近期，美國食品藥品監督局FDA通過在線平臺precisionFDA （https://precision.fda.gov） 舉辦了CFSAN Pathogen Detection挑戰賽，目的是在宏基因組測序樣本中鑑定出沙門氏菌株的分佈和類型。該比賽於今年2月16號—4月26號在precisionFDA平臺上舉辦。最終成績在FDA網站（https://precision.fda.gov/challenges/2/view/results）上在線公佈 。
本次CFSAN Pathogen Detection比賽，將目標轉向了食源性致病菌的檢測。據相關 統計報道，在美國每年因食源性致病菌感染人數有4800萬，造成住院和死亡人數達到128,000 和3,000人，據估計，每年的經濟負擔累計爲1520億美元， 其中包括因新鮮和加 工農產品受到污染而造成 390 億美元損失。此前，一篇題爲《流感下的北京中年》的文章在 微信朋友圈做到了真正意義上的刷屏，作者用日記的方式來記錄岳父從流感到肺炎，從門診到ICU，僅僅29天陰陽兩隔的經歷。就作者提供的案例而言，北京典型的中產階層，名牌大學金融碩士，有房有車，現金流可觀，但即便如此，遇上了ICU一天2萬元的開銷，能堅持的時間也就幾十天。由此可見提供一種快速有效的臨牀病原體檢測方案尤爲重要。
近年來，新一代測序技術在食源性致病菌全基因組測序（WGS）中的應用，徹底改變了食品病原體檢測方式。傳統的檢測方法耗時長，分辨率較低，常常無法確定病原體與患病者之間的關係，而宏基因組學（Metagenomics）可直接從環境樣品中提取全部微生物的DNA， 採用對微生物基因組測序的方法能夠在親源性極相近的菌株間加以區分，爲臨牀診斷、食品安全、生物安全提供參考。在這一次挑戰中，FDA提供了32個宏基因組測序樣品，24個作爲測試集，8個作爲訓練集，參與者需要開發和應用生物信息學方法，在FDA提供的 24 個宏基因組測序樣品中鑑定出特定的沙門氏菌類型，評判的標準包括是否能夠鑑定出存在的沙門氏菌、沙門氏菌菌株類型、血清型和MLST類型。本次比賽一共有12家機構/個人提交了比賽結果，包括美國食品藥品監管局（FDA）、美國國立生物技術信息中心（NCBI）、Google、Y Combinator 旗下創業公司One Codex以及由新加坡海歸創立的廈門極元科技有限公司（Aginome Scientific）等機構。
據悉，本次比賽廈門極元科技獲得總分第二名的成績，而第一名的One Codex在比賽延長期（其他團隊提交結果公佈一週之後）才予以提交。NCBI、Google 和 FDA 排名相對靠後。下圖是這次比賽成績的總結，標紅爲於原截止日期之後提交結果的機構包括One Codex和Seven Bridges Genomics：
此次比賽有助於爲臨牀病原體的快速鑑定提供可行方案，包括各種常見的沙門菌（Salmonella）、李斯特菌（Listeria）、大腸埃希菌（O157:H7）、彎曲菌 （Campylobacter）、弧菌（Vibrio）、阪崎腸桿菌（C. sakazakii）以及新興病原體的檢測。