如何成爲0級生物信息學者
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昨天到廣州參加廣東省高性能計算學會2014年會暨第三屆基於高性能計算的生物醫藥應用研討會及CAE專委會成立會......嗨，這會議名稱也真夠長的。還是會議主題簡潔有力，計算決定未來，我現在很認同。爲啥呢？從成都出發時沒有看廣州的天氣預報，只瞟了一眼新聞說今年最強寒潮來了，於是就沒帶T恤或襯衣，依舊毛衣、外套到了廣州。飛機降落時，廣播裏傳來溫柔的聲音......地面溫度26℃......一下飛機，果然熱浪襲人。好在出租車與賓館裏空調冷氣足，否則可能已經中暑。晚餐後一邊趕緊準備題爲《生物淘選的生物信息學研究》的報告演示文檔，呵呵，標題也挺拗口的，算是和會議對個聯吧；一邊讓學生幫忙去商場買件T恤應急。等PPT和T恤都弄好了，一上QQ，自動彈出大粵網頭條，大意是：強冷空氣週日晚殺到，廣東氣溫將直降8℃-12℃；最低氣溫將出現在4日-5日，其中粵北2℃～5℃，中南部5℃～10℃。看得我扼腕嘆息：冷空氣來得太慢！由於沒有計算或者沒有認真計算，這次參會，手忙腳亂。 因此，今天下午我的報告成了我的哭訴。各位臺下毛衣、外套，熱情出汗的朋友，大家好。想來你們都是不計算或不相信計算結果與天氣預報，認爲實驗最可靠的主。我原來也和你們一樣。我以前總是認爲生物淘選經過結合、洗脫、擴增多個循環，DNA測序，多肽合成，ELISA、SPR結合測試等多個環節實驗結果應該很可靠，很有價值。於是我們閱盡相關文獻，提取數據，構建了相應的數據庫可謂“望盡天涯路”。之後不斷更正、更新、升級數據庫，研究解析生物淘選數據的方法，開發相應的軟件工具，可謂“衣帶漸寬終不悔，爲伊消得人憔悴。”可是，當匯聚了世界各地的實驗數據後驀然回首，才發現原來實驗結果不靠譜的多了去了，我們數據庫最重要的功能居然是能評價實驗結果靠譜不靠譜，甚至能夠用不靠譜數據集建模來預測實驗結果數據是否靠譜。到了這裏，我以爲我們的研究很有用，第一次以計算爲標準，衡量實驗結果是否靠譜，而不是通常的以實驗結果爲標準來衡量計算是否靠譜。於是以爲自己的研究已經從古今之成大事業、大學問者的第一境、第二境提升到第三境，爲之投筆四顧，躊躇滿志。 自得沒幾天，上個月南京會議就扇了我一巴掌。Xiaole Shirley Liu教授在青年沙龍後寫了篇博客評價生物信息學者的水平（Levels of Bioinformatics Research）；在此基礎上龍五公子演繹了中文版《如何成爲頂級生物信息學家》，生物信息學者的水平可以一言以蔽之：0級（渣級），爲建模而建模；1級（菜鳥級），給數據、能分析；2級（肉鳥級）想新招、玩數據，如算法、工具、數據庫；3級（頂級），玩數據、作發現，數據開始，實驗驗證結束；X級（神級），玩科學、講政治，新的研究範式，例如基因組測序。我仔細對照，發現自己起點不錯，數據庫，大概可歸入2級。後來拿自己的數據庫數據分析，發現有不少噪聲（不靠譜的數據），這大概算1級。再後來，給噪聲數據建模型，已經墮落到了0級......眼看朋友們紛紛從2級向3級與X級挺近，我卻一步步走向深淵，悲從中來，不可斷絕。 有位聰明睿智英明神武，正從2級向3級與X級邁進的同事仔細分析了上述評級，認爲與JCR的影響因子有較好的線性相關性。0級多見於0-2分期刊，1級多見於2-5分期刊，2級多見於5-8分期刊，3級多見於8分以上期刊X級可發CNS。功夫熊貓中烏龜大師說：“There is no accident”。因此，我相信從發表文章的影響因子看，上述“研究水平”分級有一定道理，但我不認爲在科學意義也有這樣一致的高下之分。這種分級的的潛臺詞是：實驗決定未來，實驗最可靠，實驗是金標準，實驗不會錯，如果計算結果與實驗不符，那一定是計算不靠譜，生物信息就是垃圾進垃圾出。夜已深，不能再囉嗦了。我只想說，如果生物信息是計算的垃圾出，那也是因爲實驗的垃圾進！如果你相信計算決定未來，請做好成爲渣級生物信息學者的心裏準備。 |