Day 2 转录组分析--需要学会的linux操作

Linux操作系统为生物信息学的数据处理提供了很好的平台，因此，掌握一些高效的Linux系统操作技巧能够让我们的工作更加便捷。“优秀”的操作习惯就如同一把强有力的工具，panda都一步一步得试着操作了一遍，这是吸取别人优秀操作的机会，一定不能错过～～

1.简单的基础命令

• pwd 打印当前目录的完整路径
• ls 列出当前目录中的内容
  -l 表示用列表形式列出
• > 覆盖原文件
• >> 添加到原文件底部
• cd change directory
• mkdir 创建目录
  mkdir $(date +%F) 创建以今天日期为名称的目录
• rmdir 删除空目录
  删除多个空目录操作： find . -type d -empty -print | xargs rmdir
  把 对机器讲的话 翻译成 人话：find（查找） .（当前目录下的） -type(类型为) d（目录） -empty（空的） -print（打印出来） | xargs（把管道符前打印的目录一个一个的执行） rmdir（删除任务）
• rm 删除文件或目录
  -r 表示递归删除（一个目录中包含层级的文件时，可以用这个参数把整个目录删掉）
  -f 表示强制删除（不要提示）
  (rm -rf 强制把多级目录删掉，也不要给提示，因此使用要谨慎)
• touch 新建一个文件
• mv 重命名或者移动（文件或目录）
• cat 具有查看文件和定向输出文件的功能
  输入 cat >test.txt之后会有光标提示要输入的内容，然后control + C 停止输入，不过要注意的是：内容书写完毕后要换行再“control + C”，否则最后一行是无法保存的，就像我这样👇，第三行的“o”就没有保存进去！
  
  
• less 也是查看文件的一个命令
  -S 使文本的一行(无论有多长也)只占屏幕的一行
  -N 每一行加上行号
• head 和 tail
head -n 5 test.txt 查看test.txt的前5行
  tail -n 5 text.txt 查看test.txt的最后5行

2.练习题

1.在主目录下创建/tmp文件夹，并且使其中包含1/2/3/4/5格式的文件夹系列
2.在创建好的文件夹下面，创建文本文件 xi.txt，并输入内容，例如Hello world, Welcome to bioinfoplanet, Nice to see you。三句话分行显示
3.在tmp/下创建 1~5这5个文件夹，然后每个文件夹下面继续创建 1~5这5个文件夹, 并查看
4.增加一点难度：我想在练习三的每个目录中都放进去一个文件xi.txt，内容还是练习二的内容
5.下载 http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed 文件，统计该文件总共有几行，含有 H3K4me3 的是第几行
6.下载 http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip 文件，并且解压，查看里面的文件夹结构 (提示：了解tree命令)

3.答案

1. mkdir -p /tmp/1/2/3/4/5 (学会使用-p参数)
2. cat > xi.txt 然后分3行输入内容：Hello world；Welcome to bioinfoplanet,；Nice to see you（回车键-换行；control+c-停止输入）
3. 首先pwd确保自己在 tmp/目录下，先创建1-5这5个文件夹mkdir {1..5}，然后每个文件夹下面继续创建1-5这5个文件夹 mkdir {1..5}/{1..5},查看使用 tree tmp/(貌似这个操作也可以mkdir -p {1,2,3,4,5}/{1,2,3,4,5})
4. 在tmp/目录同时保证 xi.txt也在当前路径，前面已经创建好25个目录的基础上，输入命令echo tmp/*/* | xargs -n 1 cp xi.txt（自己不会做，抄的答案～）
5. 下载文件命令：wget www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed；
   统计行 wc -l test.bed or nl test.bed
   寻找行号 grep -n H3K4me3 test.bed
6. 下载文件命令：wget www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip
   解压 unzip rmDuplicate.zip
   查看文件结构 tree rmDuplicate.zip(-p 查看权限；-h 查看文件小；-D 查看创建日期)

我觉得这份答案更详细：https://www.jianshu.com/p/d3be74cb7829
因为panda都是抄他的... ...

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👆上面都是跟着豆花的转录组学习教程写的，可是只懂这些在实践中还是不够。于是参考着豆豆的这篇文章生信Linux文本处理三剑客，又深入学习了几个功能强大的命令：

4.vim编辑器

在linux操作系统中，编辑文本不可避免得使用vim，一份vim的小抄（中文版），可以把它保存在浏览器的收藏夹里，每逢操作时记得打开看一看，尝试使用里面的 快捷操作 替换简单粗暴的 土方法，会让我们的work更简单高效～

4.1 vim编辑器显示行号

• vim的配置文件.vimrc（eg:可以在该文件内加入set number，从而为vim编辑器添加行号）
• 也可以在vi打开一个文件后，通过:进入 指令列命令模式 ，然后输入set number，这样的话，只会针对此次浏览，在当前文件内显示行号(在此次浏览中，撤销设置行号：set nonumber)
  什么是 指令列命令模式？👇

vim 有三种模式

• 一般命令模式
  使用vi打开一个文件后，当即呈现在我们面前的这个状态，就是一般命令模式
• 编辑模式
  在按下「i,I,o,O,a,A,r,R」任意一个字母之后就会进入编辑模式，这种模式下可以编辑文本。如果想要退回一般命令模式，按键盘上的ESC按钮
• 指令列命令模式
  vi 打开一个文件后，输入「：/ ？」三个中的任何一个按钮，就进入了指令列命令模式

4.2 关于vim的其他小技巧

~ 大小写切换
:%s/old/new/g 替换全部 （g指global全局替换）
:%s/old/new/gc 逐个替换（比较保险，不易出错）
0移动到行首
$移动到行尾
g到达第一行
G到达最后一行

g 和 G也可以通过以下3个来实现
H移动到当前页面顶部
M移动到当前页面中部
L移动到当前页面底部