bcftools的多個子命令中都有--collapse參數的身影，例如bcftools norm 和bcftools concat中 -d和-D這兩個參數，這兩個參數的作用是去重duplicate 位點，去除的方式將按照通用參數 --collapse中指定的幾個可選參數進行，這些方式包括如下截圖中的幾種
可以看到參數none將會認爲chr，pos，ref，alt也就是染色體號，位置，reference allele， altnative allele完全相同的情況下才認爲是一個duplicate 的位點，而all/snps/indels/both參數則只要求chr，pos相同，就認爲這些位點是完全相同的。