哲學講的是宇宙萬物普遍的、一般的規律，這種普遍性意味着“放之四海皆準”。值得我們注意的是“準”，不代表“有用”，廣泛的規律如果不做具體化的概念定義，是沒辦法拿來使用的。前者侃侃而談，怎麼說怎麼有道理，但是如果不能跟具體實踐相結合的話，只不過是一些“對的廢話”而已。
中醫基本理論包括：陰陽說、五行說、精氣說、氣血津液學說、經脈學說、臟腑學說、病理病機學說等，其中前三者講的是人作爲生命體的一般規律，是用來分析問題的思維，而後者傳統哲學思維指導下的具體分科。這種學科上的特色導致了中醫“易學難精”的特點，稍微知道一點古代哲學的人都可以對中醫侃侃而談，而要修煉“妙手回春”的本身，則需要名師指導和豐富的行醫經驗。我們只負責侃侃而談，不負責治病救人，對中醫感興趣的朋友，要深入學習的人還是要訪名師拜高賢的。
古人研究哲學，大概是兩個用處，一是解釋普遍規律，二是尋找本源。陰陽、五行偏向規律比較多一點，而精氣說則偏向揭示本體問題。氣（古代寫作“炁”），是古人認爲構成宇宙萬物的基本元素。類似於近代形而上學說的“原子”，陰陽是“氣”的固有屬性。“氣”作爲萬物本源，是漢代的樸素唯物主義思潮的產物，是對“讖緯學說”的批評中產生的，基於“水生說”發展而來。
“精氣”是構成宇宙的本源，因爲精氣本身質量不同，於是有了萬物之間的差別，天提供了“精”，地提供了“氣”，精氣合在一起形成人的形神。精氣本身還是運動的，是變化的，同時還是天地萬物互相聯繫的中介。這是古人對世界的基本認知和理解，從很多描述來看，很多觀念類似西方形而上學中的“原子論”，是一種樸素的唯物主義思想。中醫的整體觀是建立在精氣學說之下的整體觀，人與自然是一個整體，人與社會是一個整體，古人一般描述爲“三才”，即天地人是一個整體，人的生理問題不是單獨存在的，而是跟天地（今說環境）有着密切的關係。臟腑之間是一個整體，臟腑跟人體是一個整體。這個整體的共同組成部分就是“精氣”，氣聚則成形，精聚則神生，形和神是一個整體。
中醫中精氣學說中的本源、運動等觀點來解釋生命的物質性和運動性，古代哲學於中醫的關係類似於今天哲學與科學的關係，哲學基本觀點用來指導科學理論研究，科學理論又可以反過來論證哲學觀點。中醫對陰陽、五行、精氣等哲學理論不僅僅是“拿來主義”，更多時候是宏觀哲學在具體生命運動中的實踐和理論具體化。人體中“精、氣、津、液、血、脈”，其哲學本質就是“一氣”，這種“氣”並不是我們所說的“水蒸氣”或者是其他“氣體物質”，而是形而上的哲學概念，是用來描述物質基本構成的名字。“氣”是可以用“數”來表示的，所謂“氣數已盡”，說的是命不長了。
“精”和“氣”的關係也是比較複雜的，用今人的理解，在“氣一元論”的學說之下，“精”是由“氣”生成的，在“精”形成之後，又可以反哺於“氣”，氣是有形體表現出來的，類似於現代說的生理，精是由神來表現出來的，類似於現在說的精神面貌或心理。因此不能單純的認爲中醫沒有治療心理疾病的理論，而更多情況下中醫是不喜歡“治病”的，而是喜歡“防患於未然”，有調理形體的，也有養精神的，因爲形神本是一體，基於中醫理論下的“運動”，比如五禽戲，八段錦這些不僅僅是“發展體育運動，增強人民體質”，而是形神雙修的，既在鍛鍊身體，也在培養精神。
中醫首先是經驗科學，基本經驗來源於對人體的直接觀察，因爲健康是常態，病變是非常態。中醫主要針對是“症”，通過對常態的觀察，當發現非常態的變化時候，對錶現出來的症狀進行分析，然後對症下藥。很多“症”是千百年來肉眼觀察所得來的，是望聞問切總結出來的，用標準化的機器是沒辦法檢查到的，基於生物化學的西醫科室只能在病變之後檢測到病毒病菌，然後才採取治療措施，很多時候在時間上是來不及。如果用現代科學來劃分的話，西醫更像是從化學實驗室走出來的，而中醫中推拿、按摩、針刺、艾灸等更像是物理實驗。當然這種類比是不全面的，也是不太確切的。