於煤山。這時，左的部下欲以江南自立君，請兵東下。據《左良玉傳》記載，左聽後極力阻止，說 “先帝甫棄天下而我背之，是幸國家之變以自利也。”
爲防止手下走水路擅自行動，左良玉調派水軍船隻架起大炮排列於長江之上。同時，拿出私房錢共計三萬兩，分發給諸將以穩定軍心。
崇禎自縊後，三個兒子下落成謎，《明史》、《清實錄》、《明季遺聞》、《明史記事本末》、《甲申傳信錄》等都有相關記載，可究竟是生是死卻說法各異。
1644年十二月，發現一少年因內衣上織有龍紋，且自稱是皇太子，並在蘇州城內四處晃悠。因無法分辨真假，南明弘光帝朱由崧派太監李繼周帶同兩位公公去辨別。
負責辨認的兩位公公，在見到太子後當即抱頭慟哭，李繼周連忙派人如實飛報弘光帝。可事件至此卻出現了詭異的一幕，認爲此人確是真太子朱慈烺的兩位公公和李繼周先後被滅口。
儘管，大學士王鐸堅稱此爲“假太子”，甚至弘光帝還整出了一幕“羣臣會審”，可民間已是謠言四起。不得已之下，弘光帝親自出面澄清，卻適得其反越描越黑。
結果，朝廷與民間形成了兩種截然不同的聲音。朝廷上一面倒地認定這就是個“假太子”，而民間則認爲此少年確是崇禎太子朱慈烺。
當時的這種亂象，明代大學士文震孟之子文秉在其撰寫的《甲乙案事》上記載: “朝廷之上皆曰僞，草野之間皆曰非僞；在內諸臣皆曰僞，在外諸臣皆曰非僞 ”。事件到最後，“北來太子”的真僞已不重要，卻成了朝中文臣武將間蠻觸相爭。
手握大權的馬士英以此打擊異己；而正要前去截擊李自成大順軍主力的左良玉，也甩手不幹，甚至宣稱已得到“太子密函”，並親率部下順長江東下“清君側”，要扳倒馬士英。
左良玉是否假借“清君側”之名實爲造反向有爭議，即便當時南明朝廷內也分作兩派，一派以首輔馬士英、阮大鉞爲首的，堅稱左良玉實是舉兵造反；
另一派則是史可法、袁繼鹹等忠臣，多認爲左良玉舉兵確是僅爲弄清太子真假，並藉機清除馬士英。《明季南略》記載，在得知馬士英一意孤行抽調兵馬拱衛南親時，弘光帝曾表態: “左良玉雖不應興兵逼南京，然看他本上意思，原不曾反叛……”。
只是朝廷早被馬士英把持，弘光帝的表態被置之不理。甚至明知清軍已進入江蘇北部時，弘光帝只得無奈地默許馬士英抽調重兵放棄防禦清軍，轉而駐守長江以南及對岸江北，對左良玉圍追堵截。
南明的“馬左之爭”由來已久。論行軍打仗，左良玉確是有兩把刷子。崇禎年間，左良玉帶兵已習慣於我行我素，而崇禎似乎也對其睜隻眼閉隻眼，這在明朝極爲罕見。
明代以文輕武，武將雖帶兵直接對敵作戰， 可對軍事行動的決策、制定卻沒有發言和 決策權。 更有甚者，朝中幾乎是文官的天下，也即所謂的以“文臣制武帥”。
對武將的防範幾乎是全方位不留死角，軍隊中的各級武將均處在文官的監督之下，武官的考覈、升遷及軍隊的後勤管理等事務全由文官掌控。武將手下部屬須同時接受駐地知府、知縣等地方官的主會，文臣常以督撫的身份統軍， 形成統軍的“文帥＂。
如熊廷弼、袁崇煥、洪承疇、楊嗣昌、盧象升、孫傳庭等無一不是文臣出身。而戰場上文臣亂指揮、瞎指揮之事時有發生，就如熊廷弼等就曾上疏予以痛斥。
明末戰事增加，武將得已重用，但真正能因應戰場變化敢於自主作出調整的將領不多。至於所謂的“將在外軍令有所不從”，現實中幾無實現的可能。而督撫統領軍隊時，卻常被賜予尚方劍，准許便宜行事，對武將有誅殺之權。
明末最著名的，是袁崇煥督師薊遼，認爲總兵毛文龍跋扈，且惡文臣監製，不待奏請朝廷，袁崇煥便以尚方劍斬了毛文龍。而在接連擊敗張獻忠農民軍的左良玉，明顯對文臣監製帶有牴觸情緒。
左良玉的跋扈一定程度上是想擁有軍事決策權，且其用兵多是爲保存實力，只是雖有指揮權，可軍隊的人餉仍掌握在文臣手中，明末軍中缺餉嚴重，打仗沒錢又確實玩不轉，迫使武將通常要四處求餉。於是，攻城後搶掠成了左良玉補充糧餉的捷徑。
最爲致命的，是明軍與農民軍相比，是步兵多而騎兵少。左良玉堅持不打無把握之戰，其用兵策略是“遇強則逃，遇弱則戰，戰則求勝”。他也因此成了晚明唯一一個因違抗軍令，卻能多次“戴罪自贖”的將領。
只是他違抗軍令這毛病，後來也”傳染”給了部下，在圍剿農民軍時就偶有發生。直到去世前，仍無法約束其部下私自領兵進入九江城內燒掠。
文臣對左良玉的猜忌防範及黨爭加劇，特別是弘光時期被邊緣化，直接導致其借“北來太子”事件舉兵“清君側”。早在剿滅張獻忠部時，督師楊嗣昌一邊委任左良玉全權負責，一邊又私下承諾等左良玉出征歸來後由賀人龍接替其位置。
當左良玉大獲全勝，並生擒張獻忠妻子，楊嗣昌見狀又反悔了，感覺被戲弄的賀人龍一氣之下將實情全盤告知左良玉。而被左家軍重重圍困的張獻忠，派出馬元利極力勸說左良玉。
說若獻忠被滅，左良玉對朝廷而言就沒任行作用，如同棄子一般：“無獻忠，即公滅不久矣。”這番話算是直戳痛處，本已憋了一肚子氣的左良玉，在收受張獻忠送來的大批錢財後網開一面，令張獻忠得以進入四川。
弘光帝時期，左良玉表面上雖被加以太子太傅，封寧南侯，可朝廷上受寵的，仍是當初擁立弘光帝登極的四鎮， 左良玉因沒有參與，算不上定策功臣。 且馬士英集團把持朝政，打擊左良玉支持的東林黨。
坐擁八十萬大軍的左良玉非但未受重用，且被也緣化。在他眼裏，馬士英集團是面譽背譭，表面一套背後一套。因此，派出的黃澍進京後，不僅在朝廷上公然羞辱馬士英，還連上十疏彈賅。
從而加劇左、馬之間的矛盾。另外，朝中有部分大臣也不滿馬士英，最終在黃澍的慫恿下，左玉良利用“北來太子”事件舉兵“清君側”。至於手下的八十萬大軍，從舉兵之日起便已註定了日後的結局。
若成功扳倒馬士英自然可說是“清君側”，若失敗無疑被坐實造反之名。左良玉死於“清君側”途中，督撫袁繼鹹當即被左夢庚扣押，其目的自是爲日後留有一手。
按當時的情形，弘光帝雖知左良玉未必真反，卻無法說服馬士英寧放清兵，也要調集重兵欲剿滅左軍。明末《倖存錄》中，還記載有馬士英甚至打算以款清兵剿左兵。
那麼，幾十萬的左軍將要同時面對南明和滿清部隊，是真正的前有埋伏後有追兵，“清君側”已幾無實現的可能。古代“造反罪”是重罪，無論投降或被俘其結局可想而知。
若左軍降清，至少還有活路。因此，即便左軍中不乏曾經與清軍打過硬仗的將領，生死關頭選擇倒向清軍也就不難理解了。實際上，左軍內部仍有部將如馬進忠、盧鼎等人率部投奔何騰蛟。
只是，左軍降清卻苦了督撫袁繼鹹，他成了左軍向清廷納上的“投名狀”。最終，袁繼鹹拒絕清朝勸降，後被押往北京，於次年三月慷慨赴死。
(本文同時發表於今日頭條、百家號)