生物信息_SOAPsnp_參數設置_例子
跑SOAPsnp：
例：
/dir/SOAPsnp -i /dir/SOAP_output/pe.soap.sort -d /dir/ref_index/sequence1 -o /dir/SOAPsnp_output/out1.cns -M /dir/SOAPsnp_output/matrix1.mat -L 90 2>/dir/SOAPsnp_output/cns1.log
-i
接排序後的soap輸出結果（可以去重複之後再作爲輸入）
-d
ref文件
-o
輸出cns文件
-M
輸出質量值校準矩陣，方便以後重複使用？
-L
讀長
例：
/dir/soapsnp -B /dir/bam_bychr/chr1 -d /dir/ref/chr1.fa -o /dir/cns_files/chr1.cns -u -L 90 -2 -s /dir/hg19/dbSNP.chr.All.whithchr
-B
接排序後的Bam格式的輸出結果（可以去重複之後再作爲輸入）
-u
秩和檢驗
-2
用dbSNP提SNP
-s
使用預格式化的dbSNP信息
