李治無意間成爲大唐接班人。
公元636年，父子兩人的關係悄然發生了變化。這一年，長孫皇后生病，大限之期將近。李承乾這時才17歲。他想要通過天下大赦來爲母親祈福，但是被長孫皇后拒絕。李世民就想出另一種辦法來爲長孫皇后祈福。他命令將近四百座已經廢棄的廟宇重新修建。可惜李世民的鐘愛與李承乾的孝順，都沒能留住年輕的長孫皇后。她崩逝於立政殿，年僅三十六歲。
這時候的李承乾沒了母親，不禁就放縱享受起來，患了足疾，從此走路一瘸一瘸，性格也開始叛逆起來。李世民之前給李承乾找了很多儒學大師。而這些人，大多以當時流行的諫臣的標準，來要求自己。因爲當時的朝堂風氣就是這樣的，皇帝不是高高在上，相反，李世民常與大臣之間討論爭執，甚至嬉笑怒罵。這些東宮的大臣，對未來儲君李承乾，自然也抱有這樣的投射。但可惜的是，李承乾只是一個處於叛逆期的年輕人，受不了太多的批評和指責。
有個東宮的老師叫于志寧，知道李承乾蓋個新宮殿，就給李世民告狀太子奢侈。孔穎達也經常當面批評李承乾，完全不留顏面。
連李承乾的乳母都看不過去了，提醒孔穎達要注意尊重太子的身份。但他卻回答"死無所恨！"也就是他甚至希望死諫，來證明自己鐵骨錚錚。
這樣的情況多了，李世民也開始懷疑太子不爭氣，怒斥李承乾。李承乾自然受不了，越發反感東宮的大臣和老師。於是形成了惡性循環。
公元643年，李世民第五子李佑謀反。他與李承乾謀反的原因類似，同樣是與父親失和。謀反失敗後，李世民下令將他賜死。但在調查這起謀反的過程，竟然無意中帶出了李承乾的心腹。心腹爲了自保，把李承乾的計劃吐了個一乾二淨。
於是，李承乾的謀反大計就這樣胎死腹中。
李世民決不允許"玄武門之變"重演。所以，跟隨太子李承乾謀反的臣子和將軍全部被處死，這裏麪包括侯君集這樣從天策府開始就跟隨李世民的老臣。
但是，對於李承乾的處理，他就爲難了。對於不被疼愛的李佑，李世民可以乾脆賜死。但對於李承乾這個孩子，他始終對他抱有希望。在李承乾未謀反之前，他還派魏徵，房玄齡這樣的重臣到東宮給他授業解惑，就是希望孩子及時回頭，表明自己對東宮的重視一如既往。
雖然他謀反了，李世民仍下不了決心去處死他。這時，通事舍人來濟，也就是後來的大唐宰相察覺到了他的猶豫。他上奏："陛下上不失作慈父，下得盡天年，即爲善矣。"
大臣給了臺階，李世民就順勢下令，將李承乾廢爲庶人，流放黔州。雖然難受，但好歹保住了李承乾的性命。但他在下這道《廢皇太子承乾爲庶人詔》中也不免感慨道："況乎，寧不鍾心！"
史學界現在有一個考究，認爲李世民考慮新太子的人選，出於保住三兄弟的性命考量，才選擇了性情更加溫和的晉王李治。