linux 下安裝blat軟件
blat是一款很經典的比對工具，與blast相比，具有速度快、共線性輸出比對結果等優點。但是，blat源碼包裏面的README文件寫得很不清楚，這裏，我來提供一份詳細的安裝文檔。
0、下載地址：http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/
1、解壓 blastSrc.zip文件夾，並進入blastSrc；
2、在bash下輸入"uname -a"(不要加雙引號)查看Linux版本類型，我的機器得到下面信息：
3、我們只需要第2步驟裏面類似(i386 i686 sparc alpha x86_64 ppc)信息，針對我的系統，就是x86_64
4、在bash下輸入"export MACHTYPE=x86_64"(不要加雙引號)並回車
5、新建當前目錄 ./bin/$MACHTYPE文件夾(針對我的機器，就是 ./bin/x86_64)，在bash下輸入"mkdir ${PWD}/${MACHTYPE}"(不要加雙引號)並回車
6、修改inc目錄的common.mk文件， 輸入“vim inc/common.mk”，將BINDIR =${HOME}/bin/${MACHTYPE}修改爲BINDIR =./bin/$MACHTYPE文件夾的絕對路徑
7、在bash下輸入"make"(不要加雙引號)並回車
8、將"./bin/$MACHTYPE文件夾的絕對路徑"加入環境變量export PATH=絕對路徑
這樣我們就將blat安裝好了。 注意：第8步最好是將blat的絕對路徑寫入到~/.bashrc文件中，即在"export PATH="後面插入"x86_64的絕對路徑:"(不要加雙引號)，然後source ~/.bashrc更新環境變量，即可永久使用。 上述方法不要求具有root權限，非root用戶照樣可以使用。 blat的使用教程請參考：http://genome.cse.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html
